企業先用掃描儀掃描進項專用發票，掃描完，將待認證進項發票數據文件導入到硬盤中某個文件夾中去，（導入的文件格式為RZ00100+企業稅號+時間，建立文件夾：例如可以在D盤中建立：D:\網上認證\掃描儀掃描\認證月份，認證月份為08、09、10、11、12）
企業再進入電子報稅系統→進項發票管理—專用進項發票讀入→抵扣聯文件導入→再點擊“讀入rz00100（掃描軟件提供）”，選擇硬盤路徑中待認證的文件→點擊“保存”
（2）、適合無掃描儀采集系統的企業
必須手工逐張錄入進項發票，具體步驟：
先進入電子報稅系統中→基礎資料管理→產品勞務資料→按照進項發票的商品明細進行新增
→常用供應商資料→按照發票上的供應商進行新增
→進項發票管理→防偽稅控進項專用發票管理→新增→錄入各項發票欄目信息（包括84位密文）
→待認證進項專用發票導出→選擇錄入日期→選擇需要認證進項發票→點擊“寫網上認證文件”→選擇需要保存文件的位置→確認保存→這樣系統將會導出壹個後綴為“dat格式”的文件
第四步驟：通過電子報稅系統導出經過加密的待認證進項數據
進項發票管理→待認證進項專用發票數據導出→在選擇錄入日期壹欄中選擇所屬期月份日期範圍→點擊寫網上認證文件→在保存的位置中。（最好存到指定的壹個文件夾中，在D盤建立壹個文件夾用來存放，例如D：\寫網上認證文件\月份，而月份則為08、09、10、11、12）
第五步：進入國稅網上辦稅網站
使用專線的企業首先要拔號上網，專線登錄之後，企業進入中山國稅電子辦稅大廳，先打開www.gdzs-n-tax.gov.cn，點擊網上辦稅，在登陸窗口中輸入用戶名及密碼，（註用戶名為企業稅號、初始密碼為123456），點擊“發票認證”，在左邊網上認證窗口中點擊“網上認證”，選擇上壹步驟網上待認證文件路徑位置，然後點擊“上傳”
註意：上傳網上待認證文件格式為RZ00100+企業稅號+日期+其他+.dat，有企業經常在此出錯。
第六步：查詢分局有無認證結果，並按月查詢進項認證發票數據，結果通知書文件
上傳文件之後，壹般壹個小時左右將會得到企業的認證結果，但認證最後兩天會慢些，登陸網上辦稅系統，在認證查詢欄目下面：在認證通過發票查詢中選擇正確的所屬稅期月份，然後按月查詢認證通過的發票數據，在下面也可以查詢未認證通過發票。
第七步：企業下載當月認證結果文件，並導入到電子報稅系統中
企業登陸網上辦稅系統，在認證下載欄目中，首先要選擇所屬月份，和認證101的生成文件格式，再點擊下載，最好存到D盤指定的壹件文件夾中，（可以在D盤中建立壹個文件夾，例如）D：\認證結果\月份，月份可以是08、09、10、11、12）其他照以前方式將已認證的進項認證結果文件，導入到電子報稅系統中。
第八步：打印認證結果通知書文件
在認證結果通知書文件，選擇所稅期月份，再點擊下載，存到認證結果文件相同地方，最後打印出來，其中包括認證進項發票清單，最後按稅局要求將認證結果通知書與已認證通過發票清單交分