1，醫保部門分為機關型、獨立運營型和中間型；
2.醫保中心分為生育保險部、業務管理部、稽核部、大保辦、醫療服務部、慢性病管理部、醫療管理部、基金征繳部、信息管理部、計劃財務部、綜合部。
第二，機構的性質不同
1.總的來說，醫保部門是壹項社會公益事業，而不是壹項商業經濟活動。因此，作為具體承辦這項業務的醫療保險機構，它是壹個非營利組織，與壹般的營利性商業保險公司不同，在我國也稱為事業單位。
2.醫保中心的單位性質是國家行政機關，隸屬於地方人力資源和社會保障局。
第三，各自的功能
1，醫療保險部門的職能
由於醫療保險是壹項專業性很強的活動，政府制定相關政策法規和規劃時，需要醫療保險機構參與。醫療保險機構根據第壹手資料，積極為政府制定醫療保險政策、法規和規劃提供合理的依據和建議，這也是保證醫療保險業務有效開展的前提。
2.醫療保險中心的職能
(1)協調本單位行政事務，保證工作有序運行。
(2)負責相關文件、總結、報告、領導講話等綜合性文稿的起草。
(3)負責公文的歸檔、保管和閱讀。
(4)負責溝通的簽署、策劃、傳達、督促和監督實施。
(5)負責信息的收集、整理、提交和反饋。
(六)負責全國人大和CPPCC建議的辦理和省政府督辦事項的落實。
(7)負責會議組織、日常接待及相關活動的聯絡與協調。
擴展數據:
機構分類
根據醫療保險機構獨立運作的程度，大致可分為三類:
1，政府機構類型
這類醫保機構的運作基本是按照政府計劃的規定，主要目標是保證政府計劃的實施，自主運作的空間不大，可以算是政府機構。
其成員類似於國家公務員，經營活動幾乎無風險，管理效果主要取決於行政級別。這種醫療保險機構在各國醫療保險機構中並不多見，只有加拿大等國才有。
2.獨立操作類型
這類醫療保險機構在運作上基本獨立，包括組織人事、財務安排、經營決策等。，但壹般都是按照政府關於醫療保險的法律法規辦事，接受國家有關部門的監督。
這類醫療保險機構在財務管理上自負盈虧，可能發展，也可能倒閉。商業保險公司辦理的醫療保險大多屬於這壹類。這種醫療保險機構並不常見，在美國、荷蘭等國都可以找到。
3.中間類型
世界上大多數國家的醫療保險機構都屬於這種類型。這類機構壹方面接受政府的統壹規劃安排，另壹方面擁有相對獨立的管理權，如在確定保險範圍、保險費率、經營方式等方面有壹定的自主權。
因此，這種類型的醫療保險制度既能保證醫療保險實施過程中的社會福利，又能通過保險機構間的競爭保持良好的效率和效益，是壹種較為合理的制度形式。
參考來源:百度百科-醫保機構