義烏海關為杭州海關隸屬正處級海關，負責義烏市的各項海關業務。內設科室7個：辦公室（法規室）、人事政工科、監管通關科、監控查驗科、知識產權科、稽查科、財務裝備科。另設機關服務中心。
（壹）辦公室（法規室）
起草和審核規章制度、綜合性文稿；負責文電、會務、機要、檔案等工作；承擔信息、宣傳、保密、政務公開、政務信息化、技術保障、工作督辦等工作；負責法制工作；負責對外聯系、內部協調工作。
（二）人事政工科
負責黨建、思想政治、廉政建設、準軍事化建設、文化建設工作；負責權限範圍內在編人員考核、任免、調配、獎懲、檔案管理、出國（境）審批工作；承擔在編人員教育培訓、工資福利、關銜、社會保險、療養、人事信訪等工作；聯系協調內外部審計工作；承擔離退休人員服務管理、非在編人員職能管理和報關員資格考試組織工作。
（三）監管通關科
牽頭推動綜合治稅；負責進出境貨物、物品通關接單、稅費征收、審價歸類、原產地管理等工作；負責減免稅貨物審批、海關統計、加工貿易備案、核銷等工作；負責報關單證的整理、登記、存檔。
（四）監控查驗科
負責進出境運輸工具、進出境人員、貨物、物品、監管場所的海關監管工作；承擔轉關運輸企業、運輸工具和貨物的審批監管工作；負責武警部隊參與海關監管任務的協調工作。
（五）知識產權科
負責知識產權海關保護，承擔知識產權案件查處、與地方政府知識產權職能部門聯系配合、與知識產權權利人合作等工作。
（六）稽查科
負責企業稽查及審核、減免稅核查、保稅中後期核查、非貿物品後續核查和單位核查工作；負責貿易調查、市場調查；負責風險管理、企業管理和報關員管理工作。
（七）財務裝備科
管理經費收支、稅費繳交、財務會計、基本建設、政府采購和罰沒財物；負責海關稅費資金和罰沒收入的收繳入庫；負責編制、管理預決算；管理裝備設備、實物資產。