我院依托中國棉花學會、國家棉花改良中心、轉基因棉花國家試點廠、農業部棉花遺傳改良重點開放實驗室、農業部棉花質量監督檢驗測試中心、農業部轉基因植物環境安全監督檢驗測試中心(安陽)，成為國家棉花科技原始創新中心， 為組織國家棉花科技創新搭建了技術平臺，為棉花質量全程監控和生產綜合監管提供了技術支撐。
為加快科技成果轉化，提高棉農植棉效益，在全國主要產棉區建立了8家合資棉種公司，通過股份制經營、特種育種、聯合產銷、許可等模式推廣優質棉種，發展成為中國棉種產業科技有限公司，努力成為具有國際影響力和競爭實力的大型公司。
我所高度重視文明建設，經過幾代人的艱苦努力，形成了具有現代意識的“艱苦奮鬥、敬業奉獻、勤於實踐、勇於創新”的科研精神，“無限放大妳的優勢”的人本科研文化，“思維決定出路、頭腦決定規模、凝聚力決定發展、觀念決定成就”的工作理念。1988
自年起被河南省委、河南省人民政府命名為文明單位，多次獲得中國農業科學院文明單位、文明單位標兵等榮譽稱號。
我院中長期戰略發展目標是:棉花應用研究達到國際領先水平，基礎研究進入國際先進水平，產業發展參與國際競爭。辦公室
黨辦人事處
科技管理辦公室
計劃財務部品種資源實驗室
生物技術實驗室
遺傳育種實驗室
耕作和栽培實驗室
植物保護實驗室
小麥和玉米實驗室
信息數據實驗室
農業部測試中心
國家區域試驗站
公* * *種業科技有限公司實驗室
新疆阿克蘇鐘勉種業有限公司
新疆石河子鐘勉種業有限公司
新疆庫爾勒鐘勉種業有限公司
新疆喀什鐘勉種業有限公司
安徽鐘勉種業長江有限公司
安陽九彩羅彩棉有限責任公司國家棉花改良中心
國家棉花新品種技術研究推廣中心
中國棉花學會
農業部棉花質量監督檢驗測試中心
農業部棉花遺傳改良重點開放實驗室
中國農業科學院韓作南繁中心