1.辦公室:制定局機關、系統年度工作計劃和長遠發展規劃；處理局機關日常事務，起草和審核相關文件和報告；負責會議組織、文秘事務、文電處理、文件檔案、信訪、保密、調研、政務信息和外事工作；負責稅務宣傳；制定辦公室規章制度，負責本系統的行政監督；機關財務管理；指導辦公自動化；辦理全國人民代表大會和CPPCC的建議；協助局領導綜合協調相關工作。
2.政策法規司:開展稅收調查研究；研究稅制改革和完善稅收管理體制的有關問題；制定綜合稅務業務的規章制度；負責稅務業務和法律事務的協調；監督檢查稅收法規的執行情況；承擔稅收法規的清理、認定和匯編工作；承辦重大稅收案件的審理、行政處罰和聽證；辦理行政復議和行政訴訟。負責流轉稅的征收管理和稅收征管業務；貫徹執行流轉稅法律、法規和規章，並監督檢查執行情況；調查解決流轉稅政策執行中的問題；制定流轉稅征收管理的具體實施辦法；負責流轉稅的日常審計和檢查。負責企業所得稅、個人所得稅和儲蓄存款利息所得稅的管理和稅收征管；貫徹執行所得稅法律、法規和規章，並監督檢查執行情況；調查解決所得稅政策執行中的問題；負責制定所得稅征收管理的具體實施辦法；負責組織企業所得稅的日常檢查；負責城市商業銀行和城鄉信用社的財務制度管理。負責地方稅收的管理和稅收行政工作；貫徹地方稅收法律、法規和規章，並監督檢查執行情況；制定地方稅收征收管理的具體實施辦法；調查解決地方稅收政策執行中的問題；負責地方稅收政策的日常檢查。負責增值稅專用發票的管理、增值稅納稅申報和納稅評估；負責增值稅防偽稅控的實施和管理；負責增值稅專用發票和貨運發票、廢舊物資收購憑證、海關付款憑證、農副產品收購發票等抵扣憑證的認證、審核和比對。
3.征管辦:組織實施綜合性稅收法律、法規和規章；負責稅收征管的指導；研究制定相關稅收管理制度和措施；普通發票管理相關制度建設；負責稅務登記指導、稅收征管質量評估、納稅申報、稅收征管信息和檔案管理；負責組織增值稅征管以外的征管軟件和稅控工具的推廣應用；代管註冊稅務師和稅務代理的管理。
4.財務管理辦公室:負責本系統資金、財務、基建、設備、固定資產的管理；制定各項管理制度；組織實施內部審計、領導幹部離任審計和政府采購。編制和分發稅務計劃，組織和檢查稅務入庫；制定稅收計劃和會計統計工作制度；稅收數據的統計和分析；負責稅源數據的調查和計算，監控和管理重點稅源；進行納稅能力估算和稅收宏觀分析。
5.進出口稅收管理辦公室:負責進出口稅收政策和管理措施的實施和日常監督檢查；負責出口貨物退(免)稅的審核和年終清算；負責出口貨物退免稅信息管理系統的推廣和維護；配合相關部門組織實施反騙稅檢查。
6.人事部:研究並實施人事管理系統；負責機構、編制、任免、調配、勞動工資、專業技術職務等人事管理；負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督檢查和出國政審。負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育和培訓的管理；負責學歷教育的管理；負責稅務培訓機構和教育經費的管理。
7、離退休幹部管理處(副處級，掛靠人事部)。負責本系統離退休幹部的管理和服務工作；負責本局離退休幹部的管理和服務工作。
8.監察室:負責協助地區局黨組開展黨風廉政建設和反腐敗工作；負責對本系統稅收執法權和行政權的監督檢查；按照地區局黨組的統壹部署，負責組織協調黨風廉政建設和反腐敗工作；負責政府采購的監督；負責處理群眾來信來訪，查辦案件。
9、黨委辦公室(正處級)。負責局機關和直屬單位黨務、工會、青年、婦女工作，負責局機關思想政治工作、精神文明建設和計劃生育工作。
10，巡視辦:負責巡視工作的綜合協調、政策研究、制度建設、文件起草、巡視人員管理和後勤保障；研究、組織、協調全區巡視工作；承辦總局巡視辦、地區局黨組和紀檢組交辦的其他工作。設置兩個直屬事業單位，職級為正廳級。
1、稽查局:負責組織、指導、協調、監督本系統稅務稽查工作；負責年度計劃確定的重點稅源企業和稅收違法案件的調查、審理和執行；組織實施稅務檢查規章制度，制定具體實施辦法；負責稅務案件報告的受理和傳遞；審核和復查下級稅務檢查；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查司法工作；負責金稅工程發票的調查；負責領導組織稅收專項檢查。
2.直屬稅務局:負責中央在西藏和自治區的企業、事業單位和社會團體的稅收管理；負責中央在西藏和自治區的企業、事業單位和社會團體與區內外企業設立的合資、股份制企業的稅收管理；負責西藏自治區外企業所得稅征收管理；負責上市股份公司的稅務管理；負責在西藏設立的外商投資企業、外國企業和外國人的稅收管理；負責西藏自治區國家稅務局指定管轄企業的稅收管理工作。設四個機構，級別是正處級。
1.信息中心:組織信息系統建設，執行信息系統管理制度和技術標準，建立、管理和維護計算機網絡和綜合數據庫；參與組織應用軟件的開發和稅控儀器的應用及技術培訓；負責拉薩市辦稅服務廳的管理、稅收征收和協調工作；按計劃落實各項專項資金的使用。
2.代理服務中心:制定後勤服務的規章制度和管理辦法並組織實施；負責局機關後勤服務的組織和管理；負責局機關的安全工作；負責地區局的基本建設和國有資產管理；負責辦公用品的采購、儲存和發放；負責各類工作會議的接待和後勤服務；負責員工的醫療保險。
3.票證中心:負責稅務登記證、各種發票、稅票、會計憑證、帳表等的印制、保管、發放和財務管理工作。這個系統。
4.稅收科學研究所:組織、指導和協調全系統的稅收科研工作；完成上級下達的研究課題和任務；跟蹤經濟和稅收形勢的發展變化，及時為領導決策提供科學依據；組織相關稅收科研成果的評選和獎勵；承擔稅務學會秘書處的日常工作。下設拉薩市國家稅務局、日喀則市國家稅務局、山南市國家稅務局、林芝市國家稅務局、昌都市國家稅務局、那曲市國家稅務局、阿裏市國家稅務局7個全職能局。安機關:拉薩經濟技術開發區國家稅務局(縣級職能局)。