項目管理信息系統的基本結構包括系統的範圍、外部基本結構與處理流程及內部基本結構與處理流程3部分。項目管理信息系統的範圍與外部處理流程實質上是項目生命周期在信息管理過程中的邏輯展開，項目管理信息系統的內部基本結構與處理流程是項目管理職能在信息處理過程中的客觀反映。項目管理信息系統的性能、效率和作用首先不取決於系統的內部結構與功能，而取決於系統的外部接口結構與環境，這是項目管理信息系統區別於企業管理信息系統的特點與規律。
1、項目管理信息系統的範圍與外部處理流程規劃
正確規劃項目管理信息系統的外部結構與功能，首先必須正確建立項目信息源的總體結構與處理流程。例如，壹個較大型建設項目的信息管理範圍涵蓋了項目業主、 規劃設計單位、勘察設計單位、技經設計單位、主管部門(規劃、建設、土地、計劃、環保、質監、金融、工商等)、施工單位、設備制造與供應商、材料供應商、 調試單位、監理單位等眾多項目參與方(信息源)，每個項目參與方即是項目信息的供方(源頭)，也是項目信息的需方(用戶)，每個項目參與方由於其在項目生 命周期中所處的階段與工作不同，相應的項目管理信息系統的結構和功能會有所不同。
對於投資業主，必須在項目概念階段對項目管理信息系統的內部信息處理流程和外部信息供需關系進行戰略規劃與設計。對於外部信息需求，必須在招標文件中向所 有供應商明確指明本項目信息系統擬采用的網絡平臺、數據庫平臺、安全控制平臺等系統特性；對於項目管理中常用的工具軟件、如項目計劃編制軟件、財務軟件、 進度控制軟件、圖紙檔案管理軟件等，必須明確指明業主擬采購的廠商、版本號及數據接口。必須在全部采購開始之前，按照標準化要求統壹和規範項目管理信息系 統外部處理流程，業主項目管理信息系統的範圍與外部處理流程規劃設計報告必須作為全部采購招標文件的重要附件和當然標的。
2、項目管理信息系統的內部基本結構與處理流程規劃
1）項目管理信息系統的內部結構
大型建設項目管理信息系統從內部功能上壹般包括項目進度信息、造價信息、質量信息、安全信息、合同信息、財務信息、物料信息、圖(紙文)檔信息、辦公與決 策信息等9大管理系統和管理功能；但處於不同項目生命周期階段的信息系統，其核心功能和目標會有所側重和區別。如對於規劃階段的項目設計管理信息系統，圖 檔處理是系統的核心功能；對於實施階段的業主項目管理信息系統，項目進度、質量和造價三大控制信息的壹體化集成處理是系統的主要目標；對於實施階段的項目 監理信息系統，質量信息的實時采集與監控是系統的核心目標等等。
2）項目管理信息系統的處理流程規劃
由於系統的結構與功能目標的差異，不同項目生命周期的項目管理信息系統的內部處理流程也有所不同。壹般來講，項目業主管理信息系統內部處理流程的規劃設計原則是：施工機具需求計劃等項目資源計劃，作為項目管理控制的基本預期目標。以實際進度、實際財務數據為依據，動態產生實際的人力、資金、物料、機具等資 源支出消耗數據，並自動與指導性目標數據相比較，為後續的合同結算、成本控制提供動態、實時的信息和依據。
物料需求計劃的編碼與采購合同的編碼必須壹壹對應；項目財務信息管理系統的科目設置與概預算項目劃分編碼壹壹對應；采購合同編碼與概預算編碼及財 務科目編碼在聯結點上必須壹壹對應。從而合同的財務支付數據可以按時間自動實現月度、季度、年度的資金需求匯總，也可以按項目進行自動匯總並與指導性的概 預算資源計劃目標進行動態對比分析，產生動態的資金需求與費用分析報告。
質量驗評項目範圍與圖紙檔案的立卷編碼和文件包編碼壹壹對應；質量管理部門的驗評數據自動匯總成分段工程、分部工程、分項工程和單位工程驗收文檔，並與圖紙檔案管理系統數據***享，自動立卷歸檔，形成數字化項目技術檔案。