加強對司法權的制約和監督，構建符合我國國情和法治國家要求的司法權運行機制，是深化司法體制改革、保證司法權正確行使的客觀需要，也是實現司法民主的必要形式、司法公正的基本保障、司法公信的重要途徑和司法廉潔的有效手段。圍繞完善司法權運行機制，抓住容易出問題的薄弱環節，決定進壹步強調了幾項改革任務。
優化司法權配置，完善司法權分工負責、相互配合、相互制約的機制，加強和規範對司法活動的法律監督和社會監督。對公安部門、檢察院、法院和司法部門的職責、權力和關系進行必要的調整，構建職能明確、分工合理、制約有效的司法權力運行機制，使人民法院、人民檢察院和公安機關分工負責、相互配合、相互制約，有效辦理刑事案件，確保準確有效執法。規範審判權使用，全面實行“審判、審判與執行、審判與監督相分離”。構建科學合理的監督機制，拓展監督渠道，主動接受黨、人大、社團、輿論和公民個人的監督。
改革審判委員會制度，完善主審法官和合議庭辦案責任制。賦予獨任法官裁判權，尊重合議庭評議案件形成的多數意見，切實做到“讓法官裁判，讓法官負責”。審判職能由審判長和合議庭行使。如果出現錯案，相應的責任也由審判長承擔，強化了審判長的責任，促進了法官業務水平的提高。要充分考慮法官素質參差不齊的現狀，肯定院長、庭長檢查審判流程和文書的積極意義，明確院長、庭長在具體案件審判中的管理權限，明確審判委員會的職責。同時，要突出法官的裁判地位，明確限制院長、庭長和審判委員會的參與，避免變“審查”為“批準”，“請求復議”為“強制變更”
明確各級法院職能定位，規範上下級法院審級監督關系。針對各級司法部門之間行政管理的傾向，以及壹些地方下級法院要求上級法院報告案件的現象，明確上下級法院之間是監督與被監督的關系，而不是行政隸屬關系，各級司法部門要逐步回歸到審判層級的原有關系，解決行政權力制約司法權力和審判獨立的問題。
推進審判公開和檢察公開，強化法律文書的合理性，嚴格規範減刑、假釋和保外就醫程序，廣泛推行人民陪審員和人民監督員制度。積極探索司法公開的有效形式和途徑，充分保障人民群眾對司法工作的知情權、參與權和監督權，更好地約束和規範司法行為。人民法院實行六公開措施，立案公開、審判公開、執行公開、開庭公開、文書公開、審判事務公開。推進陽光司法工程，加強審判流程、裁判文書、執行信息三大公共平臺建設，記錄保存全部審判材料，讓審判過程看得見、摸得著、聽得著。推進法院生效裁判文書公開，接受公眾審查，迫使裁判文書事實清楚、有理有據、有理有據。人民檢察院應當實行檢務公開，賠禮道歉和刑事申訴案件應當依法接受公開審查、公開審理和公開答復。公安機關推行警務公開，引入刑事案件立案和破案、火災事故責任公開認定、交通事故公開處理等制度。針對減刑、假釋、保外就醫等審判程序缺乏透明度，規定“重罪輕罰”不符合寬嚴相濟刑事政策的情況，建立減刑、假釋審判程序公開制度，嚴格重大罪犯減刑、假釋適用條件，完善刑罰執行監督機制，使刑罰執行具有更高的公信力。針對壹些地方存在的人民陪審員“陪而不審”“議而不議”、人民監督員民意代表性不足、檢察機關領導權過大等問題，進壹步深化改革創新機制，真正使之成為司法機關吸收普通群眾參與和監督司法活動的重要舉措，更好地直接體現司法民主。