第壹，多邊原則。世貿組織成員承諾不對他們認為違反貿易規則的事件采取單邊行動，而是訴諸多邊爭端解決制度，並遵守其規則和裁決。世貿組織鼓勵成員在遇到爭端時盡量采用多邊機制解決爭端。
第二，統壹程序原則。世貿組織的爭端解決機制提供了統壹的爭端解決程序。所有有關《建立世界貿易組織協定》、《多邊貨物貿易協定》、《服務貿易總協定》、《知識產權協定》、《諒解》和《多邊協定》的爭端都適用統壹程序，有關諸邊協定的爭端也服從諸邊協定締約方通過的決定。
第三，通過協商解決爭端的原則。世貿組織爭端解決機制鼓勵爭端雙方盡最大努力通過友好協商解決問題。《關於爭端解決規則和程序的諒解》規定，各成員應確保另壹成員提出的相關問題得到考慮，並提供充分的磋商機會。WTO爭端解決機制的宗旨是“尋求爭端的積極解決”。因此，對於成員之間的問題，鼓勵尋求符合世貿組織規定、各方都能接受的解決方案。
壹般情況下，如果壹方要求另壹方協商，收到請求的壹方應在10天內給予答復，並在30天內進入協商程序，以達成雙方滿意的結果。
第四，自願調解仲裁原則。如果說磋商程序是WTO爭端解決機制中的必要程序，那麽調解程序和仲裁程序則是建立在各方意願的基礎上。世貿組織爭端解決機制中的調解程序主要規定在《諒解》第五條，稱為“斡旋、調解和調停”。調解是第三方以各種方式促使當事人協商的行為；另壹方面，調解以第三方的中立身份直接參與當事方之間的談判。在處理國際爭端時，調解是指將爭端提交給壹個委員會或調解機構，其任務是澄清事實，提交報告，特別是提出解決爭端的建議，以努力使爭端各方達成協議。所以調解機構的權威性和參與性大於調解方式。
無論是調解、調停還是調停，在WTO爭端解決機制中，都必須在爭端各方同意的情況下進行。斡旋、調解和調停可以隨時進行，也可以隨時終止，世貿組織總幹事根據職權進行斡旋、調解和調停。
為確保各方積極參與調解、調停和調停程序，世貿組織規定，參與這些程序的各方的立場應當保密，這些程序不損害各方參與進壹步程序的相關權利。這意味著，在調解、調停、調停的過程中，當事人所表達的態度和立場不應成為仲裁或訴訟中的證據，也不構成進壹步的承諾。
該諒解還規定了仲裁程序。世貿組織範圍內的仲裁作為壹種可選擇的爭端解決方式，可以促進某些爭端的解決，這些爭端的問題已經得到雙方的明確界定。仲裁程序也建立在自願的基礎上，並應在雙方達成的仲裁協議的基礎上進行。接受仲裁裁決的當事人應受仲裁裁決的約束。
第五，授權救濟原則。法律的壹個基本特征是強制執行，但國際法往往缺乏這種強制執行。為了彌補這壹缺陷，世貿組織爭端解決機制規定，在世貿組織中，如果壹方違反協議，給另壹方造成損失或阻礙協議目標的實現，各方應優先考慮爭端各方商定的與協議相壹致的解決方案。如果不能達成令人滿意的結果，投訴人可以通過爭端解決機制獲得救濟。主要有三種方式:
(壹)被告解除與協議不壹致的措施。這種救濟手段類似於民法中的停止侵權或排除妨礙的救濟手段，是WTO爭端解決機制所追求的首要和最終目標。只有當這種補救措施無效或不可能立即實施時，才可以使用其他手段。此外，實施其他補救措施的主要目標之壹仍然是敦促違約方取消不符合協議的國內措施。
(2)賠償。這種方法類似於民法中的損害賠償。只有在不可能立即消除非法措施的情況下，才會訴諸賠償。此外，在取消不符合相關協議的措施之前，補償措施應作為壹項臨時措施。
(3)中止減讓或其他義務。
世貿組織最具特色的救濟方式，也是最後壹種救濟方式，就是勝訴方有權在爭端解決機構的授權下，中止相關協議項下的減讓或其他義務。如果在敗訴的被申訴方應履行爭端解決機構專家組和上訴機構的建議和裁決後20天內仍未達成令人滿意的補償方法，申訴方可請求爭端解決機構授權中止對有關成員適用減讓或其他義務。
在中止減讓或其他義務時，世貿組織規定了所謂的“交叉報復”機制，即起訴方應首先嘗試中止已被專家組和上訴機構確認為違規、利益損失和損害的同壹部門的減讓或其他義務；如果壹方認為中止同壹部門的減讓或其他義務不可行或無效，並且如果壹方認為中止同壹協定項下其他部門的減讓或其他義務仍然不可行或無效，並且情況非常嚴重，他可以嘗試中止另壹有關協定項下的減讓或其他義務。例如，根據“交叉報復”機制，如果壹方在貨物貿易中損失或損害其利益，可在服務貿易領域采取報復措施，中止服務貿易開放承諾。
第六，法定期限原則。世貿組織爭端解決機制規定，如果壹方未能在期限內行使權利，另壹方可以立即將程序推向下壹階段，否則程序將自動進入下壹階段。如果不進入申訴程序，除非出現“完全壹致”的異議，否則專家組提交的報告將在60天內自動通過。
第七，發展中國家的特殊程序原則。GATT 1966通過的第23條下的程序為發展中國家向發達國家提出投訴提供了壹些便利。《關於爭端解決規則和程序的諒解》第12條(專家組程序)、第21條(對各種建議和裁決執行情況的監督)和第27條都規定了壹些照顧發展中國家的原則和措施。