1.當納稅人向稅務機關提交抵扣情況進行認證時，系統會自動將認證後的抵扣數據與失控發票數據進行比對。如果屬於失控發票，系統會提示認證結果為“認證中失控發票”。認證崗人員應立即扣留紙質發票，並於當日將紙質發票復印件和認證結果通知書送交檢驗部門。“認證時失控發票”產生的電子信息通過軟盤交由稽查部門處理。
納稅人使用增值稅專用發票抵扣信息企業端采集系統通過網絡進行抵扣認證(以下簡稱“網上認證”)時，認證結果出具後，系統會自動將認證的抵扣數據與失控的發票數據進行比對。如果屬於失控發票，系統會將認證結果記錄為“認證時失控發票”。認證崗人員應通知納稅人在2個工作日內向稅務機關提交抵扣聯原件，並在扣留紙質發票當日將紙質發票復印件和認證結果通知書轉交稽查部門。“認證時失控發票”產生的電子信息通過軟盤交由稽查部門處理。
2.通過自動將新增和註銷的失控發票數據與之前已認證的抵扣數據進行比對，發現該抵扣屬於失控發票，系統將認證結果記錄為“已認證失控發票”。認證崗人員應在2個工作日內通知納稅人向稅務機關提交抵扣聯原件，並在扣留紙質發票、追繳已抵扣稅款的次日，將紙質發票復印件和認證結果通知書移交稽查部門。“認證失控發票”產生的電子信息通過軟盤交由稽查部門處理。