1.交易所各方因口頭約定和未簽訂書面合同而產生的爭議的處理。根據《農村土地承包法》第三十七條規定，土地承包經營權流轉雙方應當簽訂書面合同。但現實中，承包換地很少簽訂書面合同，當事人大多以口頭約定的方式換地。在這種情況下，壹方要求收回交換的土地，就涉及到口頭約定如何認定的問題。對此，實踐中有不同的理解。有人認為雙方未依法簽訂書面合同，其交換關系不依法成立或認為口頭協議無效。筆者認為，按照農村習俗，互換往往是口頭約定，相互交付互換才是互換關系成立的標誌。如果雙方對原口頭約定無異議，交換事實已經實際發生，則交換關系成立。只要土地交換是雙方的真實意思表示，且不損害他人利益，其口頭約定應被認定為合法有效。
2.關於發包人或交易所壹方僅以土地交易所未報備案為由要求確認合同無效的處理。《農村土地承包法》第三十七條規定，土地承包經營權以互換方式流轉的，應當報發包方備案。但在現實中，由於農村土地承包方法律知識的相對缺乏和農村習慣的影響，農村承包地流轉往往不報發包方備案。備案和審批或同意性質不同，法律意義自然不同。根據《農村土地承包法》的規定，在常見的四種土地經營權流轉方式中，除經發包方同意的流轉外，互換、轉包、租賃不需要發包方同意，只需報備案即可。可見，承包地的交換完全由雙方決定，備案是為了方便土地經營權的流轉管理，起到通知、登記、參考的作用。根據《農村土地承包糾紛解釋》第13條、第14條的規定，土地承包經營權以轉讓方式流轉。未經發包方同意，轉讓合同無效。但以互換方式流轉承包土地經營權，未報發包方批準的，不影響合同效力。因此，在審判實踐中，發包方或交換壹方僅因土地交換未報備案而請求判決確認合同無效的，不應予以支持。
3.對換地期限約定不明確引起的爭議的處理。在農村土地交換糾紛中，有的土地交換沒有約定期限。在這種情況下，壹方要求解除交換合同，就涉及到合同期限的確定。審判實踐中也有不同的理解，有的認為應按照《中華人民共和國合同法》(以下簡稱《合同法》)第二百三十二條處理，即當事人可以隨時請求解除合同；有人認為，互換合同的期限應根據農村土地承包合同的期限來確定。農村土地承包期內，當事人不得主張解除互換合同。要準確認定這個問題，首先要正確分析土地交換的性質。根據《農村土地承包法》第四十條精神，參照《土地流轉管理辦法》第17條和第三十五條的規定，土地交換是經營權主體發生變更時，土地經營權的轉移。土地交換後，雙方對交換土地的權利和義務也隨之交換，當事人還可以辦理土地承包經營權變更登記，也就是說，原土地承包經營權人喪失了原承包土地的經營權。土地交換不同於以土地轉包和土地租賃方式進行的土地經營權流轉，後兩者之間不存在法律關系。其次，按照農村習俗，雙方互相交付標的物時，交換關系成立。如果雙方沒有約定期限，則視為永久交換。對於農村承包土地交易所來說，交易所的期限就是農村承包合同的期限。基於上述原因，《農村土地承包合同糾紛解釋》第17條的規定，僅規定未約定承包地流轉期限，可參照《合同法》第二百三十二條的規定處理；沒有約定換地期限的，在沒有相應規定的情況下，不能參照合同法第二百三十二條的規定辦理。據此，在審判實踐中，當事人壹方主張在農村土地承包期內解除換地合同的，壹般不予支持。
4.不同集體經濟組織成員之間土地交換糾紛的處理。《農村土地承包法》第四十條規定，承包方可以互換屬於同壹集體經濟組織的土地承包經營權。據此，不屬於同壹集體經濟組織的承包方不得以互換方式轉讓土地經營權。土地承包經營權以交換方式流轉的，其行為無效。但現實中存在不屬於同壹集體經濟組織的承包方互換承包地，換地後有的對互換的土地進行了重新管理，有的仍在互換的土地上從事建房、葬墳等永久性建設的情況。實踐中很難處理這樣的糾紛。根據法律規定，交換合同無效，雙方應當將土地返還對方，但土地的返還必然涉及土地上房屋、墳墓等建築物的處置。房屋建設壹般都是經過相關部門批準的。同時，按照農村習俗，墳墓是不能隨便移動的。所以，拆遷房屋，遷墳，會面臨很多尷尬和困難。因此，在處理此類案件時，應註重協調和調解，讓兩個不同的集體經濟組織就涉案土地的權屬問題進行協商，盡可能維持土地交換的現狀。