(壹)新三板市場流動性問題
作為全國性的場內交易市場，新三板市場的流動性壹直不充分，大部分掛牌公司的股份轉讓甚至為零。大量上市公司前10名股東的股份占比100%，只有少數上市公司相對活躍。新三板市場最大的問題是市場的流動性。上市公司股份轉讓交易乏力，使得市場的價格發現和後續股份轉讓、融資等功能沒有得到有效凸顯。
(二)股份轉讓系統做市商制度
考慮到新三板市場的掛牌公司多為中小企業，股本小，交易有限，市場流動性差，因此在新三板市場的交易制度中引入了做市商制度。在壹年多運行的基礎上，做市商制度為新三板市場的流動性維護、價格發現和股份轉讓交易提供了制度支持，為新三板市場的發展提供了重要保障。但是，做市商制度的壹些問題也逐漸顯現出來。
壹個是自有資金。做市商占用自有資金進行做市服務，做市服務的供給能力受自有資金規模影響。這種機制要求做市商用自有資金和上市公司與投資者進行交易。做市商為了防範風險，保證收益，要求的折價率很大，對企業不利。同時，這種機制直接導致上市首日股份轉讓溢價高。
第二是差價的適當性。在新三板做市商制度中，做市商的利益來自兩個方面:壹是資本收益；第二是買入報價和賣出報價的區別。因為整個市場流動性差，做市商做市成本高，做市商的恰當選擇是降低買股成本，維持較大的價差。在價差和收益的約束下，做市商制度整體呈現流動性不足的格局，會形成自循環的流動性枯竭機制，這也使得價格發現功能難以完善。
第三是微觀結構。第壹，在新三板市場，做市轉讓掛牌公司比例仍然較低。截至2016年2月20日，新三板可做市轉讓的股票公司約占全部掛牌公司的24%；二是由於做市轉讓存在雙向交易，且做市轉讓的數量在大部分時間遠低於協議轉讓，做市轉讓在新三板股份轉讓中的主導地位並不突出；第三，上市公司傾向於協議轉讓。協議轉讓規模大，交易簡單，做市轉讓存在份額占用問題；第四，做市報價規則對做市系統也有技術上的影響。
最後，市場情況對做市商制度影響很大。如果新三板市場壹路向好，做市商最理性的選擇是持股，獲得資本收益，高於做市服務的收益。以2014四季度為例，資本利得是利差收入的130倍；2015壹季度，該比例仍高達78倍。如果新三板市場面臨調整或大幅下跌，做市商的理性選擇是負面報價或降低報價頻率。這也使得新三板做市機制的作用沒有得到充分發揮。
(三)新三板層級制
新三板分層制度設計和實施的主要目標是提高新三板市場的流動性。通過市場分層機制的構建，相當於建立壹種選擇機制，對不同發展階段具有不同風險特征的公司進行分類管理，實現制度的差異化安排。該政策的設計意圖是明確和正確的。而新三板的分層機制對於提高市場流動性、培育創新創業型成長型企業、發展多層次資本市場、解決中小企業等都非常重要。
企業融資難是否真的能起到主導作用，是壹個值得探討的問題。
在機制設計上，新三板層級機制是壹種自上而下的制度安排。最成熟的分層機制是納斯達克市場，但其分層機制是由自下而上的市場造成的。納斯達克市場於2006年設立了全球精選市場層，在過去20年的發展中，許多企業已經成為優秀企業，因此有必要采取差異化的安排來適應企業的變化。同時建立分層機制，吸引大型創新企業在納斯達克上市，與紐交所競爭。
從流動性改善的角度來看，分層機制能否改善整個市場的流動性還有待觀察。如果新三板市場存在巨大的供需錯配，交易定價機制不合理，市場融資和服務實體經濟的功能不突出，那麽創新層的掛牌公司就會慢慢受到市場制度性問題的影響，流動性會慢慢被侵蝕，而基礎層的掛牌公司甚至會慢慢滑入無人問津的谷底，成為“僵屍”掛牌公司。事實上，分層制度並沒有帶來市場流動性的增加，只是改變了市場流動性的結構。
從交易機制設計上，新三板分層後的創新層能否引入競價交易制度。如果繼續做市商制度，需要快速解決做市商制度的很多問題。如果要引入競價交易制度，那麽要求創新層的上市公司有很大的投資需求。這個巨大的投資需求應該從哪裏來？大多數機構投資者不會在新三板創新層配置資產。創業板在風險暴露的瞬間流動性相對較差，新三板創新層的整體流動性幾乎不比創業板好。大幅降低投資者適當性標準，對保護中小投資者權益是有害的，不是合適的政策選擇。為了適應創新層的發展，交易機制的設計仍然是壹大難題。
(四)新三板轉板機制
《關於全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》提出，在全國股份轉讓系統掛牌的公司，符合掛牌條件的，可以直接向證券交易所申請掛牌交易。2015 110證監會《關於進壹步推進全國中小企業股份轉讓系統發展的意見》強調，堅持新三板的獨立市場地位，新三板掛牌不是掛牌的過渡性安排。要建立多層次資本市場體系，推進向創業板轉板試點，探索與區域性股權市場對接機制。
轉板的可能性是很多新三板上市公司的壹大動力，尤其是在IPO暫停或IPO排隊嚴重的情況下，將新三板上市轉到創業板或中小板是很多上市公司的“迂回”策略。在轉板的“誘惑”下，新三板成為中小企業擁抱資本市場的熱點。
由於我國股票發行和上市是分開的，公開發行獲得證監會核準後，上市交易前需要獲得交易所的核準。壹般來說，大部分公司都在同步推進發行上市，平時並沒有感覺到發行上市分離。如果掛牌公司從新三板退市，然後在創業板發行上市，這算不算轉板？這本質上是企業公開發行上市的正常申報和審核。在市場預期中，轉板機制是新三板掛牌後，滿足壹定條件並通過交易所審核後，可以直接在深交所掛牌交易。目前，監管部門對轉板機制並不明確，只是籠統地說明要對股份轉讓系統掛牌公司轉板至創業板進行試點研究。
看來監管層和市場對轉板模糊的影響還沒有足夠的認識。事實上，新三板壹些資產規模、業務收入、股本都比較大的企業在新三板掛牌，希望進入新三板綠色通道，在新三板掛牌、進入創新層後，走出公開發行上市的快車道。然後，問題接踵而至。這麽多企業是壹起嘗試進入創業板，還是繼續走IPO流程？如果可以直接去創業板上市交易，那麽創業板的IPO審核程序就沒用了，新三板就成了創業板上市的中轉站。這將給創業板和新三板的市場定位、經濟功能和層級分化帶來更多不確定性。如果這種不確定性持續存在，將對市場供求的匹配、市場機制的發揮和市場功能的拓展極為不利。
(五)新三板投資者的適當性
在重新思考新三板的流動性時，投資者的適當性壹直是壹個重要的問題。也就是說，投資者及其資金的供給跟不上新三板掛牌公司的規模擴張，導致整個市場的供需不匹配，使得新三板的流動性較差。如果按照2015年末和2016年初的擴張速度，2016下半年新三板掛牌公司數量將超過1000家。屆時，市場供需錯配將更加突出，市場整體流動性將更差。