1.淮河
淮河流域包括河南、安徽、山東、江蘇四省的35個市，流域面積27萬平方公裏。氨氮已成為淮河流域的首要汙染因子。
2 .海河
海河流域是我國水資源開發程度最高、水汙染最嚴重的流域之壹。流域水環境問題復雜。化學需氧量、氨氮和總磷是主要汙染因子，其他超標因子還有高錳酸鹽指數和石油類。
3.遼河
遼河流域總面積221，1，000平方公裏。除西遼河水資源區外，全流域47個國控斷面水質數據顯示，氨氮已成為導致全流域水質達標率相對較低的重要汙染因子。流域內部分水庫總氮、總磷嚴重超標，部分水庫富營養化問題嚴重。
4.太湖
太湖是中國第三大淡水湖，全流域面積3.69萬平方公裏。環湖河流100多條，其中60%左右入湖。
太湖在流域內具有飲用水、工農業用水、航運、旅遊、防洪、調蓄等多種功能，是長江三角洲社會經濟發展的重要水資源。
5 .巢湖
巢湖是中國壹直重點關註的“三湖三河”之壹。20世紀70年代，巢湖多次受到“水華”汙染，2004年以來達到全湖ⅴ類，水質惡化趨勢十分嚴峻。2009年，環巢湖流域10條主要河流中，只有玉溪河達到水質標準，水質類別為ⅲ類。有9條河流不達標，超標因子主要是COD、氨氮、總磷和石油類。巢湖總體營養狀態為輕度富營養化。
6 .滇池
滇池屬於長江流域，位於長江、紅河、珠江的分水嶺。滇池是中國重要的“三湖”之壹。自20世紀90年代以來，滇池營養鹽TN和TP逐年增加。2009年，草海和滇池外海水質為劣ⅴ類..
7.松花江
松花江流域覆蓋黑龍江省和吉林省大部分地區、內蒙古自治區東部和遼寧省部分地區，覆蓋26個市(州、盟)，流域總面積約561.2萬平方公裏。影響水質超標的主要汙染因子是高錳酸鹽指數、化學需氧量和糞大腸菌群。阿什河、伊通河仍為劣ⅴ類..
8.三峽水庫
三峽水庫壩址位於長江西陵峽三鬥坪，東起湖北宜昌，西至重慶巴縣，涉及20個縣(市、區)。庫區水質以ⅰ、ⅱ類水為主，庫區支流以ⅱ、ⅲ類水為主，長江出口斷面以ⅰ、ⅱ類水為主。進入長江幹流的烏江、嘉陵江水質達到ⅱ類水質標準。金沙江水質達到二類；進入長江幹流的赤水河水質達到ⅱ類或以上。
9.黃河中上遊
盆地面積73.4萬平方公裏。十壹五期間，黃河幹流高錳酸鹽指數和氨氮平均濃度均呈下降趨勢，符合ⅲ類水質標準，溶解氧達到ⅱ類水質標準。中衛下河巖(甘寧)和拉僧廟(寧蒙)斷面水質明顯改善，可滿足ⅲ類水質標準。然而，在“十壹五”期間，支流湟水河和湟水河小霞橋斷面水質連續五年劣於ⅴ類水質。
10.南水北調工程水源及沿線(丹江口庫區及其上遊)
“十壹五”期間，南水北調中線水源區水汙染防治、水土流失治理等措施初見成效。丹江口庫區7個斷面水質穩定達到ⅱ類水標準。
重點流域水質考核指標包括四類:壹是除《地表水環境質量標準》表1中三項指標外的水溫、pH值、溶解氧、高錳酸鹽指數、化學需氧量、五日生化需氧量、氨氮、銅、鋅、氟化物、硒、砷、汞、鎘、鉻。二是富營養化指標，包括總氮和總磷；第三是糞大腸菌群指數；四是流域特征汙染物指數。以上四類指標分別考核，河流不考核富營養化指標。