為了防止工程出現重大變更，建設單位不能單方面依賴施工階段的管理工作，變更的發生往往是因為項目前期設計和預算存在諸多缺陷。因此，建設單位應加強項目前期的預算審核。項目前期預算審核可以從施工圖審核、工程量清單審核、工程控制價審核等方面入手。在施工圖審核方面，要重點關註施工圖設計是否能完全滿足建設單位的項目要求，設計深度是否合適，設計圖紙是否清晰，設計要求是否明確。總之，壹個高質量的施工圖設計方案不僅可以指導工程量清單的編制，還可以減少後期的圖紙修改頻率，對於保證工程的連續性和高質量非常重要。同時，加強工程量清單的審核，可以減少清單中的疏漏，避免出現項目描述不清、專業項目暫估價設置過多、隱蔽工程缺失、與施工圖不符等問題，避免出現工程量清單編制不實、不準確等問題，導致後期結算審核出現爭議，最終導致大量工程變更。此外，在工程控制價的審核中，控制價應合理反映工程總造價，避免過高或過低，既不會增加工程投資，也不會造成施工單位偷工減料，為做好工程管理打下堅實基礎。
(2)全程跟蹤，加強項目中期變更審批管理。
壹方面，全過程跟蹤審計有利於協調建設過程中各參與方在工程變更方面的職責履行。加強全過程跟蹤審計，有利於及時督促施工單位對工程變更做出明確答復，避免建設單位與施工單位意見不壹致，工程建設效率低下。特別是在項目負責人變更多、持續時間長的項目中，全過程跟蹤審計可以及時記錄項目實施過程中的變更部分，及時發現監理單位的不作為，對項目變更部分不能及時協調相關手續，導致工程無法完工，造成建設單位對工程造價失控和國有資產流失。另壹方面，全程跟蹤審計有利於規範變更程序，保證變更核算的準確性。作為專業的工程咨詢機構，全過程跟蹤審計單位將在項目發生不可預見的變化時，從項目後期最終結算所需的資料中及時收集設計變更通知單、圖紙會審等原始資料。此外，對變更資金的核算、隱蔽工程的施工工藝、工程量進行有效的記錄和核算，督促各方對變更內容進行確認，避免不明原因的變更，避免結算時發生糾紛，及時防範風險。
(三)事後審計，確保項目變更真實合規。
工程竣工後，施工單位往往依靠現場變更簽證，竣工結算報告中存在各種高估和錯估。審計人員必須加強工程變更的事後審計，防止因變更導致工程報價增加、國有資產流失等嚴重問題的發生。審核後期要重點關註以下三個方面:壹是變更手續是否齊全，特別要註意設計單位、監理單位、施工單位、施工單位的簽字蓋章是否齊全，是否形成相關會議紀要或記錄，防止管理者簽字確認變更的不規範管理方式；二是竣工結算時的變更金額是否合理，特別要註意變更咨詢、設計變更、工程變更簽證是否與實際竣工結算壹致，是否存在變更範圍計算錯誤，隨意增加變更項目，避免變更管理出現漏洞；三是竣工結算審核單位要加強與監理單位和跟蹤審核單位的溝通，加強變更工作的管理，多方聯動，確保竣工結算審核的準確性。
(四)加強培訓，不斷提高人才隊伍的素質。
工程變更管理是工程管理中的壹個突出矛盾。把握不好，監管不到位，不僅會導致工程質量出現問題，還會導致國有資產流失。如何做好重大建設項目的變更管理，對相關人員的能力素質提出了更高的要求:壹是項目經理要加強變更管理。要把更多的精力放在方案設計上，在充分細化項目要求的基礎上推進項目建設工作。對於項目實施過程中的每壹個變更，都要加強論證，及時報批，做好記錄，加強與其他項目管理參與方的合作，確保變更管理的充分高效。二是審計人員要加強法律法規的學習，特別是變更管理等類似復雜問題的學習和研究，掌握法律法規的文件精神，明確標準，深入細致地開展工作。堅持問題導向，及時發現問題，涉及變更時，作為審核人員，要堅持實事求是的原則，準確計算變更引起的費用變化和施工工藝變化。第三，溝通能力不斷提升。在項目管理過程中，項目參與方需要加強相互之間的合作與溝通，在現場觀察記錄的基礎上加強與施工方和監理方的溝通，據實進行變更。