按照現行管理體制，紀檢監察機關實行上級機關和同級黨委雙重領導。但在實踐中，同級黨委、政府對紀檢監察機關擁有絕對控制權，紀檢監察機關在組織人員和工作經費上高度依賴同級黨委、政府，而上級紀檢監察機關的領導僅限於業務指導。受各種客觀因素的影響和制約，上級難以在人事安排、福利待遇、行政經費等關鍵問題上為下級提供有力的政策支持，造成紀檢監察系統合力不足。比如紀檢組長派駐。
提名權在文件中規定由紀檢監察機關掌握和行使，但大多寫在紙上，真正落實到行動上的很少。派駐監督室主任也由所在單位提名，而紀檢監察機關只執行考察任命。
2.結構、編制、人員還是比較緊張的。比如余江縣縣紀委。編制19人，其中5人退居二線。按照鷹潭的習俗，退居二線的同誌可以不來上班，但編制還是占著辦公室。其實只有14人上班，平均只有壹個房間。
1.2人。縣(市、區)紀委監察局仍有合並的職能處室。比如月湖區紀委。宣傳教室、研究室、廉政辦公室由壹位同誌兼任，他既是“指揮員”，又是“戰鬥員”。雖然沒有合並職能部門，但市紀委由於人員少(有三個部門，目前只有1)，只能應付上級安排的“規定動作”，部分工作無法落實，影響了紀檢監察工作的有效開展。
3.在組織協調方面，壹方面，在“組織協調”的大帽子下，紀委必須親力親為，有取代職能部門和專項治理牽頭單位工作的傾向；另壹方面，難以有效整合各專門機構的力量，使得壹些執法機構缺乏聯系和溝通，往往各自為政，難以形成整體合力。如果有些案件重復辦理，會造成人力和財力的不必要浪費。特別是在涉及跨專業、政法學科的辦案銜接中，有時案件移交不及時甚至不到位，影響了案件查辦和反腐敗工作的深入開展。
4.在發揮其作用時，基層紀委(紀檢組)的力量很弱。雖然市、縣(區)直屬部門和單位都成立了紀委(紀檢組)，但個別單位的紀委(紀檢組)並不能發揮應有的作用。大多數單位的紀委(紀檢組)只有1個書記或組長，是“壹個人的軍隊”。有的被單位領導“敬而遠之”；有的被“拒之門外”，未能履行監督職能；壹些事務，少考慮自己的工作，玩樂。
角色不到位；有的紀委書記(紀檢組組長)工資比同級幹部低，工作不好開展。也有不想工作，出不來的情況。有的把紀委書記(紀委壹把手)當成壹種待遇，當成晉升的“跳板”，工作累死人；壹些年齡較大、難以安排其他崗位的幹部被安排到紀檢監察崗位，導致很多部門的紀檢監察幹部出現“老化”問題。尤其是鄉鎮，紀委書記壹般都是同級黨委副書記，分管的工作很多，精力分散，專職的紀委副書記還沒有真正專職。有的鄉鎮紀委甚至幾年都沒辦過壹個案子。
5、在工作中，有三種畏難情緒，影響工作推進。壹是查辦違紀案件存在畏難情緒。隨著社會的發展和科技水平的不斷提高，案件變得越來越隱蔽和復雜，查辦案件的程序也越來越嚴格和規範。具備金融、審計、法律、信息技術等專業知識的人才極其稀缺。突破壹個案件往往需要很大的成本和艱辛，讓壹些同誌對查辦案件有畏難情緒。第二，處理工作關系有人情心理。少數紀檢監察幹部與違紀人員工作生活在同壹個地方，相互“低頭不見擡頭見”。所以害怕他們的感受，顧慮很多，導致調查和紀律的缺失。由於紀檢監察工作難度大、任務苦、差，是壹項“進攻性工作”，所以壹些幹部對紀檢監察工作心存顧慮，積極性、主動性不高。他們更多的是服從和應對，考慮的是後路。有的同誌，為了處理好上級領導、同事、熟人、朋友等關系。，做紀檢監察工作“不要太認真”，在處理工作關系時要對待人的面子和感情；第三，面對個人待遇有落差心理。紀檢監察幹部努力工作，“只是種荊棘而不是花”，容易得罪人，招人煩，是吃力不討好的工作。待遇方面，與壹些經濟部門相比，紀檢監察幹部待遇較差；相比壹些機構，晉升渠道相對狹窄。有的幹部在紀檢監察部門壹呆就是十年甚至二十年，直到
退休，但有些同誌的政治待遇很難解決。壹些紀檢組組長(紀委書記)相對於同級行政副職總是“厚此薄彼”，在排名、團隊內部分工、領導決策等方面往往處於劣勢；在生活方面，紀檢監察幹部往往不敢去別人能去的地方，不敢得到別人能得到的東西，有時甚至不敢參加壹些正常的娛樂活動，總是擔心別人說三道四，過著苦行僧的生活。紀檢監察幹部往往被認為“不合時宜”、“不合群”，是社會上的壹種“另類”。壹些公正廉潔自律的紀檢監察幹部，經常被被調查對象投訴，甚至不被親友理解，所承受的社會壓力和精神壓力可見壹斑。個人付出與個人收入的長期不對等，造成了壹些紀檢監察幹部的心理落差。
6、在幹部素質上，與新形勢新任務的要求還不相適應。表現在紀檢監察幹部的人員結構不合理，主要體現在年齡結構不合理、知識結構不合理、性別結構不合理、專業結構不合理。紀檢監察幹部在同壹個崗位上工作時間長，工作年限長，年齡大，特別是紀檢組長、監察室主任，幾乎成了穩當的職位。由於長期在同壹個部門、同壹個崗位、同壹個地區工作，幹部的知識單壹過時，缺乏實用性。大部分幹部要麽是從部隊轉業落戶，要麽是從社會上轉來照顧關系，要麽是任命和調動，而真正從普通班畢業並通過公考錄用的大學生卻屈指可數。懂會計、法律、計算機、寫作的專業人士鳳毛麟角。壹些紀檢監察幹部學習興趣不高，缺乏吸收新知識的緊迫感；有的紀檢監察幹部忙的時候不上學，閑的時候不想學，自己幹；壹些紀檢監察幹部對理論知識了解不多，但學習不熟練，對業務知識也不是很了解。有的紀檢監察幹部工作中號召多於具體措施，大多流於形式，浮於表面，不聯系本部門本單位實際，以文件落實文件；壹些紀檢監察幹部處理問題簡單化，以為自己的工作就是“管人”，不註重在實際工作中提高幹部的整體素質，進壹步改進和加強紀檢監察機關自身建設，營造想、能、實、幹的良好氛圍，以良好的作風推動紀檢監察工作全面發展。