培根在《新工具》中闡述了他的科學歸納法。在他看來，歸納法是從事物中找出公理和概念的恰當方法，也是正確思維和探索真理的重要工具。要獲得真正的知識，歸納法是必不可少的。他說，“我們唯壹的希望在於真正的歸納。”“歸納法是獲得真實證明的方法。歸納邏輯不是壹門知識的學問，而是壹門自然力藝術的科學。””他指出:“歸納是發現個別事物發展變化規律的工具，是獲得絕對現實規律和能起決定作用的形式的方法。培根的歸納法，不同於簡單的枚舉歸納法，是壹種排他歸納法。他曾經闡述過，對於科學技術的發現和證明有用的歸納法，必須用適當的拒絕和排斥的方法來分析自然，然後在獲得足夠數量的反面例子之後，根據正面例子得出結論。培根的科學歸納法的特點是通過查閱存在表、缺乏表和程度表，運用排除法逐步消除外在的、偶然的聯系，凈化事物之間內在的、本質的聯系。壹句話，培根的歸納就是通過從觀察和實驗的事實材料中排除，發現周圍現實中各種現象之間的因果關系。
培根歸納的目的是帶給人們新的知識。它是理解的工具，不是討論的工具。培根強調:“我的邏輯在教學理解中的目的，並不是要使它用心靈的纖細的卷須(像普通邏輯壹樣)抓住壹些抽象的概念，而是要使它有可能真正解剖自然，真正發現對象的性的美德和活動，連同事物中規定的規律。”我的解釋方法並不局限於涉及心靈的活動或思想(像普通邏輯壹樣)，還涉及事物的本質，所以我想給人心提供壹個規則和指引，讓它在每壹個情節中都能恰當地投入到事物的本質中去。"
顯然，培根關於歸納邏輯的責任的規定與傳統邏輯大相徑庭。培根不僅強調歸納邏輯要研究思維的純粹形式，更重要的是強調反映客觀事物、把握事物本質和規律的思維方法。培根的科學歸納法是以個體的事實陳述為基礎，通過對客觀事物的因果必然聯系的探詢和認定，對事物的運動和變化作出總的結論，從而提供對事物的形式(即規律)的認識。
他是新貴族的思想代表，反對君權神授和無限君權，主張限制君權。支持清教主義，主張改革，但反對革命。他指出，必須消除中世紀經院哲學造成的誤解和偏見(他稱之為幻覺)，以便為理解和科學掃清道路。他繼承了古代唯物主義的傳統，承認自然是物質，認為構成萬物的最小單位是真正的分子，即事物的簡單本質，是有限的、不可改變的。不同的事物是由不同的排列組合而成的。運動是物質最重要的固有特性，是有規律的，是變化的。他把事物運動的規律稱為形式。科學的任務是發現形式，從而獲得行動的自由，以便征服自然。提出了“知識就是力量”的口號。
他提出了唯物主義和經驗主義的基本原理，認為感覺是認識的開始，是完全可靠的，是壹切知識的源泉。他非常重視科學實驗在認知中的作用，認為實驗對於彌補感官的不足和深入揭示自然界的奧秘是必要的。他重視歸納法，強調歸納法的作用和意義，認為歸納法是唯壹正確的方法，但否定了演繹法的片面作用。他把自然科學中孤立的、靜態的研究方法移植到哲學中，造成了近代歐洲哲學的獨特局限性。他的哲學在神學上不徹底，主張雙重真理，承認上帝的存在和靈魂的不滅。他的唯物主義哲學對現代哲學的發展有很大影響。主要著作有:《新工具》、《學術進展》、《新島》、《亨利七世傳》、《培根論文集》等。其中培根《談讀書》入選人民教育出版社第九版15課。代表作《新工具》在現代哲學史上具有劃時代的意義和廣泛的影響，哲學家們將其視為古代唯物主義向現代唯物主義轉變的先驅。培根主要是哲學家，不是科學家。他從壹開始就探索實驗方法的可能性，想成為壹個科學的哥倫布，同時吸引別人的註意力，讓他們把這些可能性變成現實。在方法論上，培根試圖把學者的傳統方法和工匠的傳統方法結合起來，從而引出他所說的。
經驗和理性作用的真正合法婚姻；因為這兩個傳統被粗暴而不幸地分開了，人類大家庭陷入了混亂。在估計這兩種傳統在當時的情況時，培根在手工技藝的積累增長和哲學發展的錯誤路線之間做了對比。他認為，雖然早期投身於機械技術的人粗糙笨拙，但他們很快就獲得了新的力量和天賦。古代哲學曾經生機勃勃，但後來卻壹蹶不振。對於這種截然相反的情況，最好的解釋是，機械技術往往是許多人共同努力的單壹結果，而在哲學中，往往是壹個人才毀掉了許多人才。許多人屈服於壹個人的領導...所以他們不能做出任何新的貢獻。因為壹旦哲學脫離了使其成長的經驗，哲學就成了死東西。但只要我們把實驗和理性這兩個功能結合得更緊密，更純粹，就能有很大的希望。
培根從根本上批判了自古希臘以來的學術傳統。他對古希臘哲學家及其忽視自然哲學而重視道德哲學、政治哲學和神學的學術傳統不滿。他認為正是這種傳統阻礙了自然哲學的發展，使自然哲學處於幼稚狀態。
培根認為，只有古希臘哲學家的自然哲學研究，尤其是亞裏士多德的自然哲學研究，也是不可能的。培根對亞裏士多德的思辨哲學進行了批判，認為亞裏士多德把他對自然的理解從屬於無用的思辨、邏輯和辯證法，用潛在、實在等邏輯範疇來構造世界，使他的自然哲學具有思辨性和無用性。在他看來，古希臘的壹些哲學家，如赫拉克利特、樸榮蘇、阿那克薩哥拉和恩培多克勒，仍然具有壹些自然哲學家的味道，因為他們的理論涉及經驗和事物的本質。而亞裏士多德在他的物理學、動物學著作和其他自然哲學著作中，雖然經常涉及到經驗，但他的結論不是從經驗中得來的，而是先驗的，所以經驗常常被切割以適合先驗的結論。而且他經常人為地給事物添加壹些屬性，這從根本上說是對自然哲學的敗壞。
培根特別從方法上批判了古希臘理性支配下的自然哲學研究。他認為，從古至今，還沒有人借助壹個實驗程序，從感官上認真開辟壹條人類認識的道路。首先，人在研究事物的時候，往往會求助於前人的觀點和看法，然後才開始沈思。這種方法是觀點主導的，完全沒有基礎。其次，人們常常求助於亞裏士多德的邏輯來研究事物。但這種邏輯只是在壹些既定的原則和原理下，找到與之相符合的東西。它既找不到原則，也無法徹底探索它們。最後只能歸結於信仰。即使是古代經驗主義者所謂的“經驗”，也不過是“脫箍的掃帚”。這是壹種隨機和無所適從的體驗。他說的“經驗”，就是歸納整理出來的經驗，就像蠟燭壹樣，可以照亮經驗之路。所以在《新工具》中，他系統地討論了歸納法，壹種探索自然的新方法。基於他的哲學思想，培根本人有壹個英國法律法典化和系統化的宏偉構想。他把英國法看作是壹種無定形的東西，但它可以按照與自然法壹致的原則，以完整法典的形式被重塑，從而使它成為壹門徹底的科學。作為英國司法界的領袖，他認為自己必須肩負起這壹使命，而《大法官法庭法令匯編》的編纂，將以往零散的法令系統化，是培根完成這壹使命的重要成果。
培根在《學術進展》1923版中，以“執政官法庭”的名義對衡平法院進行了詳細的論述。在書中，他論述了由於法律固有的GAI，領事法庭存在的必要性，同時也指出其管轄權必須受到限制；他還堅持認為，普通法和衡平法之間必須有明確的區別，它們不應該混淆，否則，自由裁量權最終將取代普通法。而且，任何法院都不能以衡平法為借口，做出違反“明確的成文法”的判決。此外，關於衡平法院的運作，培根認為有必要“為法官制定明確的規則，並讓人民知曉”。