各地(市)、縣(區)食用菌菌種研究推廣站是菌種管理單位，受省級人民政府食用菌菌種管理部門委托，負責當地食用菌菌種的研究、推廣和菌種管理工作。
各級食用菌菌種管理部門及其委托單位負責菌種質量檢驗。第五條蘑菇新品系的選育和引種試驗工作，由省推廣站根據統壹規劃，組織有關生產、科研和教學單位進行。第六條香菇菌種實行良種化和規範化管理。良種化和標準化都是按照國家標準和福建蘑菇菌種標準。第七條蘑菇種質資源的收集、提純、整理、鑒定和保存工作由省推廣站負責。第八條外來菌種和新育成菌種必須經過對比篩選，生產性栽培試驗(2000-10000平方米)和罐頭加工試驗，經省蘑菇菌種審定委員會審定合格後，方可逐步擴大生產。安排栽培實驗時，必須征得縣級以上菌種管理單位的書面同意。第九條食用菌生產使用的菌種由省級人民政府食用菌菌種管理部門審定，召開省級食用菌菌種審定委員會，並在省級制種會議上公布。各地使用的菌種由當地(市)蘑菇菌種管理單位會同有關部門和罐頭廠在省批準的菌種範圍內選擇。
省食用菌菌種審定委員會成員由省人民政府食用菌菌種管理部門聘請的農業、供銷、外貿、商檢、標準計量、鄉鎮企業、科研、教學等部門的主管人員和專家組成。第十條省審定並公布的品系，其母種(壹級種)由省推廣站根據制種計劃確定。原種(二級種)由省級推廣站或地(市)菇菌種管理單位生產供應。生產和供應情況報省級推廣站備案。其他任何單位和個人不得生產母種和原種蘑菇。第十壹條蘑菇栽培種(三種)生產經營實行許可制度。
地(市)級蘑菇菌種研究推廣站(不含地(市)級站)以下的蘑菇菌種生產單位和集體、個人生產經營蘑菇菌種，必須向所在地(市)蘑菇菌種管理單位提出申請，經審查符合生產條件後，發給《蘑菇菌種生產經營許可證》(以下簡稱許可證)，憑該證向當地工商行政管理部門申請核發營業執照後，方可生產經營。各地認證須報省級推廣站備案。
*註:本段“食用菌栽培種子生產單位前置許可”行政許可項目已被《福建省人民代表大會常務委員會關於福建省地方性法規停止實施部分行政許可項目的決定》(發布日期:2005年3月30日，實施日期:2005年3月30日)停止。
許可證每年由發證機關進行驗證，不驗證自動失效；發現蘑菇栽培種生產條件不符合規定要求的，許可證無效。第十二條取得許可證和營業執照的單位，應當生產省批準的菌種，並遵守技術操作規程。菌種質量必須符合福建省地方蘑菇菌種質量標準。第十三條蘑菇菌種管理部門、標準計量和工商行政管理部門應當對蘑菇菌種的生產經營活動進行檢查和監督。第十四條省級推廣站和各級食用菌菌種管理單位開展食用菌科研、推廣、菌種管理、改善制種條件等費用，由罐頭廠和有關集體、個體生產單位支付食用菌技術改進費。
技術改進費從罐頭廠和有關集體、個體生產單位收購蘑菇原料總額的1%中提取，列入成本。分配比例和使用範圍按照省人民政府的有關規定執行。技術改進費應當專款專用。第十五條蘑菇菌種生產、科研和管理的單位和個人應履行職責，做好工作。對工作中做出突出成績的，應當給予表彰和獎勵。第十六條違反本規定，有下列行為之壹的，視情節輕重，分別由地(市)、縣(區)香菇菌種管理單位給予警告、銷毀菌種、吊銷許可證的處罰；工商行政管理部門給予沒收非法所得、罰款、停業整頓、吊銷營業執照等處罰。構成犯罪的，由司法機關依法追究刑事責任。
(壹)濫發、傳播未經省審定的菌種；
(二)無證生產、經營蘑菇菌種，或者無證、無許可證生產、經營蘑菇菌種的；
(三)以次充好，銷售不符合質量要求的蘑菇菌種；
(四)塗改、偽造、轉讓許可證的。