新疆生產建設兵團是新疆維吾爾自治區的重要組成部分。兵團承擔著國家賦予的屯墾戍邊職責，實行黨政軍企合壹體制，是在自己所轄墾區內，依照國家和新疆維吾爾自治區的法律、法規，自行管理內部行政、司法事務，兵團的黨務和稅收事務由自治區分管，而行政、司法、經濟、財政等則由中央政府管理並依照國家法律自行管理內部的行政、司法事務。在統計方面，兵團的人口和面積壹般都計入地方政府的統計中（兵團城市除外），但國民生產總值等則單獨列出，不計入自治區的數據。
屯墾戍邊是國家賦予兵團的職責。兵團的“屯墾”，以現代農業開發為基礎，同時大力發展第二、第三產業，著重保護和改善生態環境，促進新疆的社會進步與民族團結。兵團的“戍邊”，壹方面守衛國家邊防，另壹方面維護國家統壹和新疆社會穩定，防範和打擊恐怖勢力的犯罪破壞活動。20世紀80年代後，分裂勢力、宗教極端勢力、暴力恐怖勢力等“三股勢力”及其破壞活動成為影響新疆社會穩定、危害國家統壹的嚴重威脅，兵團戍邊的重點轉移到防範和打擊“三股勢力”破壞活動的任務上。
1990年中央政府批準兵團在國家實行計劃單列。兵團在繼續作為新疆維吾爾自治區的重要組成部分、接受自治區領導的同時，逐漸由中央政府有關部門對口管理。這種雙重領導體制的建立，是兵團行政隸屬關系上的創造性變革，有利於中央與自治區對兵團的協調領導，有利於兵團履行肩負的各項職責，理順了兵團與國家機關各部門的關系，進壹步推動了兵團事業的發展。多年來，中央政府對兵團在公***服務和公***安全、教科文衛、農林水事務等領域給予政策支持和資金投入，為兵團經濟社會發展註入了強大的活力和新的生命力。
兵團實行黨政軍企高度統壹的特殊管理體制。兵團各級都建有中國***產黨的組織，發揮著對兵團各項事業的領導作用。兵團設有行政機關和政法機關，自行管理內部行政、司法事務。兵團是壹個“準軍事實體”，設有軍事機關和武裝機構，沿用兵團、師、團、連等軍隊建制和司令員、師長、團長、連長等軍隊職務稱謂，涵養著壹支以民兵為主的武裝力量。兵團也稱為“中國新建集團公司”，是集農業、工業、交通、建築、商業，承擔經濟建設任務的國有大型企業。兵團的黨、政、軍、企四套領導機構與四項職能合為壹體。
兵團全面融入新疆社會，所屬師、團場及企事業單位分布於新疆維吾爾自治區各地（州）、市、縣（市）行政區內，主要由兵團自上而下地實行統壹領導和垂直管理。在戰略地位重要、團場集中連片、經濟基礎好、發展潛力大的墾區，設有7個“師市合壹”的新疆維吾爾自治區直轄縣級市和5個“團（場）鎮合壹”的建制鎮，由兵團實行統壹分級管理。“師和市”、“團（場）和鎮”黨政機構設置均實行“壹個機構、兩塊牌子”。