由於使用SaaS服務的企業的數據信息將被存儲在雲中，由SaaS提供商保管，當SaaS剛剛出現時，相當多的人對其安全性持懷疑態度。很多人認為企業本地部署可以更好的保護自己的系統和數據安全；同時，SaaS的多租戶環境可能導致數據泄露。
有確鑿的證據表明，SaaS與企業本地部署壹樣安全，甚至更安全。
1)
SaaS的安全控制和安全協議SaaS提供商采用的安全控制和協議不能被任何個人在他自己的網絡或計算機上使用。因為這需要大量的投入和專業IT人員的監督。
2)
安全專家。SaaS產品是SaaS供應商的招牌。這意味著擁有最好的安全性是他們的最高優先級，數據安全是他們的專業範圍。在SaaS模式下，企業數據存儲在SaaS提供商的數據中心。因此，SaaS企業采取措施確保數據安全，防止敏感信息被應用程序漏洞或惡意特權用戶泄露。SaaS的解決方案是使用強密碼保護來確保對數據訪問的控制。
3)安全部署3)SaaS應用程序。用戶可以在選擇SaaS提供商的解決方案後，使用公共雲提供商或SaaS提供商部署私有雲。但這些部署首先要保證其安全性，托管SaaS的部署需要賣方提供相關服務(防火墻、入侵檢測系統等。)來加強其安全性。
4)網絡安全。在SaaS的部署模式中，企業和SaaS提供商之間的數據流在傳輸過程中必須受到保護，以防止敏感信息的泄露。
5)合規風險與合規。這在SaaS應用程序的審核中非常重要，對法規標準合規性的評估有助於確定合規性問題，並確保建立正確的業務流程。
6)可用性。SaaS應用程序需要支持高可用性，以確保它們能夠全天候為企業服務。
7)備份。SaaS企業應確保服務水平協議涵蓋安全備份和恢復服務，SaaS應用的備份需要驗證，基礎設施和雲級恢復服務，以促進災後恢復，減少敏感數據的丟失。
8)身份管理和登錄。安全身份管理(IDM)和簽名組件可以為用戶提供帳戶處理、密碼管理和安全認證。
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ERP，相對於本地部署的軟件，客戶不需要購買軟件，面臨購買軟件許可的巨大成本和安裝配置的額外咨詢成本，不需要購買、搭建和維護基礎設施和應用；而是向供應商租用基於網頁或手機應用的軟件來管理企業的經營活動，不需要對軟件進行維護，供應商將全權管理和維護軟件。