編輯
綜合部
負責文電、會議、保密、機要、檔案等機關的日常運行和綜合協調。負責綜合文稿起草、公文審核、內部監督、政務信息、宣傳、外事、財務及相關行政事務管理。圍繞編輯整理這壹重點工作，開展全局性、長期性的調研和專題調研。
政策法規司
研究機構編制管理的重大問題，組織制定機構編制管理相關的方針、政策和制度規定，協調推進機構編制科學化、規範化、法制化建設。組織起草管理法律法規草案，承擔相關規範性文件的合法性審查和法律法規征求意見的回復工作。承辦相關的行政復議和行政訴訟。組織協調機構編制標準化工作。組織實施機構編制管理創新試點。承擔國家機構總量控制的研究。參與行政體制改革的相關工作。
行政體制改革司
研究行政體制和機構改革、地方機構改革、事業單位分類改革以及相關領域行政體制改革的重大問題。了解各方面的相關意見和建議，掌握國外相關改革動態。承擔改革方案制定、組織實施的相關工作。協調相關專項改革事項，跟蹤了解改革進展和效果，提出對策建議。
事業單位改革司
研究制定事業單位改革的具體政策；指導各地並組織中央部門開展事業單位標準化分類工作；跟蹤改革進展，總結分類推進事業單位改革的經驗；負責分類推進事業單位改革的研究和銜接，提出對策建議；承擔中央分類推進事業單位改革部際聯席會議辦公室日常工作，承擔會議籌備、情況通報、文件匯編等工作。
壹次
負責黨中央各部門、人大機關、政協機關、群眾團體和民主黨派中央機關機構改革意見的研究，審議“三個決定”的規定和機構編制管理。負責機構改革意見研究和紀檢監察機構機構編制管理。負責中央政法部門機構改革意見研究、“三個決定”審查和機構編制管理。負責地方法院、檢察院機構改革意見研究和機構設置審核，承擔相關管理制度改革。負責政法專項編制、現役公安編制和武警部隊編制的審核管理。負責外事、文化體育、民族宗教、人口計生、港澳僑務、參事等部門機構改革意見研究。、對“三定”的審查和機構編制的管理。
負責機構改革意見的研究和駐外及港澳機構的機構編制管理。負責中央和國家機關有關部門“兩委”人員編制、援外機動人員編制、離退休幹部人員編制、轉業幹部人員編制和外儲人員編制的審核和管理。
吉爾
參與國務院行政管理體制和機構改革方案的研究。負責聯系部門機構改革方案的研究和實施，處理專項改革涉及的機構編制調整。跟蹤了解所聯系部門“三定”規定的執行情況，負責“三定”規定的解釋。研究提出國務院行政機構編制管理制度、政策和標準，參與機構編制管理條例的研究。負責聯系部門及其垂直管理機構的職責和機構調整，提出相關部門職責分工和協調意見。負責口岸查驗單位的設立和管理。負責組織調整國防動員等機構。研究提出國務院離退休幹部工作機構設置和軍隊轉業幹部管理的有關政策和標準意見，負責離退休幹部工作機構設置的調整、軍隊轉業幹部的編制、“兩委”人員的配備和動員援助工作。
石三
研究提出地方各級政府行政管理體制和機構改革的方針政策。審查各省、自治區、直轄市和新疆生產建設兵團政府機構改革方案，指導地方各級政府機構改革和組織管理工作。審核省級黨委、人大、政府、CPPCC、民主黨派和群眾團體局級機構設置，全國市縣機構設置分類，指導鄉鎮機構設置分類，審核地方行政編制總量和跨級調整。負責地方黨政機關接收安置軍隊轉業幹部的行政編制備案和確認。審核備案省政府制定和批準的副省級市、市(地、州、盟)、區縣的意見、方案和機構調整。
思思
研究全國事業單位機構改革方案，提出事業單位改革和管理的政策建議。擬訂事業單位機構編制管理制度和標準。負責審核中國人民銀行、國家外匯管理局及其分支機構的職能配置、內設機構、人員編制和領導職數。負責審核黨中央、國務院直屬機構的組織方案。負責審查中共中央各部門、國務院各部門、全國人大、中國人民政治協商會議、最高人民法院、最高人民檢察院、民主黨派機關、人民團體所屬事業單位和地方事業單位、軍工集團公司所屬事業單位的機構設置，以及上述機構組織的機構設置。參照公務員法負責事業單位職責審計。會同有關部門，審查地方機構編制管理辦法。審核地方局級機構的機構設置。新疆生產建設兵團機構設置回顧。指導和協調地方機構改革和機構編制管理工作。
監督檢查司
起草機構應當對法律、法規和規範性文件的起草情況進行監督檢查。負責監督檢查各地區、各部門貫徹執行本組織的法律法規和黨中央、國務院、中央編委的方針政策。負責對中央各部門執行“三個決定”規定的情況進行監督檢查，對中央下達的人員編制總量和機構設置執行情況進行監督檢查。負責對事業單位機構編制執行情況進行監督檢查。負責受理違反組織規定和紀律的舉報和投訴，負責中央編辦的群眾來信來訪處理和“12310”舉報受理，對違反組織規定和紀律的行為進行調查核實，提出處理意見。研究制定事業單位編制和實施評價的具體辦法，並組織實施。負責機構編制中違紀行為的預防教育工作。指導地方組織部門開展監督檢查工作。負責組織監督檢查工作與紀檢監察部門的協調配合。
機關黨委(人事處)
機關黨委和人事部門共同工作，負責機關及所屬事業單位的黨建、紀檢、思想政治工作和精神文明建設。負責機關及所屬事業單位的工青婦工作。負責機關部門和直屬機構領導班子建設和幹部人事工作。負責離退休幹部的管理和服務。
中央機構編制委員會辦公室網站開通。
事業單位登記管理局
擬訂事業單位登記管理的方針、政策和法規，起草相關法律法規和部門規章，並組織實施和監督檢查。依法保護註冊機構的合法權益。監督事業單位執行《事業單位登記管理暫行條例》(以下簡稱《條例》)和《事業單位登記管理暫行條例實施細則》(以下簡稱《實施細則》)，依法處理違反《條例》和《實施細則》的行為。指導、監督和檢查地方登記管理機關的事業單位登記管理工作。負責本實施細則規定的轄區內事業單位的登記管理。指導實施事業單位法人治理結構、績效評價和年報披露工作。組織實施全國事業單位網上報名管理系統和信息管理。承擔事業單位改革相關工作。
開展與事業單位登記管理相關的社會服務。
研究中心
圍繞中央機構編制重點工作，開展行政管理體制改革和機構編制管理中長期研究。按照中央編辦研究工作的總體安排，負責提出相關課題的研究計劃，協調確定研究課題並組織評審。組織協調國內科研機構、地方編輯、專家學者開展研究和學術交流。跟蹤了解國內外行政體制改革動態，分析發展趨勢，提出相關建議。組織和協調項目討論和特殊培訓。
電子政務中心
負責機關電子政務和信息化建設的日常工作。引導和規範黨政機關、事業單位等非營利性單位的網絡名稱。負責中央編辦承擔的國家電子政務工作和國家電子政務試點工作的政策研究、組織協調並提供技術支持。承擔中央編辦負責的全國法人單位基本信息數據庫的組織、協調和聯絡工作。指導和規劃中央編辦官網建設。負責行政體制改革和機構編制管理中互聯網相關信息的分析。指導和協調地方組織部門的電子政務和信息化建設。負責組織管理業務系統和辦公系統軟件開發。負責國家機構的統計工作。
器官服務中心
圍繞機關行政後勤服務管理和信息化建設開展工作。負責辦公樓和員工住房的調整和管理。負責政府車輛的調度和管理。負責機關及直屬事業單位的政府采購和固定資產管理。負責機關經費的匯繳和管理。負責後勤服務設施的管理。負責辦公區域的辦公秩序、衛生清潔、環境美化和消防工作。負責機關及直屬事業單位相關文件和資料的印制。對外工作可以使用中央機構編制機關服務局的印章。