縣級以上人民政府負責口岸管理工作。
縣級以上人民政府應當按照各自職責，配合發展改革、安全生產監督管理、航道、公安、土地、規劃、建設、水利、環境保護、海洋漁業、林業等部門和海事管理機構做好港口管理工作。第五條縣級以上人民政府應當保證港口航道、防波堤、錨地等基礎設施建設和維護所需的資金投入。
鼓勵國內外經濟組織和個人依法投資建設和經營港口，切實保護投資者的合法權益。第二章港口規劃和建設第六條港口規劃應當以經濟社會發展為基礎，體現港口發展要求，符合城鎮體系規劃，依法保護和合理利用港口資源，在港口岸線相關陸域預留足夠的港口建設用地，並與土地利用總體規劃、城市總體規劃、流域規劃、防洪規劃、海洋功能區劃、航道規劃、環境保護規劃以及法律法規規定的其他相關規劃相銜接和協調。
編制港口規劃應當組織專家論證，並依法進行環境影響評價。第七條港口規劃包括港口布局規劃和港口總體規劃。
全省港口布局規劃由省人民政府根據全國港口布局規劃和全省經濟社會發展狀況組織編制，征求國務院交通主管部門意見後公布實施。
港口總體規劃由縣級以上人民政府港口行政管理部門根據全省港口布局規劃制定，並征求有關部門的意見。主要港口總體規劃應當在征求省人民政府交通主管部門意見後，按照法定程序編制和報批。第八條港區應當根據港口總體規劃劃定，並按照規劃用途使用，不得挪作他用。確需改變用途的，應當按照港口規劃程序辦理。第九條在港口總體規劃區內新建、改建、擴建港口設施或者其他項目需要使用港口岸線的，應當在立項前向地級以上人民政府港口行政管理部門提出書面申請。書面申請包括岸線的使用者、範圍、期限和功能。
申請使用港口深水岸線的，應當按照國家有關規定辦理審批手續；地級以上市人民政府港口行政管理部門負責港口非深水岸線使用申請的審批。
港口岸線使用者應當按照批準的範圍和用途使用港口岸線，不得擅自改變港口岸線的範圍和功能。確需改變港口岸線用途、範圍、期限和功能的，應當依法辦理變更手續。第十條港口建設應當符合港口規劃，遵循國家基本建設程序，符合國家有關標準和技術規範，並依法辦理相關審批手續。
港口項目建設應當依法進行環境影響評價。港口建設項目的安全設施和環境保護設施必須與主體工程同時設計、同時施工、同時投入使用。第十壹條港區內不得修建影響港口規劃實施的建築物、構築物和設施。對不影響港口規劃實施的新建建築物、構築物和設施，負責審批有關建設項目的部門在審批前，應當征求縣級以上人民政府港口行政管理部門的意見。
修建橋梁、水下隧道、水電站、鋪設水下電纜管道以及其他可能影響港口水文條件變化的工程，項目審批部門在審批前應當征求縣級以上人民政府港口行政管理部門的意見。妨礙港口建設、生產和安全的，建設單位應當采取防護措施，並在工程建設完成後拆除防護設施。第十二條港口設施建設項目竣工後，應當通過有關行政主管部門的專項驗收後，方可申請竣工驗收；竣工驗收後才能投入使用。
省人民政府發展改革部門批準的港口項目竣工驗收，由省人民政府交通運輸部門組織實施。
除國務院交通主管部門和省級人民政府外，其他港口的竣工驗收由縣級以上人民政府港口行政管理部門組織。第三章港口經營管理第十三條從事港口經營的，應當依法申請港口經營許可和工商登記。
港口經營包括碼頭和其他港口設施的經營，港口客運服務的經營，貨物裝卸、駁運、倉儲的經營和港口拖輪在港區內的經營。