1、性質不同，國企編制是國有企業為了完成未來或過去的任務而確定的公司或部門的人員數量的配置，其對人員的實際配置工作產生指導和約束作用；事業編制是為國家創造或改善生產條件、增進社會福利，滿足人民文化、教育、衛生等需要，其經費壹般由國家事業費開支的單位所使用的人員編制；
2、分類不同，國企編制包括國企正式員工和勞務派遣協議工，事業編制參照公務員法管理事業單位。
法律依據：《中華人民***和國勞動合同法》第二條
適用範圍中華人民***和國境內的企業、個體經濟組織、民辦非企業單位等組織（以下稱用人單位）與勞動者建立勞動關系，訂立、履行、變更、解除或者終止勞動合同，適用本法。
國家機關、事業單位、社會團體和與其建立勞動關系的勞動者，訂立、履行、變更、解除或者終止勞動合同，依照本法執行。
事業編制包括什麽
1、全額撥款事業單位，又叫全額財政撥款事業編制，多為壹些公益性事業單位，如圖書館、文化館、博物館、學校等；
2、差額撥款事業單位，由財政進行差額撥款，待遇和收入在壹定程度上掛鉤，如醫院和部分景點等；
3、自收自支事業單位，實際上與企業差不多，待遇和經營狀況息息相關，多為壹些服務型事業單位，如設計院等。