首先，明確總公司、分公司、子公司之間的資質關系，有效規避母公司中標子公司和總公司中標子公司施工的法律風險，是很多施工企業無法回避的重要課題。
1.營改增後母公司中標子公司建設的項目(稱為有資質* * *)的法律風險。
(1)母公司中標的建設項目全部交給子公司建設。本質上是母公司分包給子公司施工，導致違法分包。
分包是指承包方在承包工程後，將其承包的施工任務轉讓給第三方，轉讓方退出合同關系，受讓方成為合同的另壹方的行為。
根據《房屋建築和市政基礎設施工程分包管理辦法》(建設部令第124號)第12、13條和《中華人民共和國建築法》第二十四條、第二十八條、第二十九條規定，禁止將承包的工程進行分包。不履行合同，將承包的工程全部發包給他人，或者將承包的工程全部肢解後以分包的名義發包給他人，屬於轉包。
分包工程發包人將工程分包後，未設立項目管理機構和派駐相應人員到施工現場，未對工程的施工活動進行組織管理的，視為分包(違法)。
根據這壹規定，有兩種常見的分包行為:
壹種是承包人將其承包的建築工程全部分包給他人；另壹種是承包人將其承包的建築工程全部肢解，以分包的名義分包給他人，即變相分包。
但無論采取什麽形式，都是法律不允許的。壹旦被查出，就要承擔壹定的法律責任。根據《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》(法釋〔2004〕14號)第四條規定，承包人違法分包建設工程的行為無效。人民法院可以依照《民法通則》第134條的規定，沒收當事人的違法所得。
(二)母公司將其中標的建設工程主體分包給子公司施工，或者母公司與子公司簽訂的分包合同中的分包金額超過中標合同總金額的30%，造成違法分包的。
分包是指工程總承包單位將承包的建築工程的壹部分依法發包給具有相應資質的承包單位的行為。總承包人不退出合同關系，他和第三方對第三方完成的工作成果向發包人承擔連帶責任。
根據《中華人民共和國建築法》(中華人民共和國主席令第46號)、《房屋建築和市政基礎設施工程分包管理辦法》(建設部令第124號)第14條、《建設工程質量管理條例》(國務院令第279號)第七十八條，違法分包是指下列行為:
①總承包商將建設工程分包給不具備相應資質條件的單位；
(二)建設工程總承包合同中沒有約定，未經建設單位同意，承包人將其承包的部分建設工程委托其他單位完成的；
③總承包單位將建設工程主體結構施工分包給其他單位的；
(四)分包人將承包的建築工程分包的。
非法轉包會面臨壹定的法律風險。根據《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》(法釋〔2004〕14號)第四條規定，承包人違法分包建設工程的行為無效。人民法院可以依照《民法通則》第134條的規定，沒收當事人的違法所得。
2.總公司中標分公司施工(獨立財務核算)項目存在的法律風險:沒有施工資質的分公司承接工程業務是違法的。
根據《中華人民共和國公司法》，總公司是獨立法人，可以對外經營和簽訂合同，具有獨立承擔民事責任的能力。但該分公司不具備法人資格和獨立承擔民事責任的能力。在施工領域，分公司不是法人，因此沒有施工資質，而總公司是獨立法人，具有施工資質。《中華人民共和國建築法》(中華人民共和國主席令第46號)第二十九條第三款規定:“總承包單位將建築工程分包給不具備相應資質條件的單位的，屬於違法行為。”
《建設工程違法分包行為認定和查處管理辦法(試行)》(建施[2014]118號)第四條規定:“違法發包是指建設單位將工程發包給不具備相應資質條件的單位或者個人的行為”。
同時，建施[2014]165438號第九條第(二)項規定:“施工單位將工程分包給不具備相應資質或者安全生產許可證的單位的，屬於違法行為。
基於上述政策規定，顯而易見，沒有施工資質的分公司不能參與工程投標，不能與發包人簽訂工程合同，否則視為違法；另外，總公司中標後與業主簽訂總承包合同後，總公司與分公司簽訂分包合同，由於分公司沒有施工資質，這也屬於違法分包行為。
根據《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》(法釋〔2004〕14號)第四條規定，承包人違法分包或者違法分包建設工程的行為無效。人民法院可以依照《民法通則》第134條的規定，沒收當事人的違法所得。
概括起來
分公司不具有獨立法人資格，分公司的最終法律責任由總公司承擔，不能申請資質。總公司可授權分公司全權代表總公司履行與總承包商簽訂的專業分包合同中的約定事項，為業主提供施工服務。
子公司是獨立法人，能夠承擔自己的法律責任。因此，如果建設規模超過壹定的工程量，子公司可以在母公司中標後申請資質承接施工分包，避免違法分包造成的不良後果。