1.職責分工是前提。所謂職責分工，就是三個機關按照法律和法定程序規定的職責，各司其職，各負其責，不越權幹預，也不推諉和不履行職責。辦理刑事案件的具體分工是:除人民檢察院依法自行偵查的案件外，依法由公安機關負責偵查、拘留、預審、執行逮捕和執行判決；人民檢察院負責批準逮捕、審查起訴和出庭支持公訴、抗訴；人民法院負責審理。
2.相互合作的基礎是三個機關的工作目標和任務壹致。所謂相互配合，就是三個機關在分工負責的基礎上，通力合作，相互支持，密切配合，依法辦理刑事案件。
公安機關在辦理刑事案件過程中，依法完成職責，及時移交人民檢察院。人民檢察院完成職責後，及時向人民法院提起公訴，人民法院審理案件，人民法院審理後需要執行的刑罰，由公安機關執行。三個機關的具體配合還體現在，逮捕犯罪嫌疑人必須經人民檢察院批準或者由人民法院決定，由公安機關負責執行。
3.相互制約是監督原則的體現，是依法行使國家權力的重要保證。所謂相互制約，就是三個機關在分工合作的基礎上，依照法律的規定，相互監督，防止錯案的發生，保證法律的準確有效實施。
在偵查過程中，公安機關需要逮捕犯罪嫌疑人的時候，必須經人民檢察院審查批準。不予批準的，公安機關可以請求復議，報請上壹級人民檢察院復核。
人民檢察院對公安機關偵查終結後移送起訴的案件進行審查，決定是否起訴。犯罪事實不清、證據不足的，可以退回公安機關補充偵查或者自行偵查。辦案中發現公安機關有違法行為的，通知公安機關予以糾正。
公安機關認為人民檢察院的決定有錯誤的，可以請求復議，要求人民檢察院復核。
人民法院對人民檢察院提起公訴的案件，應當根據具體情況和法律，作出有罪或者無罪的判決。人民法院認為人民檢察院起訴的案件事實不清、證據不足或者有違法情形時，可以退回人民檢察院補充偵查，或者通知人民檢察院糾正。人民檢察院認為判決有錯誤的，可以提出抗訴。人民檢察院認為已經發生法律效力的判決、裁定有錯誤的，可以按照審判監督程序提出抗訴，引起再審。
檢察機關與公安機關、審判機關與司法行政機關之間存在權力制約關系。由於檢察機關是法律監督機關，對訴訟活動具有全面的監督關系。我國憲法第壹百二十九條規定:“中華人民共和國人民檢察院是國家的法律監督機關。”第壹百三十壹條規定:“人民檢察院依照法律規定獨立行使檢察權，不受行政機關、社會團體和個人的幹涉”；第壹百三十五條規定:“人民法院、人民檢察院和公安機關辦理刑事案件，應當分工負責，互相配合，互相制約，以保證法律準確有效地實施”。《刑事訴訟法》第八條規定:“人民檢察院對刑事訴訟實行法律監督”。根據上述法律規定，檢察機關、行政機關、審判機關在行使各自職權時，存在權力制約和法律監督的關系。
1.檢察機關、公安機關和司法行政機關之間是權力制約和法律監督的關系。公安機關、國家安全機關、軍事機關保衛部門、監獄都有偵查權。其立案偵查權受檢察機關的法律監督；偵查機關逮捕犯罪嫌疑人應當報請檢察機關批準，偵查終結後移交檢察機關審查起訴。相應的，對於檢察機關不批準逮捕或者不起訴的決定，偵查機關可以提出復議、復核。
2.檢察機關和審判機關的關系是權力制約和法律監督。司法機關獨立行使審判權，以制約檢察權；檢察機關通過法律監督對人民法院的審判活動進行監督，通過相互制約和監督，保證國家的刑事、民事和行政訴訟依法進行。