(2)策劃部。擬訂水利戰略規劃，組織編制重大綜合水利規劃、專業規劃和專項規劃，審查重大水利建設項目建議書、可行性研究報告和初步設計。組織和指導相關防洪示範工作。指導水工程建設項目的合規性審查。組織實施中央水利建設投資計劃，承擔水利統計工作。
(3)政策法規司。起草水利法律法規和部門規章，研究制定水利工作政策並監督實施。指導水利行政許可工作並進行監督檢查。承辦部行政訴訟、行政復議和行政賠償工作。組織指導水行政監察和水行政執法，協調跨省、自治區、直轄市的水事糾紛，組織查處重大水事違法案件。
(4)財務部。編制部門預算並組織實施，承擔財務管理和資產管理。組織提出中央水利財政資金安排建議，協調項目實施的監督管理和績效評價。對水價、稅費、資金和信貸提出建議。
(5)人事部門。承辦機關和直屬單位幹部人事、機構編制和勞動工資工作，指導水利行業人才隊伍建設。承擔水利體制改革的相關工作。
(6)水資源管理部門。承擔實施最嚴格水資源管理制度的相關工作，組織實施水資源取水許可和水資源論證制度，指導水資源有償使用。指導水量分配並監督實施，指導河湖生態流量和水量管理。
組織編制水資源保護規劃，指導飲用水水源保護的相關工作。組織水資源調查和評價，組織編制和發布全國水資源公報。參與水功能區劃編制，指導入河排汙口管理。
(7)全國節約用水辦公室。制定節水政策，組織編制和協調實施節水計劃，組織指導計劃內和計劃外節水工作。組織實施用水總量控制、用水效率控制、計劃用水和定額管理制度。指導和推進節水型社會建設。引導城市汙水處理回用等非常規水源的開發利用。
(8)水利工程建設司。指導水利工程建設管理，制定相關制度並組織實施。組織指導水利工程蓄水安全鑒定驗收，指導重要江河堤防、重要病險水庫和重要水閘除險加固。指導水利建築市場監督管理和水利建築市場信用體系建設。
(9)運營管理部。指導水利設施的管理、保護和綜合利用，組織制定水庫運行調度規程，指導水庫、水電站大壩、堤防、水閘等水利工程的運行管理和勘界工作。
(10)河湖管理處。指導水域及其海岸線的管理和保護，指導重要江河、湖泊和河口的開發、管理和保護，指導江河湖泊的生態保護和修復以及江河湖泊的連接。監督管理河道采砂，指導河道采砂規劃和計劃，組織實施河道管理範圍內工程建設方案審查制度。
(11)水土保持司。承擔水土流失綜合防治工作，組織編制水土保持方案並監督實施，組織水土流失監測、預測和公告，審查大中型開發建設項目水土保持方案並監督實施。
(12)農村水利水電司。組織大中型排灌工程建設和改造，指導農村飲水安全工程建設和管理，指導節水灌溉相關工作。
組織制定農村水電資源開發規劃，指導農村水電電氣化、農村水電增效擴容改造、小水電代燃料等農村水電資源開發工作。指導農村水利社會化服務體系建設。承擔協調牧區水利工作。
(13)水庫移民處。承擔水利工程移民管理和後期扶持工作，組織實施水利工程移民驗收、監督和評估制度，審核大中型水利工程移民安置規劃，組織開展新建水庫移民後期扶持人口核定工作，協調推進對口支援工作。
(14)監督部門。監督檢查重大水利政策、決策部署和重點任務的落實情況。組織實施水利工程質量安全監督。指導水利行業安全生產工作，指導水庫、水電站大壩和農村水電站安全監管工作。
(15)水旱災害預防司。組織制定防洪抗旱規劃和防護標準、重要江河、湖泊和重要水工程的防洪抗旱調度、應急水量調度方案並組織實施。
承擔水情和旱情的預警工作。組織、協調和指導蓄滯洪區的安全建設、管理和補償，承擔洪泛區、蓄滯洪區和防洪保護區的洪水影響評估。
(16)水文司。組織和指導全國水文工作，負責水文水資源(包括水位、流量、水質等要素)監測，負責全國水文站網的建設和管理。組織實施對河流、湖泊、水庫和地下水的監測。發布水文水資源信息和情報預報。
(十七)三峽工程管理部。組織提出三峽工程運行的相關政策建議，組織指導三峽工程運行調度規章制度的編制並監督實施。指導和監督三峽工程的運行安全。組織三峽工程驗收。承擔三峽工程後續工作計劃的組織實施、綜合協調、監督管理。
(十八)南水北調工程管理部門。協調南水北調相關重大政策措施的實施。組織南水北調工程的財務決算、審計和工程驗收。制定南水北調工程年度供水計劃並組織調度實施。指導和監督項目運營管理。組織南水北調後續工程的前期和施工管理。監督和指導地方配套項目建設。
(十九)調水管理部門。承擔跨區域、跨流域水資源供需形勢分析，指導水資源調度並監督實施，組織指導大型調水工程前期工作，指導監督跨區域、跨流域調水工程調度管理。
20.國際合作與科學技術部。承辦國際河流、國際合作和涉外事務，制定水利行業技術標準、法規和規範並監督實施，組織重大水利科學研究、技術引進和技術推廣。
機關黨委。負責北京市機關和直屬單位黨群工作。
老幹部局。負責離退休幹部工作。
擴展數據:
歷史演變:
1958，11年2月，第壹屆全國人民代表大會第五次會議決定，撤銷電力工業部、水利部，設立水利電力部。
1979年2月23日，第五屆全國人民代表大會第六次會議決定，撤銷水利電力部，分別設立水利部和電力工業部。
1982機構改革將水利部和電力工業部合並，組建水利電力部。
1988年4月，第七屆全國人民代表大會第壹次會議通過國務院機構改革方案，決定成立水利部。
7月22日1988水利部重組。
根據第十壹屆全國人民代表大會第壹次會議批準的國務院機構改革方案和《國務院關於機構設置的通知》(國發〔2008〕11號)，設立水利部，為國務院組成部門。？
2018年3月，根據十三屆全國人大壹次會議批準的國務院機構改革方案，整合水利部水資源調查和權屬登記職責，成立中華人民共和國自然資源部。
整合水利部在水功能區劃編制、排汙口管理和流域水環境保護方面的職責，組建中華人民共和國生態環境部；整合水利部農業投資項目管理職責，組建中華人民共和國農業農村部。
整合水利部水旱災害防治相關職責，設立中華人民共和國應急管理部；為優化水利部職責，國務院三峽工程建設委員會及其辦公室、國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室並入水利部。
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