根據美國憲法，總統是武裝部隊的總司令，也是全軍的最高統帥。總統通過國防部領導和指揮全軍，在緊急情況下可以越級指揮。戰略核力量總是在總統的指揮和控制之下。
國家安全委員會是最高國防決策咨詢機構。其法定成員包括總統、副總統、國務卿和國防部長。參謀長聯席會議主席是其法律軍事顧問，中央情報局局長是其法律情報顧問。委員會的日常工作由總統國家安全事務助理(顧問)負責。
國防部是總統領導和指揮美國武裝力量的最高軍事機關。它負責國防政策和計劃的制定和實施，以及國防事務的全面管理，並通過參謀長聯席會議對全軍實施作戰指揮。由國防部總部系統、軍部系統和作戰指揮系統三部分組成。
國防部總部系統主要負責政策、財政、軍事等軍事事務，以及軍事部門之間的協調。下設政策、采購與技術、人事與戰備、審計與財務、指揮與通信控制與情報、立法、後勤、情報監督、行政管理、公共事務、監察、作戰試驗與評估等部門，分別由國防部副部長、助理部長、局長、處長或部門負責人擔任。
軍部體系包括三個軍部(軍部):陸軍部、空軍部和海軍部。軍事部門負責本軍種的行政管理、教育訓練、武器裝備研制采購、後勤保障等事務，戰時有責任向聯合作戰司令部提供作戰部隊及相應的勤務和後勤保障，但沒有作戰指揮權。軍事部長是文職人員，在他之下是各軍種的參謀長(海軍是作戰部長)。參謀長(海軍作戰部長)是軍種的最高軍官。
作戰指揮系統是指參謀長聯席會議(以下簡稱“參謀長聯席會議”)及其下屬的聯合司令部和特種司令部。參謀長聯席會議不僅是總統、國防部長和國家安全委員會的軍事顧問機構，也是總統和國防部長向聯合司令部和特別司令部發布作戰命令的軍事指揮機關。從某種意義上說，國防部是總統的軍政部門，而參謀長聯席會議是總統的軍事部門。
參謀長聯席會議成員包括主席和三大軍種的參謀長(海軍是作戰部長)。參謀長聯席會議主席是美軍最高軍事長官，也是總統和國防部長的首席軍事顧問。參謀長聯席會議下設參謀長聯席會議和國家軍事指揮中心，負責處理日常事務和作戰指揮。美軍有9個聯合司令部，是國防部直屬的美軍高級作戰指揮機構。除了執行特殊任務的以外，美國的三軍全部編成壹個聯合司令部。在發生重大突發事件時，各聯合指揮部可以對總部編制的部隊進行作戰指揮。
目前，9個聯合司令部包括5個地區司令部，即歐洲司令部、太平洋司令部、大西洋司令部(1999+00年6月改組為聯合部隊司令部)、南方司令部和中央司令部；四個職能司令部，即航天司令部、特種作戰司令部、運輸司令部和戰略司令部。必要時，其他聯合司令部的部隊也可以根據總統的指示，在緊急情況下臨時置於聯合司令部的指揮之下。
美國武裝部隊
由現役部隊、預備役部隊和軍隊文職人員三部分組成。現役部隊分為陸軍、空軍、海軍和海軍陸戰隊四個軍種，由陸軍部、空軍部和海軍部三個軍種領導。按照建制，美國預備役部隊分為兩部分:國民警衛隊和美聯儲。國民警衛隊包括陸軍國民警衛隊、空軍國民警衛隊和海岸警衛隊，其中海岸警衛隊通常歸美國交通部管轄。預備役包括陸軍預備役、海軍預備役、空軍預備役和海軍陸戰隊預備役。預備役人員按動員程度分為三類:第壹類是備用預備役人員，即預備役部隊的精選預備役人員，可立即用於增援正規軍；第二類是待編預備役人員，即動員時可以征召的個人；第三類是退役預備役人員，必要時可被征召補充負責作戰支援和訓練的部隊。文職人員是美國聯邦政府雇員的壹部分。受雇於該國的稱為直接雇員，受雇於所在國政府的稱為間接雇員。工作類型有科學家和工程師、行政人員、技術人員、秘書和職員、服務員、勤雜工等。