確定稅務稽查對象是稅務稽查的重要環節。目前稽查選案分為：人工選案、計算機選案、舉報、其他等
人工選案的基本方法是抽樣。實施抽樣又分為隨機抽樣和非隨機抽樣。在實行抽查選案時，壹般都采用隨機抽樣法，它是按照概率規律抽取稽查對象的壹種方法。
計算機選案的指標主要有以下幾個方面：分行業生產經營指標平均增長值分析、分行業財務比率分析、企業常用財務指標分析、流轉稅類選案分析、企業所得稅稅前限制列支項目指標分析、進出口稅收指標分析、稅收管理指標分析等。
舉報是稅務機關發現案源最多的壹種途徑。
其他選案方法指：轉辦、交辦等。
二、實施稽查
稅務稽查實施階段是稅務稽查工作的核心和關鍵環節。稅務稽查必須依照法律規定權限實施。稅務稽查人員在實施稽查之前，除另有規定之外，應當提前以書面形式通知被查對象，向被查對象下達《稅務稽查通知書》，並由收件人填寫送達回證。稅務人員在實施稅務稽查時可以根據需要和法定程序采取詢問、調取賬簿資料、實地稽查、賬外調查和異地協查等方式進行。稅務稽查人員在稅務查賬時，應在《稅務稽查底稿》上逐筆如實紀錄稽查中發現的問題及所涉及的賬戶、記賬憑證、金額等細節，全面反映此項稽查工作的情況。稅務稽查實施終結，稅務稽查人員應當認真整理檢查資料，歸集相關證據，計算補退稅款，分析檢查結果，提出處理意見，並根據立案查處、未經立案查處以及稽查中發現的問題等不同情況，決定實行壹般工作程序或簡易工作程序，並分別制作《稅務稽查報告》、《稅務處理決定書》或《稅務稽查結論》。
三、審理
稅務稽查審理，是稅務稽查機構對其立案查處的各類稅務違法案件在實施稽查完畢的基礎上，由專門組織或人員核準案件實施、審查鑒別證據、分析認定案件性質，制作《審理報告》和《稅務處理決定書》或《稅務稽查結論》的活動過程。
稅務稽查審理主要包括：1.違法事實是否清楚、證據是否確鑿、數據是否準確、資料是否齊全。2.適用稅收法律、法規、規章是否合法。3.是否符合法定程序。4.擬定的處理意見是否得當。
審理終結的處理有以下幾種處理方法：1.同意《稅務稽查報告》、2.補正《稅務稽查報告》、3.不同意《稅務稽查報告》、4.構成犯罪案件的處理——移送。
對稅收違法行為的處罰應根據及其實施細則以及的規定處理。
四、執行
隨著稅收法制建設的不斷加強，納稅人的稅收法制觀念也在不斷提高，稅務稽查文書送達後，被查對象壹般都能自動履行稅務機關做出的法律文書所規定的義務——自動辦理補報繳納。逾期不履行的，稅務機關將采取強制執行措施。