收購的直接對象是轉讓方持有的目標公司股權。如果轉讓方轉讓的股權存在權利瑕疵，將導致收購交易出現本質性風險。通常收購方也會對轉讓方轉讓的股權進行壹些調查核實，比如在收購前通過工商檔案記錄查詢轉讓的股權。但在具體交易過程中，也出現過股權存在重大權利瑕疵，卻未在工商登記的實際案例。
所以除了工商檔案的查詢，還可以查看目標公司的內部文件(如重大決策文件、利潤分配憑證等。)並對公司其他股東和高管進行調查，通過律師完善相應的法律程序，鎖定相關人員的法律責任，最大程度讓真相浮出水面。
風險二:轉讓方的原始投資行為存在瑕疵。
股權收購後，收購方根據股權轉讓協議向轉讓方支付收購款，進而收購股權，享有股東權利，承擔股東義務。因為收購方不是目標公司的原始股東，所以有理論認為收購方在目標公司成立時不應承擔相關法律責任。因此，在股權收購中，收購方往往會忽略這樣的風險。
但根據《公司法》和《最高人民法院關於適用〈中華人民共和國公司法〉若幹問題的規定(三)》的規定，轉讓方轉讓股權，未履行或者未完全履行出資義務的，受讓方可以與轉讓方承擔連帶責任。在股票購買中，受讓方應特別關註轉讓方是否已完全履行出資義務，同時可與轉讓方就相關風險及責任分擔作出明確約定，以規避可能出現的風險。
風險三:主體資格缺陷
目標公司主體資格的瑕疵主要是指目標公司在設立或存續期間因違法行為而在主體資格上可能存在的障礙。如目標公司設立的程序、資質、條件、方式不符合當時法律、法規和規範性文件的規定，其設立行為或經營項目未經主管部門批準，設立時的資產評估、驗資不合法合規，目標公司不依法存在等。是否存在持續經營的法律障礙，是否被撤銷經營資格、吊銷營業執照、目標公司被強制清算等。都可能導致目標公司主體資格的障礙。
風險4:主要財產和產權的風險
股權收購的常見動機之壹，往往是考慮到直接經營目標公司資產的高稅收成本，而采取變相的股權收購。在這種情況下，目標公司的主要資產和產權就成了收購方特別關心的問題。
目標公司財產涉及的收購風險主要體現在以下幾個方面:目標公司擁有的土地使用權、房地產、商標、專利、軟件著作權、特許經營權、主要生產經營設備等是否存在產權糾紛或潛在糾紛；目標公司以何種方式取得上述房產的所有權或使用權，是否取得了完整的權屬證書，如果沒有，取得這些權屬證書是否存在法律障礙；目標公司對其主要財產的所有權或使用權的行使是否有任何限制，對擔保或其他權利是否有任何限制；目標公司是否有租賃房屋、土地使用權等。，以及租賃的合法性和有效性等。
風險五:重大債權債務風險。
目標公司的重大債權債務是影響收購後公司股權價值和經營風險的重要因素。相關收購風險主要包括:轉讓方是否如實披露目標公司全部債權債務並納入股權價值評估範圍；重大應收應付款項和其他應收應付款項是否合法有效，是否存在債權無法實現的風險；目標公司的對外擔保，是否存在代為清償的風險和代為清償後的追償風險；目標公司是否因環保、知識產權、產品質量、勞動安全、人身權等原因存在侵權債務等。
在股票購買中，應特別註意目標公司擔保的風險、應收款項的訴訟時效和變現的可能性。通常還應要求轉讓方對目標公司的債權債務，尤其是或有債權債務做出承諾和擔保。
風險6:訴訟、仲裁或行政處罰風險。
這方面的風險是目標公司是否存在未了結或可預見的重大訴訟、仲裁、行政處罰案件。如果存在這種情況，可能會對目標公司的生產經營產生負面影響，直接導致股權價值的降低。
在股票收購中，除了充分調查了解目標公司是否存在上述情況外，還可以通過與轉讓方就收購價格的確定、支付方式的約定、上述風險的責任分擔等進行明確劃分來避免。
風險7:稅收、環保、產品質量、技術等標準風險。
對於壹些特定的目標公司來說，這部分風險也是收購風險的易發區。這種風險壹般與目標公司享受的優惠政策和財政補貼是否合法合規、真實有效、目標公司的生產經營活動和擬投資項目是否符合環境保護要求、目標公司的產品是否符合產品質量技術監督標準、目標公司近年來是否因違反環境保護和產品質量技術監督方面的法律法規和規範性文件受到處罰等密切相關。如果不能完全掌握情況，收購後可能會爆發風險，導致股權利益受損。
風險8:勞動和就業風險
隨著我國勞動法、勞動合同法及相關勞動保障法律法規和政策的完善，立法保護勞動者就業的傾向越來越明顯。在這種立法趨勢下，對用人單位承擔相應的雇傭義務要求更加嚴格。
風險9:受讓方的控制風險
有限責任公司作為壹種以人為主、資本為輔的公司形式，決定了其權力機關主要由相互認識、相互信任的股東組成。同時也決定了壹般情況下，股東按出資比例行使權利。基於上述特點，收購方在收購目標股權時，不僅要註意與轉讓方達成合意交易，還要充分了解自身合作方即其他股東在收購後的合作意向，避免因不了解其他股東的無意合作而誤陷泥潭；同時，應充分關註轉讓方對目標企業的實際控制，避免產生轉讓方基於相對控股地位對目標企業擁有控制權，但實際上公司其他少數股東受某壹主體控制，轉讓方根本沒有控制權的誤解。