集團還培育了聞名國內外的三九品牌，全國馳名商標“999”多次被國家權威機構評為“中國最高認知率商標”。根據北京名牌資產評估有限公司發布的2005年度中國最有價值品牌評價，“999”品牌價值為83.06億元。2006年1月10日，中國品牌研究院發布“中國100最具價值馳名商標”排行榜，三九商標位居藥品行業第壹位。
1999年4月21日，由三九集團、三九藥業股份有限公司等5家公司發起設立股份制公司。2000年3月9日在深圳證券交易所掛牌上市，股票代碼000999。公司於2007年11月底正式進入華潤集團。2010年2月，經國家工商行政管理總局審核，並經深圳市市場監督管理局核準，公司名稱由“三九醫藥股份有限公司”正式變更為華潤三九醫藥股份有限公司。 華潤三九主要從事醫藥產品的研發、生產、銷售及相關健康服務。公司以OTC（非處方藥）、中藥處方藥、免煎中藥、抗生素及普藥為四大制藥業務模塊，輔以包裝印刷、醫療服務等相關業務。 集團自成立以來，先後榮獲“全國用戶滿意企業”、“全國質量效益型先進企業”、“全國先進集體”等榮譽稱號。
三九醫藥股份有限公司（上市公司）
三九醫藥股份有限公司經國家經濟貿易委員會“國經貿企改[1999]134號文”批準，由深圳三九藥業有限公司和三九企業集團將其藥業生產、供應、銷售等生產經營性資產加以重組，深圳三九藥業有限公司作為主要發起人，聯合三九企業集團、深圳九先生物工程有限公司、深圳市先達明貿易有限公司、惠州市壬星工貿有限公司，***同發起設立的股份有限公司。2000年3月9日，代碼為000999的“三九醫藥”A股在深圳證券交易所掛牌上市。公司下屬企業包括雅安三九藥業有限公司、深圳市三九醫藥貿易有限公司、深圳市三九醫藥連鎖股份有限公司、三九宜工生化股份有限公司等多家企業。
作為我國最大的綜合性制藥企業之壹，三九醫藥股份有限公司主要從事藥品的開發、生產、銷售及相應的醫療保健服務。公司現有品種以中成藥為主，並涉及化學原料藥與制劑、生物制品、醫藥衛生材料等多個醫藥領域。產品輻射全
國和世界各地，在日本、美國、加拿大、韓國和東南亞等地暢銷，同多家國外公司建立了穩定的貿易聯系。
三九醫藥擁有三九胃泰系列、三九感冒靈系列、三九皮炎平軟膏、參麥註射液等壹批享譽全國的名牌產品，主要產品在國內的市場占有率均居同類產品前列，其中有些還處於絕對領先地位。截止2003年12月31日，三九醫藥股份有限公司的總資產達82.96億元，2003年實現主營業務收入26.74億元，實現凈利潤2.09億元。 三九醫藥的使命與願景：
關愛大眾健康，專註藥品制造，打造信賴品牌，把三九醫藥建設成股東價值和員工價值最大化的上市公司。 三九集團制藥企業
深圳三九藥業有限公司
三九醫藥股份有限公司
樂山三九長征藥業股份有限公司
北京三九科技有限公司
中生三九藥具發展有限公司
三九胃泰（香港）有限公司
萬榮三九藥業有限公司
四川三九健康產業發展有限公司
武漢中敏基因工程有限公司
浙江三九邦而康藥業有限公司
深圳三九胃泰股份有限公司
廣州三九科工貿實業發展公司 組織結構圖