1，秘書處負責協調機關日常工作；承辦文電、秘書、會議、通訊和信息工作；負責檔案、報刊、圖書資料；編輯出版物；負責財務、房地產、基本建設、物資設備、環境秩序管理、後勤服務的規劃、協調和監督，承辦重要活動的會議接待，負責赴臺審批，聯系各地各部門涉臺機構。
2.總局負責承擔海峽兩岸關系協會的日常工作。負責並協調相關部門與臺灣省當局授權的機構和人員進行交涉；負責並歸口管理與臺灣省海峽交流基金會的聯系；協調指導有關部門和地方處理涉臺突發事件和兩岸雙向遣返及相關問題；按照海協會章程，開展與島內和海外團體和人士的聯系與合作。管理臺灣同胞和同胞捐贈工作。
3.研究局負責研究臺海局勢和兩岸關系重大問題，制定相關政策並提出工作建議，指導和協調中央有關部門和地方的對臺研究工作。
4.新聞局負責組織、指導、管理和協調涉臺新聞工作；負責臺灣省記者來大陸采訪和兩岸新聞交流合作的管理規劃；負責指導各地各部門涉臺教育工作；承辦國務院臺灣事務辦公室的新聞發布工作。
5.經濟局負責管理和協調兩岸“三通”事務；統籌協調和指導臺灣的經濟工作；研究和協調臺商對臺投資政策；會同有關部門研究起草對臺經貿、金融、科技等方面的法律法規和政策，並負責協調、檢查和實施；就對臺重要經貿項目和活動與有關部門和地方進行協調；指導和管理臺資企業協會，負責對臺資企業的政策指導和服務。
6.港澳涉臺事務局負責配合有關部門處理香港特別行政區和澳門特別行政區涉臺工作中的相關事務。
7.交流局負責組織、指導、管理和協調兩岸文化、教育、科技、影視、出版、體育、衛生、社科、民政、民族、宗教、民間信仰、工會、青年、婦女、基層民眾等工作。研究兩岸人員往來的相關政策。
8.聯絡局負責與臺灣有關政黨和團體的聯絡工作，承擔臺灣省重要團體和人士來訪的接待安排，指導協調中央有關部門與地方臺辦的聯絡工作。
9.法規局負責制定涉臺法律政策，審查涉臺法規，研究臺灣省兩岸關系相關法律動向，指導協調涉臺法律事務，審批管理兩岸法律交流，依法處理行政事務。
10，投訴協調局負責協調處理重大復雜的臺灣省同胞投訴；指導和檢查全國臺灣事務辦公室處理臺灣同胞投訴的工作；組織各地臺辦投訴協調工作的經驗和信息交流，通報臺灣省同胞投訴處理情況；負責臺灣同胞及其家屬來信來訪和涉臺維穩工作；承擔雙方有關機構在全國的聯系和服務工作，保護臺商的合法權益；承擔保護臺商權益聯席會議辦公室的職責。
11.政黨局負責進行臺灣省政黨和政治團體的研究；承辦黨際交流平臺相關事宜；協調和指導與臺灣省主要政黨和重要政治團體的交流。
12，黨委(人事局)負責黨的思想、組織、作風建設和紀律檢查，領導機關精神文明建設，工青婦工作。
負責所屬事業單位的考核、任免、調配、勞資、機構編制等工作；承辦機關人員因公出國的審批、政審、護照和簽證工作，管理出國幹部；了解各地區、各部門臺辦主要幹部的情況；組織和指導本機關和全國對臺工作系統幹部的培訓教育工作。
負責離退休幹部工作。