衛生部啟動的“國家電子健康系統工程”包括大型綜合醫院信息系統標準化、建立國家電子健康檔案和區域醫療信息平臺三項任務。“十二五”期間，國家將選擇部分省份投入試點，開展信息標準化和組織編制健康檔案標準，然後逐步在全國推行。
目前，我國醫療信息化仍處於臨床信息化建設階段。隨著公立醫院改革、國家聯系試點城市信息系統建設項目、縣醫院能力建設等多個試點項目的推進，包括PACS系統、RIS系統、手術麻醉信息系統、臨床路徑應用系統等在內的臨床信息化系統比例得到提升，為區域醫療信息系統建設提供了前提條件。
大型綜合醫院信息系統標準化建設將建立統壹接口，有利於建立全國電子健康檔案和區域醫療信息平臺，從技術層面推動區域醫療信息系統建設。
衛生部前期已經啟動了電子病歷標準，未來衛生部將逐步開展信息化標準化工作，組織編寫健康檔案標準。醫療信息系統的標準將逐步統壹，市場將逐步規範。醫療信息化標準的統壹，壹方面會提高行業準入門檻；另壹方面，幫助技術實力強的企業快速推廣標準化程度高的產品，提高市場占有率。