生物肥料登記證是農業部辦理的，農業部辦理的所有正式肥料登記證的格式是 ?農肥準字（XXXX）號，如：
登記證號 ? 企業名稱 ?產品通用名稱
1 ?農肥準字0047號 ?新疆匯通旱地龍腐植酸有限責任公司 ?土壤調理劑
2 ?農肥準字0046號 ?武漢洪山區鄂海應用技術研究所 ?含氨基酸水溶肥料
3 ?農肥準字0042號 ?包頭市大西北科技發展有限責任公司 ?微量元素水溶肥料
4 ?農肥準字0041號 ?常州市永豐生物活力素廠 ?微量元素水溶肥料
5 ?農肥準字0040號 ?淮安市興農多元微肥廠 ?微量元素水溶肥料
6 ?農肥準字0037號 ?廣西壯族自治區化工研究院 ?大量元素水溶肥料
7 ?農肥準字0036號 ?江西省科學院生物保健品廠 ?微量元素水溶肥料
8 ?農肥準字0034號 ?北京世紀綠都生物技術有限責任公司 ?微量元素水溶肥料
9 ?農肥準字0033號 ?桂林花信植物組培苗有限公司 ?微量元素水溶肥料
10 ?農肥準字0032號 ?安徽省嶽西縣撞鐘化肥有限責任公司 ?微量元素水溶肥料
微生物菌肥是根據土壤微生態學原理、植物營養學原理、以及現代"有機農業"的基本概念而研制出來的。微生物肥料是以微生物的生命活動導致作物得到特定肥料效應的壹種制品，是農業生產中使用肥料的壹種。其在我國已有近50年的歷史，從根瘤菌劑--細菌肥料--微生物肥料，從名稱上的演變已說明我國微生物肥料逐步發展的過程。