秘書處
承擔文電、會務、機要、政務公開、辦公自動化等工作；組織起草全委性工作報告；綜合協調、督辦重要工作；組織辦理人大代表建議、政協委員提案工作；承擔人事、編制、財務及內部審計工作。
行政處（機關黨委辦公室）
承擔機關黨務、紀檢、監察、工青婦、計生、固定資產管理、信訪和維穩工作；承擔行政接待、後勤保障工作；承擔機關和指導直屬單位離退休人員服務工作。
綜合法規處（進出口公平貿易和產業損害調查處）
承擔法規、規章、規範性文件、綜合材料、對外協議的起草或審核工作；綜合分析農業、工業、商業、外經貿和軟件業運行態勢，提出相關調控建議；規範本委行政審批事項和行政執法行為，協調新聞宣傳工作；承擔行政復議及訴訟工作；協調進出口公平貿易及產業損害調查工作。
企業服務處（業務受理處）
牽頭服務企業專項工作，協調企業直通車服務和企業減負工作，推動大型骨幹企業加快發展；牽頭受理面向社會的行政審批和服務事項;承擔有關的書、表、證發放等工作；負責受理事項的統籌協調工作；統籌有關政策宣講與咨詢。
預算監督處
管理財政資助資金和市政府投入形成的有關國有資產，承擔申報預算、確定使用項目、核撥資助資金的工作；擬訂並實施園區預結算等制度和固定資產投資計劃；審核直屬事業單位對國有資產的處置。
規劃發展處（產業轉型升級辦公室）
擬訂相關專項規劃；統籌協調產業轉型升級工作並監督實施；按分工承擔產業用地管理和全市產業用房管理；指導產業園區發展和老工業區改造工作。
技術創新處
推動企業技術進步和技術改造，承辦企業技術中心認定和行業公***技術服務平臺建設工作；組織實施品牌發展戰略。
現代農業和畜牧獸醫處（市飼料管理辦公室）
指導農業現代化、產業化建設；承擔種植業、畜牧、獸藥、獸醫和飼料行業管理工作；承擔基本農田保護區管理職責；承擔化肥農藥管理工作；承擔種畜禽生產經營許可和進口獸藥通關單的開具；負責動物疫病監測、預警和防控；承辦實施官方獸醫和執業獸醫管理；承擔動物及動物產品防疫檢疫和動物衛生監管責任；承擔畜禽屠宰環節的相關工作；負責分析和監測農業運行態勢，發布相關預測預警信息，提出相關調控建議；組織協調菜籃子工程建設、重大疫病防控工作；協調農業植物檢疫、現代農業科技推廣。
海洋經濟處（漁業處）
承擔海洋經濟工作的綜合協調，擬訂海洋經濟發展規劃並組織實施；承擔水產行業管理工作；承擔遠洋漁業管理；承擔漁業捕撈許可、水產苗種管理；承擔漁業資源及水生野生動植物保護增殖、漁港建設；組織實施伏季休漁制度；組織漁業汙染事故調查處理；承擔漁業執法的監督指導；承擔漁業安全生產監管工作。
電子信息處（工業運行監測處）
承擔電子信息產品制造的行業管理工作；指導軟件產業發展，承擔軟件企業認定和軟件產品登記工作；負責分析和監測工業和軟件業運行態勢，發布相關預測預警信息，提出相關調控建議。
新興產業處
推動或參與有關戰略性新興產業發展，承擔推動先進制造業和傳統產業發展。
生產服務業處
推進生產性服務業發展；推動互聯網及電子商務產業發展；推動工業設計、信息服務、商務服務發展；依法監管拍賣、典當、租賃業。
流通市場處
承擔商貿流通行業管理；依法對商業特許經營行業進行監管；推動商務領域信用建設；承擔糧食行政管理職責；組織實施糧食等重要物資的儲備和市場供應；承擔建立健全生活必需品市場供應應急管理機制相關工作；承擔突發公***事件基本生活物資的儲備與市場供應；落實商務部有關整頓和規範市場秩序工作；負責推動汽車流通、舊貨流通行業發展；負責擬訂藥品流通發展規劃和政策；負責分析和監測商業運行態勢，發布相關預測預警信息，提出相關調控建議。
電子與資源綜合利用處
組織協調電力經濟運行，依法實施電力行業管理和改革，擬訂並實施電力行業發展規劃，按規定管理電價調節準備金，協調處理電力運行中的重大問題；組織實施工商業資源綜合利用、再生資源回收、清潔生產促進和能源節約工作，協調相關示範工程和新技術的推廣應用。
對外貿易處
組織企業參加出口交易會和進出口商品配額招標，依授權簽發相關憑證；協調供港澳鮮活冷凍商品事宜；編制進出口商品年度計劃；依法監督機電產品的國際招標，以及技術引進、設備進口、國家限制出口技術的工作；擬訂進出口指導性計劃，協調管理進口重要工業品；組織實施加工貿易政策，指導和管理加工貿易工作；制定加工貿易發展規劃並組織實施，引導和推動加工貿易轉型升級；承擔加工貿易業務管理和相關協調工作；負責分析和監測外經貿運行態勢，發布相關預測預警信息，提出相關調控建議。
服務貿易處
推動服務貿易發展；推動服務外包業發展，落實服務外包基地城市***建協議；指導管理會展業；實施商貿服務業行業管理。
保稅經濟處
承擔海關特殊監管區域的統籌、規劃和園區申報工作；擬訂保稅區產業導向目錄；促進保稅區內企業發展，推動保稅經濟發展；指導保稅區非經營性國有資產管理工作。
外資管理處
參與擬訂外商投資產業導向目錄及全市吸收外商直接投資規劃（計劃）；承擔外商投資企業的設立、變更及後續管理、服務工作；組織開展外商投資企業聯合年檢，以及國家有關外商直接投資的政策性專項工作。
對外合作處
承擔組織實施對外經濟交流與合作，編制合作交流規劃（計劃）；統籌境外展覽，依法管理對外投資、對外承包工程、對外勞務合作、對外援助，指導企業防範和應對境外突發事件。
經濟協作處（駐深單位管理處）
貫徹落實廣東省委、省政府的戰略部署，推進我市產業向粵北山區及東西兩翼有序轉移，帶動我省欠發達地區加快發展；積極響應國家區域發展戰略，由政府組團、行業協會或相關機構承辦，赴市外國內參加區域性綜合展會，幫助深圳企業開拓內銷市場；歸口管理和服務行政事業單位及部分國內大企業駐深圳辦事處，受理辦事處設立登記、年審、變更登記、遺失補辦、遷戶初審等業務；加強與國內省市的產業經濟合作，促進生產要素在區域間合理流動和有效配置，實現區域間產業優勢互補和經濟***同發展。
信息化處
推進企業、社會公***事業、社區信息化；推廣信息化新技術、新標準；推進電子政務發展，按規定審核電子政務項目建議書和可行性研究報告；承擔黨政機關內、外網的規劃、建設和管理工作；推動政務信息資源開發利用和***享，協調推進電子政務優化工作；承擔計算機信息系統集成資質和監理資質的管理工作；協調無線電通信業務工作。
信息安全處
承擔信息安全綜合管理工作，協調信息安全保障體系和網絡信任體系建設；負責全市信息安全應急協調工作；指導監督全市黨政機關、重要領域的信息安全防範工作；組織推進電信、廣播電視和計算機網絡融合發展；協調指導信息基礎設施建設，協調推動信息網絡的互聯互通。
安全生產監督處
承擔工礦商貿企業安全生產監管工作；承擔危化品生產企業安全生產準入和安全監督管理綜合工作；承擔民用爆破器材行業及生產、流通安全的監管；管理易制毒化學品生產、經營、進出口工作；承擔履行《禁止化學武器公約》的相關協調工作；指導、監督區相關部門開展工礦商貿企業安全生產行政執法工作，抽查市級審批項目的安全生產“三同時”執行情況，依法查處安全生產違法行為；按規定承擔安全生產事故調查處理、批復結案及行政處罰工作。
軍工處
承擔全市國防科技工業的綜合協調和管理工作；組織編制國防科技工業發展規劃，並組織實施；承擔國防科技工業科研項目管理職責；對國家下達的國防科技工業高新工程、專項計劃和軍品科研、生產任務的實施進行組織協調、督促檢查並提供保障服務；配合組織管理國防科技工業保密和武器裝備科研生產許可工作；實施國家有關軍民兩用技術雙向轉移、軍民通用標準體系建設等軍民結合發展規劃。 市動物衛生監督所
市無線電管理局
市對口扶持辦公室
市港澳流動漁民工作辦公室
市投資推廣署
駐北美經貿代表處(深圳市駐北美人力資源聯系處)
駐歐洲經貿代表處(深圳市駐歐洲人力資源聯系處)
駐日本經貿代表處(深圳市駐日本人力資源聯系處)
駐澳大利亞經貿代表處(深圳市澳大利亞人力資源聯系處)
市公平貿易促進署
市中小企業服務署
市電子政務資源中心
市信息安全測評中心
市農業科技促進中心
市漁業服務與水產技術推廣總站
市工業展覽館
市福田保稅區服務中心
市沙頭角保稅區服務中心
市鹽田港保稅區服務中心
信息中心
市對外經濟貿易服務中心