在計劃經濟時代，商務局下屬單位主要有:百貨公司、糖酒公司、食品公司、五金公司、餐飲服務公司、煤炭建設公司、商業聯合公司、商業儲運公司、石油公司、酒廠、老酒廠、糖果廠、釀酒廠、商業職工學校、三八賓館、交通賓館、人民賓館、躍進賓館等。
負責商務部黨風廉政建設反腐敗和行政監督工作。開展黨紀教育，提高黨員幹部守法意識。檢查黨的路線、方針、政策和決議的執行情況，作出維護黨的紀律的決定。開展領導幹部廉潔自律工作，監督領導幹部黨員的廉潔性；監督同級和下級黨委；監督檢查幹部選拔任用工作。受理舉報和投訴，做好群眾來信來訪工作；檢查和處理違紀違規案件，決定或撤銷對這些案件中黨員的處分；受理黨員的投訴和申訴；保障黨員的民主權利不受侵犯。推進商務部紀檢幹部隊伍建設。承辦上級黨組織和紀檢監察部門交辦的任務。
商務部各局、各企業:
1，機關服務局
承擔省廳後勤服務保障工作，與省廳簽訂和履行後勤服務合同。承擔省廳委托的服務和事務性後勤管理職能，與省廳簽訂並履行委托協議。承擔部委托其占有、使用的國有資產的經營管理，實現經營性資產的保值增值。對機關服務局所屬事業單位的業務活動進行監督管理。承辦商務部交辦的其他工作。
2.對外貿易發展局
貫徹國家外貿發展戰略、規劃和政策，為中國企業開拓國際市場提供相關服務，促進中外企業雙向交流與合作，擴大中國產品在國際市場的知名度和占有率，提升中國企業的國際競爭力。開展進出口促進服務。
3.投資促進局
落實中國“引進來”和“走出去”的相關政策，為中國吸收外資和企業對外投資提供雙向招商服務。
4.國際經濟合作局
商務部國際經濟合作局是根據“決策、執行、監督相協調、相對分離”的行政體制改革精神，為加強對我國對外援助工作的管理，於2003年7月成立的商務部直屬事業單位。
5.國際貿易經濟合作研究所(商務出版社)
商務部國際貿易經濟合作研究院(以下簡稱研究院)是商務部直屬事業單位，是集經貿研究、信息咨詢、新聞出版、教育培訓為壹體的綜合性、多功能社會科學研究咨詢機構。
6.中國國際經濟技術交流中心
通過多雙邊經濟技術交流和國際發展合作，支持改革發展，促進經濟社會協調發展，幫助受援國增強自主發展能力，增進中國與受援國的友誼，推動構建人類共同命運，推動中國全面建成小康社會，實現聯合國可持續發展目標。
7.配額和許可證局
配額許可證事務局是商務部直屬事業單位，是落實商務部進出口許可證管理政策的執行部門，是商務部授權的唯壹發證管理機構，同時承擔商務部行政服務中心的日常管理和各項事務。
8.國際商業新聞社
中國商務新聞網由商務部國際商務通訊社主辦，是經國家互聯網信息辦公室批準的全國商務系統網絡宣傳和信息服務的重要窗口。是中國商務領域行業專屬、權威的信息服務網絡平臺。
9.培訓中心
商務部國際商務官員學院是商務部唯壹直屬的教育培訓機構。成立於1980，由原外經貿部管理幹部學院和亞太國際貿易培訓中心合並而成。學院的主要職責是負責國家援外培訓的協調和管理、援外培訓的實施、業務領域的業務培訓、黨校培訓和會議服務。
10，中國對外貿易中心
中國對外貿易中心憑借其62年的專業展覽經驗、出色的表現和專業的服務，在中國展覽業中發揮著重要作用。
11，中國國際電子商務中心
12，流通產業促進中心
13，中國服務外包研究中心
中國服務外包研究中心(以下簡稱“研究中心”)是商務部直屬的司(局)級機構。
14，中國國際進口博覽局
中國國際進口博覽會既是中國為展示國家發展成就、開展國際貿易而搭建的開放式國際合作平臺，也是中國為探討國際貿易和世界經濟重大問題、完善全球經濟治理而提供的國際公共產品。
法律依據:
中華人民共和國行政許可法
第十二條
下列事項可以設定行政許可:
(壹)直接關系國家安全、公共安全、經濟宏觀調控、生態環境保護以及直接關系人身健康、生命財產安全的特定活動的事項，依照法定條件需要批準的；
(二)有限自然資源的開發利用、公共資源的配置和直接關系公眾利益的特定行業的市場準入，需要賦予特定權利的；
(三)提供公共服務並與公眾利益直接相關，需要確定具有特殊聲譽、特殊條件或特殊技能的資格和資質；
(四)直接關系公共安全、人身健康和生命財產安全的重要設備、設施、產品、物品，需要按照技術標準和規範進行檢驗、檢測、檢疫審批的；
(五)設立企業或者其他組織等。，這需要確定主體資格；
(六)法律、行政法規可以設定的其他事項。