(壹)被調查機關配合意識不強。首先，由於取證內容往往直接或間接涉及被調查機關的工作，被調查機關往往擔心提供的信息存在漏洞，可能導致法律風險而推諉。司法實踐中，案件當事人誤認為被調查機關與案件有關，有錯誤行為，因而無端受到指責和牽連，這是事實。然後缺乏對協助人民法院調查取證是單位和個人應當履行的法定義務的認識，把協助取證視為額外的工作量，推諉拒絕。其次，被查機構檔案管理不善。被查機構多為國家機關，檔案沒有微機管理，導致效率低，工作量大，甚至無法查詢。而且審批環節多，程序復雜，往往因為某個領導或印章經辦人不在單位，導致調查取證無法進行。協助義務人過多考慮自身利益。另外，中國是熟人社會，講究人情世故。如果被救助義務人與涉案雙方都有認識或者有經濟往來，很多了解案情的被救助義務人在法庭調查取證時會選擇保持理智，保持中立，在不得罪任何壹方的情況下，會對關鍵問題做出不了解、不清楚或者沈默的回應。部分義務人考慮到案件壹方是自己的生意夥伴，不願意配合法院調查取證，以免損害雙方的合作利益。也有害怕打擊報復的情況，出於恐懼拒絕向法院調查取證。法院調查取證的對象更多的是政府機關、企事業單位，而這些機關事業單位大多認為多壹事不如少壹事，以免惹禍上身。協助單位工作人員法律意識不強。法院壹來調查取證，他們就開始推脫，要求其他部門或領導辦理相關手續，但往往這些領導都不在崗位上，或者需要請示上級部門或領導。而且相關法律制度也不完善。雖然民事訴訟法規定，有協助調查義務的單位應當協助調查，但拒絕協助的，可以對單位負責人或者直接責任人處以罰款，仍不履行協助義務的，可以拘留。但這壹規定過於籠統，缺乏拒不履行救助義務的認定細則，處罰措施較為簡單，操作難度大，需要層層審批，沒有立竿見影的效果。在調查取證過程中，經常會遇到來自各方面的非法幹擾。該股可能利用其在當地的影響力幹預媒體並為他人說情，並間接施加壓力以挫敗法院的司法目的。即使法院做出處罰決定，結果也往往不了了之。最重要的是，法律規定的罰款、拘留措施，由於種種原因，在實踐中很少使用，形同虛設。
(2)我國憲法規定人民法院依法獨立行使審判權，但沒有明確規定人民法院有權調查收集證據。所以調查取證權是否是司法管轄權的應有之義還有待研究。在我看來，審查判斷證據並不等同於調查收集證據。調查取證排在第壹位，審查判斷證據排在最後。前者是審查判斷的基礎和前提。在民事訴訟中，“調查收集”證據是當事人的責任，而法院的職責是對當事人提交的證據進行“審查判斷”，而不是為當事人“調查收集”證據。所以，如果法院從事調查取證，就相當於做了不該做的事，也就是超越了憲法賦予它的司法管轄範圍。也就是說，運用法律解釋學的語義解釋方法，可以證明我國民事訴訟法關於法院調查取證權的規定在邏輯上是違憲的，因此不利於憲法的正確實施。根據我國《民事訴訟法》第六十四條規定，舉證責任是當事人向法院履行的壹種責任，不履行將承擔壹定的法律後果，即負有舉證責任的壹方不提交相關證據的，將承擔不舉證的後果；但是，人民法院不是案件的當事人，在訴訟中始終處於中立地位。其在訴訟活動中不主張任何權利，因此與案件結果沒有利害關系，也不會承擔任何法律後果。從法院的職責來看，人民法院是我國的審判機關。其主要職責是依照法定程序審查證據材料，以查明案件事實，認定法律關系，從而正確適用法律，作出相對公正的判決。
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