涉密信息系統與公***信息系統的區別在於：
信息內容不同、設施設備標準不同、檢測審批要求不同、使用權限不同。
壹、涉密信息系統
涉密信息系統主要指用於處理涉密信息的計算機設備或者用於實現內部辦公自動化的涉密信息交換網絡體系。通常情況下涉密信息系統是指有著壹定安全保密需要和要求的計算機系統，按照國家強制性標準和規定，達到壹定安全等級的計算機系統被稱之為涉密信息系統
二、公***信息系統
1、公***信息系統是指為實現公***管理整體目標、管理和處理公***信息而建立起來的、具有壹定組織體系和運行程序的以及相應的技術和物質設施的有機整體，包括信息獲取、輸入、加工、存儲、檢索、傳輸等環節。
2、功能：信息采集、信息處理、信息存儲、信息管理、信息檢索和信息傳輸等主要功能。
三、具體區別
1、是信息內容不同。涉密信息系統存儲、處理和傳輸的信息涉及國家秘密和其他敏感信息，應嚴格控制知悉範圍；公***信息系統存儲、處理和傳輸的信息不能涉及國家秘密。
2、是設施、設備標準不同。涉密信息系統的安全保密設施、設備，必須符合國家保密標準；公***信息系統的安全保密設施、設備也應符合壹定技術標準要求，但並不要求執行國家保密標準。?
3、是檢測審批要求不同。涉密信息系統必須滿足安全保密要求，符合國家保密標準，投入使用前必須經安全保密檢測評估和審查批準；公***信息系統投入使用前也需要進行相關檢測，但檢測的目的和要求不同。?
4、是使用權限不同。涉密信息系統要嚴格控制使用權限；公***信息系統則是開放性的，只要具備壹定訪問條件就可以使用。