負責組織制定省局(公司)政務管理規章制度，維護機關工作秩序；負責督辦省局(公司)局長、總經理辦公會議決定的事項；負責協助省局(公司)領導了解和掌握全局，協調部門之間的工作，督促工作落實到位；負責主持重要會議，組織起草重要材料；負責公文處理、文秘、政務信息、文件檔案、機要、外事、接待、統戰、值班等工作；負責處理人民來信、接待人民來訪，指導、協調、督促、檢查全省系統穩定信訪工作；承擔保密委員會辦公室的日常工作；負責與政府部門及相關單位的對外聯絡和協調；負責對外宣傳，承擔全省系統性新聞信息的采集、審核和發布；負責行業網站和內部網站的管理；負責《安徽煙草》雜誌的出版和《安徽煙草誌》、《安徽煙草誌》的編纂；開展煙草學會工作，組織學術研究和交流；承擔北京辦事處的工作；完成省局(公司)領導臨時交辦的工作。
(2)綜合規劃與企業管理辦公室
研究提出全省中長期發展規劃和年度發展計劃；負責組織全省系統各項經濟指標的制定和考核，以及經濟運行的綜合分析、預測監測和宏觀調控；牽頭組織業務部門編制和下達全省年度生產經營計劃；負責依法制定煙草專賣品市場準入措施，實施宏觀價格管理；負責全省企業管理體系建設和企業管理創新；負責全省固定資產投資項目和基礎設施項目的立項、審批、核準和歸口管理，以及重點建設項目的招標管理和竣工驗收，承擔投資管理委員會的日常工作；負責全省大宗物資采購管理工作；完成省局(公司)領導臨時交辦的工作。
(三)壟斷監督管理辦公室(內部壟斷監督管理辦公室、壟斷稽查總隊)
負責監督檢查煙草專賣法律、法規和規章的執行情況；負責制定並組織實施全省煙草系統專賣監督管理和內部專賣監督管理的規章制度；負責煙草專賣許可證、煙草專賣品運輸許可證等各類專賣管理證件的管理；負責對全省煙草專賣品生產經營活動的監督檢查，查處違法違規案件，打擊違法行為，保護合法經營；負責組織協調全省卷煙打假和走私工作；負責罰沒物資和罰款的管理；負責對市專賣管理局的監督和考核；負責組織和指導市、縣局對內部生產經營活動進行同級監督和日常監管，對下級局內部管理進行監督檢查；負責全省系統行政執法錯案的責任追究；負責全省系統專賣隊伍建設的規劃和指導。
(4)煙草管理辦公室
負責貫徹執行國家局煙草生產、收購和流通的方針、政策，制定全省煙草管理的規章制度；負責起草全省煙草生產經營發展規劃，編制煙葉種植、收購、復烤、儲存和購銷計劃，並組織實施；負責煙草生產經營活動的綜合統計分析、預測和監測，協調服務工作；負責全省煙草購銷合同和加工合同的管理；負責煙草專用肥的管理和相關物資的組織供應；落實烤煙國家標準和煙葉綜合標準，指導復烤加工和煙葉儲存；組織和協調煙草出口業務；負責全省煙草農業科技成果推廣應用和技術創新的實施。
(5)卷煙營銷管理辦公室(後勤管理辦公室)
負責指導和管理全省系統的卷煙銷售網絡建設、現代物流建設和卷煙銷售；負責起草全省卷煙銷售、網絡建設、物流建設發展規劃，編制年度計劃並組織實施；負責組織協調產銷銜接，指導卷煙交易，落實國產煙葉銷售計劃的分解和進口煙葉計劃的編制和分解；負責組織全省卷煙經營市場的調查、市場分析和需求預測；研究制定品牌發展規劃，實施品牌培育；負責卷煙價格和卷煙儲存的日常管理和指導；負責銷售網絡和物流建設的日常管理、指導和考核。
(六)人事部門(含行業職業技能鑒定站)
負責省局(公司)黨組管理幹部的考核、任免、調配和系統人事調動；負責直屬單位內部機構和人員編制的審批和管理；負責全省系統的勞動關系管理、收入分配宏觀調控和績效管理，承擔薪酬委員會日常工作；負責省局(公司)機關人事調配、考核、晉升、獎懲、勞動合同、勞動工資、勞動保護、各項保險、企業年金的管理和日常工作；負責全省幹部職工培訓管理，制定培訓計劃，編制培訓方案，落實培訓任務；負責黨組幹部管理和出國人員政審及因私護照管理；負責專業技術職務的資格評審和聘任，協助管理專業技術人員；負責省局(公司)黨組幹部檔案和人事檔案管理；負責全省行業職業技能鑒定。
(7)財務管理辦公室
負責監督全省系統執行財經法規、財稅制度、財務會計政策和遵守財經紀律的情況；負責制定全省系統財務管理、會計管理和多元化投資管理的辦法和制度，通過財務管理、預算管理、資產管理、資金管理和重大財務事項審批，對所屬單位資產管理實施內部監督和風險控制，確保國有資產保值增值；負責調度和監督國有資產的轉讓和處置；負責制定國有資產保值增值率等考核指標，檢查和考核各單位的完成情況；負責組織年度財務預決算，編制財務報表，分析財務狀況，承擔預算管理委員會的日常工作；負責組織實施會計電算化和財務信息系統的管理；負責擬定多元化投資管理發展規劃，分析和指導多元化企業的經營活動，審批、監督和管理下屬單位的多元化投資項目；負責省局(公司)機關的會計核算和財務管理。
(8)審計局
負責組織和指導全省系統下屬單位的審計工作，制定年度審計工作計劃，制定審計工作制度和辦法；負責組織實施本級機關及所屬單位的財務收支、預算管理、大額物資采購等項目的專項審計；負責組織實施本級機關和直屬單位內部控制制度評審、管理審計和效益審計；負責對下屬單位違反財經法規的行為進行專項審計和專項審計調查，並提出處理意見；負責組織實施下屬單位負責人的經濟責任審計、經營目標責任審計和基建預決算審計；負責組織實施審計意見和審計決定的跟蹤審計，督促被審計單位及時整改；負責受理下屬單位對審計結論的投訴；承擔審計委員會日常工作，負責審計委員會辦公室人員的組織、協調和考核管理。
(九)法規部門
負責監督檢查國家有關法律、法規和行業規章制度的執行情況，研究提出實施意見；負責審查省局(公司)的規章制度、規範性文件和經濟合同；負責行政執法責任制的落實和執法監督；負責學習法律法規，辦理法律事務、法律咨詢和行政復議；負責組織煙草專賣行政執法資格認證和相關證件的管理；負責全系統的法律法規宣傳教育和普法工作；負責制定全省重大體制改革的政策、措施和實施方案，審查煙草企業的設立、分立、合並和撤銷。
(10)科技司(煙草質量監督檢驗站)
負責全省系統的科技管理工作，組織制定煙草科技發展規劃和政策措施；負責全省行業的技術監督和標準化管理，指導、管理和協助行業的技術質量認證、監督和檢查；負責推進煙草科技創新和科研攻關，組織科技項目的申報、初審和管理；負責組織科技交流與合作、技術改造和引進項目論證、專利申報與應用及成果推廣；負責組織全省科技人才和專業技術人員的業務管理、專業評價和能力考核；負責科技信息的收集和整理，組織面向社會的煙葉質量咨詢、培訓、宣傳和普及等服務。
授權承擔行業和政府技術監督主管部門頒發的煙草制品、煙葉和煙用輔料的質量監督檢驗、等級評定和新產品鑒定；承擔在本省銷售或者扣押的煙草制品的真偽鑒定和質量糾紛仲裁檢驗的委托檢驗工作；承擔煙草檢測新技術、新方法的研究、應用和推廣。
(11)安全辦公室
負責組織、指導、監督和檢查國家安全生產法律、法規和方針政策在全省的貫徹實施；負責全省系統安全目標責任制的考核，制定安全工作的管理措施、規範和標準並監督檢查執行情況；負責全系統重大安全事故的應急響應、調查和協調；負責監督檢查安全隱患整改措施的落實情況；負責職業健康安全體系的實施；負責收集、整理全系統安全工作信息，通報安全工作情況，組織安全宣傳教育活動；負責全省煙草商業駕駛員執照的發放和審核；完成省局(公司)領導交辦的臨時性工作。
(十二)監察部(與黨組紀檢組合署辦公)
負責維護黨章和其他黨內法規，保證黨的路線、方針、政策的貫徹執行；負責監督檢查國家法律法規和行業及省級局(公司)有關規章制度的執行情況；協助黨組搞好全省黨風廉政建設，負責組織、協調和加強全省黨風廉政建設，開展黨風、黨紀和廉潔勤政教育，抓好黨風廉政建設責任制的落實；負責履行本級監督職責，對黨員中的領導幹部和行政監察對象進行黨內紀律檢查和行政監察監督；負責受理對所屬單位黨組織、黨員和行政監察對象違法違紀行為的檢舉和控告；負責調查處理下屬單位黨組織、黨員和行政監察對象的違法違紀案件和其他重大問題，提出處理建議；負責糾正行業不正之風，並進行監督、檢查和指導；負責受理黨員對紀律處分的申訴和行政監察對象對紀律處分的申訴；負責完善監督機制，加強監督和再監督。
(十三)思想政治工作部(黨委，含煙草工會)
負責貫徹落實上級黨組織和省局(公司)黨組的思想政治工作精神；負責制定全省系統思想政治工作規劃和意見，組織指導全省系統思想政治教育、精神文明建設、企業文化建設等工作。，並承擔職工思想政治工作研究會的日常工作；負責機關黨建工作，了解和研究全省基層黨組織建設情況，配合地方組織和指導下屬單位開展黨建工作；負責指導全省工會工作，承擔省局(公司)勞動競賽委員會日常工作和工、青、婦等群眾組織工作；負責機關效能建設和扶貧救災等社會公益事業。(1)經濟信息中心
負責起草全省系統信息化建設發展規劃，編制年度工作計劃，並組織實施；負責全省基礎數據的統壹管理、統計分析和統計上報；負責全省系統信息網絡和視頻系統的管理、運行和維護，各省局(公司)信息設備的運行和管理；負責制定和實施信息技術相關統壹標準，規範信息編碼和數據管理，對行業所屬單位信息化工作進行指導、監督和考核；負責配合相關部門進行業務信息系統的開發和應用，提出軟件開發、升級、設備購置等項目立項和投資建議；負責全省信息安全。
(二)退休人員管理處(退休人員服務中心)
負責全省退休人員管理工作，貫徹執行黨、國家和行業關於退休人員管理的方針政策；負責基層退休工作的指導、協調、監督和服務；負責省局(公司)退休人員的服務工作，組織各種政治文化活動，聽取意見建議，幫助解決實際困難；充分發揮離退休黨組織的作用，開展思想政治工作，穩定離退休人員隊伍。(3)培訓中心
(3)培訓中心
負責全省系統性培訓計劃的組織實施，並做好服務協調工作；負責培訓師資隊伍的建設；負責培訓材料的編寫、驗證和培訓評估；負責全省培訓基地資源的統籌協調；負責省局(公司)培訓中心設施的日常管理和維護，做好與服務外包單位的溝通協調，制定服務標準，進行考核監督，確保服務質量和資產安全。(四)機關行政中心
(四)機關行政中心
負責省局(公司)機關固定資產的管理和維護；承辦省局(公司)會議的會務和接待工作；負責車輛、通訊、會議室和設備的管理和保障；負責機關基本建設項目的實施；負責辦公設備、辦公用品、勞動保護用品等物資的集中采購、保管和發放；負責辦公區和生活區的安全、衛生、綠化等物業管理；負責計劃生育、醫療和住房公積金、貨幣補貼等工作。整風辦公室
負責全省日常工作中內部管理監督整改的綜合協調、監督、檢查和評估；負責制定全省加強內部監督和整頓規範工作年度工作計劃，分解工作任務；負責協調和督促相關職能部門健全和完善生產經營管理的內部規章制度；負責配合相關職能部門，對各直屬單位制度執行情況進行重點檢查和監督，對存在的問題提出整改建議，督促整改落實；負責承擔直屬免檢單位評審的具體組織工作；完成省局(公司)領導臨時交辦的工作。