自然保護區發展生態旅遊的不利影響有:①生態旅遊增加了自然保護區的管理難度。壹方面，自然保護區的生態旅遊可以為自然保護區創造經濟效益；另壹方面，環境汙染、部分遊客的不文明活動和行為、外來文化的沖擊和開發的盲目性，會幹擾和破壞其資源，影響自然保護區的正常管理，增加管理難度。如何提供健康、安全、舒適的旅遊產品，已成為自然保護區亟待解決的問題。②旅遊業對野生動物構成潛在威脅。自然保護區內的旅遊，由於遊客素質參差不齊和管理力量的限制，對野生動植物的棲息地和生存造成了潛在的威脅，如攀爬樹枝、踐踏植被、采摘花果、采摘鳥蛋、野外用火、驚擾動物等。此外，遊客的進入也增加了壹些人畜疾病的傳播概率。
自然保護區生態旅遊發展及管理對策
目前，自然保護區已具備發展生態旅遊的社會條件。壹是自然保護區管理機構建設逐步加強；二是自然保護區建設逐步走向法制化、規範化軌道；三是國民經濟快速發展，人民生活水平提高，整體素質不斷提高。因此，生態旅遊的開發和管理尤為重要。根據我國自然保護區的現狀和特點，結合發展生態旅遊過程中存在的問題，對生態旅遊的發展和管理提出以下對策和措施:
(1)堅持可持續發展的指導思想人們在開發利用保護區旅遊自然資源的過程中要樹立可持續發展的思想，充分研究其對其他資源、其他因素和整個旅遊環境的影響，兼顧國內外的公平原則，對當代人承擔同樣的道德義務，給他們留下充分的空間去享受旅遊的樂趣。在保護的前提下，合理利用，盡可能保護，保證旅遊業的可持續發展。
(2)合理布局，科學規劃，重點發展。中國陸地面積960萬平方公裏，從北到南跨越近50個緯度，從東到西跨越60多個經度。氣候類型復雜多樣，物種資源豐富，構成了我國自然保護區的資源優勢和特色。然而，在我國已建立的近2 000個自然保護區中，空間和地理分布差異很大，區位特征、保護對象和資源品位各不相同。
(三)完善法律法規，加強執法監督。自然保護區生態旅遊的開發建設應納入法制化軌道。雖然《自然保護區條例》和《森林和野生動物自然保護區管理辦法》等相關法律法規對自然保護區開展生態旅遊作出了相應的規定，但對自然保護區開展生態旅遊的原則、條件、程序、步驟和限制性措施還不夠詳細，仍需完善。
(4)建立科學的生態旅遊管理機制。自然保護區生態旅遊能否集自然、保護、科教、創收於壹體，實現生態、社會、經濟效益的統壹，取決於管理水平。因此，完善保護區生態旅遊的管理機制，構建科學合理的管理模式極為重要。生態旅遊管理是綜合性與專業性、開發與保護相結合的新概念，體現了經濟、生態和社會效益。這種管理既能給人們提供“回歸自然、回歸質樸”的真實感受，又能保證生態的完整性和環境的質量，是實現人與自然協調發展和生態經濟可持續發展的可靠保障。