雖然我們在企業所得稅法實施條例中明確的企業所得稅應納稅所得額的計算是用收入總額-不征稅收入-免稅收入-稅前準予扣除的項目。但是，無論是修改前的企業所得稅申報表還是新的企業所得稅申報表，設計思路都是壹致的，即申報表是通過會計利潤進行納稅調整和調減得到應納稅所得額。既然是基於這個目的，新企業所得稅申報表在《壹般企業收入明細表》（A101010）和《金融企業收入明細表》（A101020）中都將企業所得稅中視同銷售收入剔除（對應在《壹般企業成本支出明細表》（A102010）和《金融企業支出明細表》（A102020）中也將視同銷售成本剔除）。這樣就保證了主表（A100000）第13行前的數字盡量和會計保持壹致，這樣便於後期稅務機關利用企業所得稅申報表信息和企業報送的財務報表信息進行風險比對，減少不必要的差異導致比對風險異常。因此，這壹調整實際體現了總局的新企業所得稅申報表的設計思路，即申報表不是簡單用來報稅的，他實際為稅務機關開展風險管理提供信息來源。基於這個目的，申報表設計時應該盡量考慮為後期稅務機關開展風險比對提供更加高效、明晰的信息。視同銷售收入和視同銷售成本的填報調整到《視同銷售和房地產開發企業特定業務納稅調整明細表》（A105010）中，並最終在《納稅調整明細表》（A105000）反映。
二、視同銷售業務的企業所得稅問題
雖然我們對視同銷售的企業所得稅填報規則進行了變更，但是視同銷售業務的填報規則設計上還是存在壹定的缺陷。比如，某企業用自產產品用於業務宣傳，該產品的成本是100，市場售價是150。企業會計處理為：
借：業務宣傳費 125.5
貸：存貨 100
應交稅金——應交增值稅（銷項稅） 25.5
對於這筆業務，根據《企業所得稅法實施條例規定》應該做視同銷售。因此，我在進行所得稅申報表填報時，應該將150填報到《視同銷售和房地產開發企業特定業務納稅調整明細表》（A105010）第3行“用於市場推廣或銷售視同銷售收入”中，100填入該表第13行“用於市場推廣或銷售視同銷售成本”中。但是，既然視同銷售了，此時稅收上可以扣除的業務宣傳費就不再是會計核算的125.5，而是175.5。但是，這個數字在《廣告費和業務宣傳費跨年度納稅調整明細表》（A105060）中是無法填報的。因為該表說明規定第壹行只能填納稅人按會計核算計入當年損益的廣告費和業務宣傳費。這個問題在用於捐贈、用於職工獎勵和福利的視同銷售中都存在。我們認為，申報表不能去否定政策的合理執行。因此，我們認為，企業可以按照125.5計算出來的可以稅前扣除的金額，與按照申報表計算出來的可以稅前扣除金額之間的差額，填報在《納稅調整項目明細表》（A105000）第42行其他中，並附說明解決。
三、廣告費、業務宣傳費、業務招待費的扣除依據
在修改前的企業所得稅申報表中，已經明確了，廣告費、業務宣傳費和業務招待費的扣除依據就是納稅人在主表第1行銷售（營業）收入。但是，新企業所得稅由於將視同銷售收入剔除在收入明細表之外，也就是主表（A100000）第1行營業收入中不含視同銷售收入了。那問題是視同銷售收入能否再作為扣除依據呢？通過分析《納稅調整項目明細表》（A105000）第15行第2列業務招待費的稅收金額以及《廣告費和業務宣傳費跨年度納稅調整明細表》（A105060）第4行本年計算廣告費和業務宣傳費扣除的銷售（營業）收入的填表說明，都是寫的按稅法規定可以扣除的金額，特別是在《廣告費和業務宣傳費跨年度納稅調整明細表》（A105060）第4行填表說明中寫的是“填寫按照稅法規定計算廣告費和業務宣傳費扣除限額的當年銷售（營業）收入”，且在表內、表間關系中，該行並不和主表（A100000）第1行有關聯關系。因此，雖然視同銷售收入從主表第1行剔除了，但是企業在計算廣告費、業務宣傳費和業務招待費填報的計算扣除依據的收入仍然是包含視同銷售收入的。
四、企業非貨幣資產對外投資視同銷售問題
對於企業用非貨幣資產對外投資，在企業所得稅上是否需要視同銷售繳納企業所得稅，大家壹直是有爭議的。因為，在新的企業所得法實施條例第25條中並沒有企業將財產用於投資需要視同銷售繳納企業所得稅的規定。但是，在實踐中，大家壹般認為企業用非貨幣資產對外投資仍需要視同銷售，因為我們認為這是企業壹種非貨幣資產交換行為，按照第25條企業非貨幣資產交換處理。但是，我們看到在《視同銷售和房地產開發企業特定業務納稅調整明細表》（A105010）專門有壹行即第8行用於填報用於對外投資項目視同銷售收入，第18行用於填報用於對外投資項目視同銷售成本。因此，新申報表實際進壹步明確了企業用非貨幣資產對外投資在企業所得稅上是需要做視同銷售處理的。但是，嚴格意義來講，這個設計是存在合法性問題的。因為，申報表是根據《企業所得稅法》來的，是用來實現或明細法律既有的規則的，妳不能通過申報表創設出新的法律規則。如果妳認為企業用非貨幣資產對外投資是非貨幣資產交換（不管是否合理），在申報表設計上妳應該在第2行“非貨幣性資產交換視同銷售收入”下面新增壹行“其中用於對外投資項目視同銷售收入”作為他的附屬行，這樣從形式上還基本能過得去。但是，如果把“用於對外投資項目視同銷售收入”和“非貨幣性資產交換視同銷售收入”並列，實際妳就承認我企業用非貨幣資產對外投資不是非貨幣性資產交換。既然不是非貨幣性資產交換，《企業所得稅法實施條例》並沒有規定企業用財產對外投資需要視同銷售，妳這裏申報表突然把他加上了豈不是額外創設新的稅收規則嗎，這個就違背了上位法。因此，這裏申報表設計有欠妥的地方。
五、房地產企業按預計毛利率交稅是否可以扣除營業稅及土地增值稅問題
對於房地產開發企業取得房地產預售收入，根據國稅發〔2009〕31號文規定按照預計毛利率進行企業所得稅申報時，能否扣除其實際繳納企業營業稅及其附加以及土地增值稅，各地稅務機關有不同的看法。有些稅務機關給扣除，有些稅務機關又不給扣除。這個問題，在《視同銷售和房地產開發企業特定業務納稅調整明細表》（A105010）中給予了明確的答復，在該表第22-25行的計算中，申報表和填表說明都明確了，房地產企業銷售未完工產品實際發生的營業稅金及附加、土地增值稅，且在會計核算中未計入當期損益的金額是可以扣除的。
六、房地產企業所得稅廣告費、業務宣傳費、業務招待費的扣除依據
根據國稅發〔2009〕31號文，房地產開發企業產品完工前的預售收入也可以作為廣告費、業務宣傳費和業務招待費的扣除依據。但是，要註意，根據新企業所得稅申報表，由於設計思路基本是根據會計來的，房地產企業預售收入會計作為預收賬款，新申報表就不會把他放到主表（A100000）第1行營業收入中（《壹般企業收入明細表》（A101010））中。而是直接在《視同銷售和房地產開發企業特定業務納稅調整明細表》（A105010）第21行計算出納稅調整額填在《納稅調整項目明細表》（A105000）第39行中。因此，房地產企業在計算廣告費、業務宣傳費和業務招待費扣除依據時要自行把這部分收入加上計算。
七、房地產企業產品完工後的企業所得稅申報
根據新申報表，房地產企業只有在產品完工，會計上確認銷售收入時才會在申報表上確認營業收入和營業成本。因此，《視同銷售和房地產開發企業特定業務納稅調整明細表》（A105010）只是把其當期完工產品確認收入中對應的以前按照預計毛利率確認的毛利額和當時實際發生的營業稅稅金及附加、土地增值稅轉回。因此，企業完工產品會計確認收入後，正常填報主表（A100000）的營業收入、營業成本以及營業稅金及附加。但是，房地產開發企業按照權責發生制原則，由於土地增值稅沒有清算，在會計確認收入，按照會計謹慎原則預提的土地增值稅進入的營業稅金及附加在企業所得稅申報時是不能扣除的。但從填報說明上看，主表（A100000）第3行要求納稅人根據會計核算科目填報。此時，納稅人需要將這部分土地增值稅在在《納稅調整項目明細表》（A105000）第42行“其他”中通過納稅調增解決。
但是，這裏有壹個問題，就是稅收上房地產完工產品收入的確認標準和會計準則是不壹致的。如果企業已經符合國稅發〔2009〕31號文規定的3個需要確認完工產品收入的條件，但是會計上還不符合沒有確認收入的，如何進行填報則是壹個不確定性的問題，這裏前後差異就更加復雜了。
八、企業用財政性資金用於研發的支出能否加計扣除問題
對於企業用財政性資金用於研發能否加計扣除，國稅發〔2008〕116號文在文件中並沒有說明，也是在附件的表格中說要扣除財政補助部分。但是，實際執行中稅務機關有兩種意見，壹種意見是納稅人取得財政性資金，如果申請作為不征稅收入了，則用這部分收入發生的研發支出既不能扣除，也不能加計扣除。如果企業沒有作為不征稅收入，直接作為營業外收入交稅了，則這部分研發支出既可以扣除，也可以加計扣除。但第二種觀點認為，企業即使取得財政性資金沒有作為不征稅收入，已經完稅了。但用這部分收入形成的研發支出，也只能據實扣除，不能加計扣除。在《研發費用加計扣除優惠明細表》（A107014）第11列“減：作為不征稅收入處理的財政性資金用於研發的部分”且第12行“可加計扣除的研發費用合計”等於10-11。因此，這裏扣除的只是作為不征稅收入處理的財政性資金用於研發支出的部分。如果企業取得財政性資金，沒有申請作為不征稅收入，而是作為征稅收入交稅了。這部分收入用於研發形成的支出，則既可以扣除，也可以加計扣除。
九、免稅項目虧損能否用應稅項目所得彌補問題
由於新企業所得稅法采用了大量的項目式優惠。企業免稅項目有所得可以免稅。但如果免稅項目有虧損，能否用應稅項目所得去彌補呢？根據《國家稅務總局關於做好2009年度企業所得稅匯算清繳工作的通知》（國稅函〔2010〕148號）的規定：對企業取得的免稅收入、減計收入以及減征、免征所得額項目，不得彌補當期及以前年度應稅項目虧損；當期形成虧損的減征、免征所得額項目，也不得用當期和以後納稅年度應稅項目所得抵補……但是，如何計算出免稅項目的虧損，申報表如何實現，這個在原先的申報表中都是不明確的，實際執行中存在爭議。現在，在新的企業所得稅申報表的《所得減免優惠明細表》（A107020）中明確納稅人必須將免稅項目的收入、成本、相關稅費、應分攤的期間費用和納稅調整額單獨列出來，單獨計算第6列項目所得額。但是，哪些是免稅項目需要分攤的期間費用，是所有的都要分攤，還是部分分攤。另外，如果分攤了廣告費、業務宣傳費和業務招待費，是否這部分免稅項目分攤的費用，需要按照項目的收入計算扣除限額嗎，否則為什麽加上壹列“納稅調整額”，但這樣是否過於復雜。更為關鍵的是，該表第7列“減免所得額”在填表說明中寫了：本行<0，填寫負數。而該列數據根據表內、表間關系要填到主表（A100000）第20行中，減去負數的“所得減免”實際就是納稅調增了。因此，這實際明確了如果企業免稅項目虧損是不能用應稅項目所得去彌補的，需要納稅調增。但是，根據填表說明來看：第7列“減免所得額”：填報享受所得減免企業所得稅優惠的企業，該項目按照稅法規定實際可以享受免征、減征的所得額。本行＜0的，填寫負數。且第40行第7列＝表A100000第20行。換句話說，企業如果有多個免稅項目，這個填表規則實際明確的這樣壹個政策，就是企業如果有多個免稅項目，應該首先將不同免稅項目的盈利和虧損進行相互彌補，如果不同免稅項目最終有所得，享受免稅。如果不同免稅項目盈虧互抵後最終是虧損，該虧損就不能用當年應稅項目所得來彌補。
但這裏帶來另外壹個問題，就是西部大開發優惠政策，由於總機構設在西部大開發稅收優惠地區的企業，僅就設在優惠地區的總機構和分支機構（不含優惠地區外設立的二級分支機構在優惠地區內設立的三級以下分支機構）的所得確定適用15%優惠稅率。總機構設在西部大開發稅收優惠地區外的企業，其在優惠地區內設立的分支機構（不含僅在優惠地區內設立的三級以下分支機構），僅就該分支機構所得確定適用15%優惠稅率。此時，如果區內享受優惠的機構又虧損，能否用區外25%的所得彌補呢，還是要單獨計算呢？從新申報表設計來看，西部大開發稅收優惠在《減免所得稅優惠明細表》（A107040）中，不在《所得減免優惠明細表》（A107020）中。從填表說明來看，如果區內虧損，這裏我就填0不享受優惠，不需要填寫負數，即區內虧損可用區外所得彌補。
十、政府補貼申報表填報問題
申報表實際中，有些信息會在多張表中體現。比如政府補助，壹部分在《未按權責發生制確認收入納稅調整明細表》（A105020）第9行反映，壹部分又在《專項用途財政性資金納稅調整明細表》（A105040），且這兩種表中的納稅調整信息都要關聯到《納稅調整項目明細表》（A105000）中並最終反映到主表。因此，為了避免被重復調整，在對政府補貼的填表中要分類，屬於享受不征收收入的政府補貼填入《專項用途財政性資金納稅調整明細表》（A105040），要征稅的政府補助填入《未按權責發生制確認收入納稅調整明細表》（A105020），且這個填報方法還是基於企業執行會計準則的情況下。
十壹、投資損失的填報問題
和第十條壹樣，主表第9行投資收益填寫的是企業各項投資盈利和虧損合計後的數額。而在《投資收益納稅調整明細表》（A105030）第8列是“會計確認的處置所得或損失”，第9列“稅收計算的處置所得”，這個差異的調整要填入《納稅調整項目明細表》（A105000）中。同時，在《資產損失稅前扣除及納稅調整明細表》（A105090）第12行投資損失的稅會差異也要填入《納稅調整項目明細表》（A105000）中。為了避免投資損失稅會差異在兩處填報兩處重復調整，實際上《投資收益納稅調整明細表》（A105030）這張表只能填入稅收上計算時所得的投資轉讓行為。稅收上計算時虧損的投資行為應該只填報在《資產損失稅前扣除及納稅調整明細表》（A105090）中。
十二、非貨幣資產交換行為的填報
非貨幣資產交換行為，既在《壹般企業收入明細表》（A101010）有，也在《視同銷售和房地產開發企業特定業務納稅調整明細表》（A105010）有。實際上，非貨幣資產交換，如果會計和稅法壹致，都做銷售處理，就填在《壹般企業收入明細表》（A101010），只有會計不走銷售，稅法做銷售的，才填到《視同銷售和房地產開發企業特定業務納稅調整明細表》（A105010）中，不能重復填報。
十三、非貨幣資產對外投資的填報
非貨幣資產對外投資，既在《視同銷售和房地產開發企業特定業務納稅調整明細表》（A105010）有，也在《企業重組納稅調整明細表》（A105100）。實際上，《企業重組納稅調整明細表》（A105100）中的以非貨幣性資產對外投資主要是填報《財政部、國家稅務總局關於中國（上海）自由貿易試驗區內企業以非貨幣性資產對外投資等資產重組行為有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅〔2013〕91號）的優惠。如果企業非貨幣資產對外投資享受特殊性稅務處理，則只要在《企業重組納稅調整明細表》（A105100）中填報。如果企業非貨幣資產對外投資，會計和稅法都確認收益，則兩張表都不填。如果會計不確認收益，但稅法確認收益，且不享受特殊性稅務處理，則只填在《視同銷售和房地產開發企業特定業務納稅調整明細表》（A105010）中。
十四、分期收款銷售填表問題
對於分期收款銷售，會計壹次確認收入，但稅法是分期確認收入的。因此，申報表在《未按權責發生制確認收入納稅調整明細表》（A105020）第5行中進行了調整。但是，和視同銷售壹樣，妳稅收上既要對分期銷售的收入在稅收和會計上的差異進行調整，也要對分期銷售的成本在稅收和會計上的差異進行調整。而現在的申報表只反映了對收入差異的調整，沒有反映對成本確認差異的調整。
這些只是初略看了申報表後看到的壹些事項，具體申報表填報中肯定還有各種問題出現。不過作為這麽壹個系統的工程，目前的表格在表內和表間結構的關系明晰度上，信息的有用性上都要遠遠強於前壹套申報表，通過實踐，新的企業所得稅申報表肯定會不斷完善，成為企業所得稅風險管理的重