根據上述職責，自治區財政廳設17個內設機構： （清理規範津貼補貼辦公室）
分析預測自治區國民經濟運行形勢並提出相關財政政策建議；編制財政發展的中長期規劃；研究提出有關收入分配政策和改革方案；承擔清理規範公務員津貼補貼具體工作；負責制定住房保障政策，管理住房保障資金，管理住房公積金；負責制定國有土地有償使用收入政策；承擔彩票管理的有關工作；組織實施財政綜合項目專項資金績效考核工作。 管理自治區會計工作；組織執行國家會計制度，擬訂自治區會計管理的實施辦法和補充規定；承擔指導和監督註冊會計師、註冊會計師事務所業務的工作；負責實施全區會計信息化工作；負責會計從業資格管理工作；承擔自治區會計專業技術資格管理工作。
（十四）行政事業資產監督管理處
研究制定自治區行政事業資產管理辦法；負責組織自治區本級行政事業單位及附屬單位國有資產管理工作；負責全區行政事業國有資產統計報告工作；負責自治區本級事業單位非經營性資產轉經營性資產及區本級行政單位非經營性資產出租、出借審批。 負責廳機關和直屬事業單位人事管理工作；研究自治區財政系統幹部隊伍建設狀況，制定並組織實施全區財政系統教育規劃；負責區級財政系統幹部的培訓；指導自治區財政系統幹部培訓工作。
自治區農村綜合改革領導小組辦公室負責起草自治區農村綜合改革規劃、措施和綜合性指導意見；承辦自治區農村綜合改革領導小組具體工作；負責指導和協調各地各部門推進全區農村綜合改革工作；管理農村綜合改革轉移支付資金；研究提出基層政權運轉和農村公益事業發展經費保障措施，制定相關管理制度。
機關黨委負責廳機關和直屬單位黨群工作。
監察室（與紀檢組合署辦公）為自治區紀委、監察廳的派駐機構，負責廳機關和直屬單位紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部工作處負責廳機關離退休人員服務管理工作，指導所屬單位離退休人員管理工作。