實驗室於1991通過國家驗收並正式對外開放，後於1999進入中國科學院知識創新項目。
2012之前，實驗室由中國科學院軟件研究所(以下簡稱“軟件所”)和中國科學院研究生院(現中國科學院大學，以下簡稱“國科大”)支持。國科大支持的部分叫中國科學院數據與通信保護研究教育中心，以下簡稱DCS中心，是信息安全國家重點實驗室的創始人。依托軟件學院的機構地址為北京市海澱區中關村南四街4號，依托國科大的機構地址為北京市石景山區玉泉路19A號。但是，在2012年，大部分實驗室實體搬進了信息學院。留院實體更名為可信計算與信息保障實驗室(TCA)，人員不再屬於信息安全國家重點實驗室；依托於中國科學技術大學的國家計算機網絡入侵防禦中心(NCNIPC)的工作人員，曾經屬於信息安全國家重點實驗室。但信息安全國家重點實驗室搬到信息工程辦公室後，這個中心並沒有搬到信息工程辦公室，所以其工作人員不再屬於信息安全國家重點實驗室。
歷屆領導會議主任、副主任:第壹屆1989-1994趙占生董、楊俊輝；第二屆1995-1997趙占生戴、景、楊俊輝1998-1999馮克勤。林4期2008-2012馮登國景、林、5期2013-2014-林(站立)、景、2014-林戴東胡磊、薛銳、徐震、高能。