本辦法所稱國有養魚水域、灘塗，是指經縣級以上人民政府依法批準或者以其他形式可以用於養魚的國有水域、灘塗。第三條水域灘塗的使用和管理應當遵循科學規劃、依法許可、依法收回、公平補償、妥善安置的原則。第四條縣級以上人民政府負責本轄區水域灘塗使用的管理工作。
鄉(鎮)人民政府和街道辦事處應當按照職責做好水域灘塗的使用和管理工作。第五條縣級以上人民政府海洋與漁業行政主管部門負責本轄區水域灘塗使用許可和恢復補償的具體實施。發展改革、財政、國土資源、住房城鄉建設、環境保護、公安、人力資源和社會保障、價格等部門應當按照各自職責，做好水域灘塗使用許可和有償收回的相關工作。第二章使用許可第六條公民、法人或者其他組織使用水域灘塗從事養殖生產的，應當向縣級人民政府海洋與漁業行政主管部門提出申請，並提交下列材料:
(壹)養殖許可證申請表；
(二)公民的個人身份證明、法人或者其他組織的資格證明、法定代表人或者主要負責人的身份證明；
(3)其他證明材料。
使用海域從事養殖生產的，應當同時申請使用海域。第七條縣級人民政府海洋與漁業行政主管部門收到申請後，應當按照《中華人民共和國行政許可法》的規定辦理。
決定受理的，縣級人民政府海洋與漁業行政主管部門應當在受理後10個工作日內對申請材料進行初審，並將申請材料在水灘所在地及相鄰鄉(鎮)、村進行公示，公示期為10天。
公示期滿後，縣級人民政府海洋與漁業行政主管部門應當按照有關法律法規的規定，將初審意見、全部申請材料和公示情況轉發給許可機關審批。第八條縣級以上人民政府海洋與漁業行政主管部門應當在規定的期限內，對屬於本級人民政府權限範圍內的申請提出批準或者不批準的審查意見，報本級人民政府決定。
縣級以上人民政府對符合條件的，作出許可決定，向內陸養殖申請人頒發養殖證，同時向海域使用申請人頒發海域使用證和養殖證；不符合條件的，作出不予許可的決定，並書面通知申請人不予許可的理由。
縣級以上人民政府海洋與漁業行政主管部門應當及時將養殖證和海域使用證載明的項目全部載入登記簿。第九條除臨時養殖區外，水域灘塗使用權期限不得少於5年，法律、法規另有規定的除外。第十條水域、灘塗的使用者、利害關系人有權查閱、復制登記簿，登記簿由縣級以上人民政府海洋與漁業行政主管部門提供，不得限制或者拒絕。第十壹條水域灘塗使用者名稱、住所發生變更的，當事人應當持養殖證等相關證明材料向原發證登記機關申請變更。第十二條水域灘塗使用權期限屆滿，水域灘塗使用者依法繼續使用水域灘塗從事養殖生產的，應當在期限屆滿60日前持養殖證等相關證明材料到原發證機關辦理延期手續。
因水灘規劃調整，不再作為養殖功能區，期限屆滿不再辦理延期手續。第三章使用權的收回第十三條因公共利益或者國家安全的需要，有下列情形之壹的，原批準使用灘塗的縣級以上人民政府可以依法收回灘塗使用權:
(壹)國防和外交的需要；
(二)政府組織實施的能源、交通、水利等基礎設施建設的需要；
(三)政府組織實施的環境和資源保護、防災減災、市政公用等公共事業的需要；
(四)法律法規規定的其他公共利益。第十四條縣級以上人民政府應當在水域灘塗所在地和相鄰的鄉(鎮)、村發布擬收回水域灘塗使用權的公告。擬收回水域灘塗使用權的公告應當包括擬收回水域灘塗的位置、範圍、用途和補償標準。公告時間不得少於30日。第十五條縣級以上人民政府海洋與漁業行政主管部門應當根據本級人民政府發布的擬收回水域灘塗使用權公告，會同村(居)委會、水域灘塗權利人或者實際使用人對水域灘塗的權屬、位置、面積、養殖數量以及水域灘塗附著物權屬情況進行實地調查，並填寫水域灘塗調查清單。
水灘調查清單應由參與現場調查的各方確認。水域灘塗的使用者或者實際使用者對調查結果有異議的，海洋與漁業行政主管部門應當當場復核。