根據上述職責，市發展改革委設26個內設機構。
(壹)辦公室。
負責機關政務工作；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、信訪、議案、建議、提案、保密、接待聯絡、電子政務、安全保衛、後勤保障、機關財務和資產管理等工作；承擔重要事項的組織和督查工作；管理機關行政受理窗口。
(二)研究室(信息處)。
組織研究本市國民經濟和社會發展的重大問題，提出相關政策建議；負責起草重要文稿；組織協調機關調查研究工作；負責機關政府信息公開工作，依法協調受理公民、法人或其他組織提出獲取本機關政府信息的申請；負責機關新聞發布和信息引導工作；指導機關網站的管理和維護工作。
(三)法規處。
負責機關推進依法行政綜合工作；組織起草國民經濟和社會發展、經濟體制改革方面的地方性法規草案、政府規章草案；負責行政執法工作的監督、指導和協調；承擔行政復議、應訴的有關工作；承擔機關行政規範性文件的合法性審核和有關備案工作；按規定指導和協調全市招標投標工作。
(四)發展規劃處。
研究提出本市國民經濟和社會發展戰略、規劃生產力布局的建議；提出國民經濟和社會中長期發展、綜合平衡的目標和政策措施；組織擬訂國民經濟和社會發展中長期規劃、主體功能區規劃，並對規劃實施情況進行監測與評估；統籌協調經濟社會發展專項規劃和區縣發展規劃。
(五)國民經濟綜合處。
組織擬訂本市國民經濟和社會發展年度計劃；監測分析宏觀經濟形勢和國內外經濟發展變化，組織開展國民經濟和社會發展的預測預警；研究總量平衡，提出宏觀調控目標及政策措施；落實國家經濟安全戰略和政策；研究擬訂重大信息化建設項目政府投資規劃和年度計劃。
(六)經濟體制綜合改革處。
研究本市經濟體制改革的重大問題，並提出政策建議；組織擬訂綜合性經濟體制改革方案，指導推進改革工作；協調有關專項經濟體制改革，指導和協調經濟體制改革試點工作，組織評估驗收和總結推廣試點經驗。
(七)固定資產投資處。
監測分析本市全社會固定資產投資狀況，擬訂固定資產投資中長期規劃和年度調控計劃，擬訂重大項目中長期規劃、重點建設項目和政府投資年度計劃；會同有關部門擬訂本市房地產開發中長期規劃和年度計劃，研究房地產開發中的重大問題，提出調控目標和政策措施；參與擬訂土地利用中長期規劃與年度計劃，參與編制下達土地供應和土地收購儲備年度實施計劃；提出深化投資體制改革和修訂投資核準目錄的建議；統籌安排財政性建設資金，按規定權限審核和上報投資建設項目；管理城市基礎設施建設費的征收工作，協調地價款的收繳工作；指導工程咨詢業發展。
(八)產業發展處。
綜合分析本市產業發展情況，研究提出產業發展戰略，組織擬訂並協調實施產業結構調整戰略及高端產業功能區、產業集聚區和重大產業基地的戰略、規劃和重大政策；組織提出並公布政府鼓勵、限制和淘汰的生產能力、工藝和產品的指導目錄；會同有關方面研究擬訂促進服務業發展的政策措施並組織實施；研究擬訂服務業發展規劃與空間布局規劃，並統籌其與國民經濟和社會發展規劃的銜接平衡；統籌協調高端產業功能區和文化創意產業集聚區發展。
(九)利用外資和境外投資處。
綜合分析本市利用外資和境外投資的情況，研究提出利用外資和境外投資的發展戰略、規劃，組織擬訂有關政策措施；負責外商投資項目、利用國外貸款項目、境外投資項目的審核和上報工作；會同有關部門承擔外國投資者並購本市境內企業有關安全審查意見的上報工作；承擔利用國際金融組織、外國政府貸款項目和國際商業貸款項目的日常管理與協調工作。
(十)區域合作處。
貫徹國家區域發展戰略、規劃，研究提出本市與周邊省市的區域合作戰略、規劃及相關政策建議，並組織實施；協調解決區域合作中的有關問題；統籌協調對口支援和幫扶工作；按權限負責外省市政府有關駐京辦事機構的管理、服務和協調工作。
(十壹)區縣經濟處。
研究本市城鄉統籌和區域協調發展等重大問題；擬訂功能區域發展戰略和政策措施；研究提出推進城鄉壹體化發展戰略和政策建議；協調農業和農村經濟社會發展重大問題；統籌協調郊區生態環境、水務、農業、氣象及鄉鎮基礎設施等方面的發展規劃和政策，研究提出相關重大項目布局；推進區縣合作相關工作。
(十二)基礎設施處。
研究提出本市基礎設施發展戰略和中長期發展規劃，組織擬訂有關政策；統籌交通、水務、園林綠化等行業發展規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；研究提出基礎設施重大項目布局；綜合分析基礎設施建設發展情況，協調有關重大問題；組織推進基礎設施投融資體制改革；協調民航、鐵路等國家在京基礎設施項目投資工作。
(十三)高技術產業處。
研究擬訂本市高技術產業發展戰略和中長期發展規劃；統籌工業、信息化、高技術產業發展規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；綜合分析工業、高技術產業發展和高技術改造傳統產業的重大問題，組織擬訂綜合性產業政策，研究提出綜合性政策建議；按權限審核和上報工業重大建設項目、外商投資重大項目，參與審核境外投資重大項目；負責安排高技術示範工程和高技術產業化項目。
(十四)資源節約和環境保護處。
綜合分析本市經濟社會與資源、環境協調發展的重大問題，推進實施可持續發展戰略；負責節能減排和應對氣候變化的綜合協調工作；研究擬訂發展循環經濟、資源節約和綜合利用、應對氣候變化的規劃及政策措施並協調實施；參與擬訂環境保護和生態建設規劃；組織實施節能降耗、資源綜合利用和清潔生產促進有關工作，參與研究整治重點汙染源、汙染地區的方案；研究提出固體廢棄物處理及綜合利用重大項目布局和政策建議；組織協調重大節能減排示範工程和新產品、新技術、新設備的推廣應用；負責節能考核和節能監察工作。
(十五)社會發展處。
研究提出本市社會發展戰略和中長期發展規劃；監測和分析社會發展形勢，組織擬訂有關政策措施；統籌協調人口和計劃生育、科學技術、教育、文化、衛生、體育、民政等發展規劃、計劃與國民經濟發展規劃、計劃的銜接平衡；協調社會事業發展和改革的重大問題；綜合分析就業與人力資源、收入分配和社會保障的情況，研究提出促進就業、調整收入分配、完善社會保障與經濟協調發展的戰略和政策建議。
(十六)經濟貿易處。
監測分析本市市場及對外貿易情況，研究提出擴大消費和促進對外貿易發展的政策措施；組織編制重要商品市場建設規劃；承擔重要商品的市場平衡和調節相關工作，指導、監督重要商品的政府訂貨、儲備、輪換和投放；會同有關部門擬訂現代物流業發展戰略和規劃，擬訂政策措施並組織實施；協調流通體制改革的重大問題；按照規定權限負責重要農產品、工業品和原材料進出口需求平衡，協調落實糧食、棉花進出口計劃。
(十七)財政金融處。
研究本市社會資金供求的重大問題；綜合分析國家財政、金融政策在本市的執行情況及有關重大問題；會同有關方面研究政府重大項目融資方案；負責安排金融功能區固定資產投資；負責非上市企業發行企業(公司)債券的組織推進和審核；參與創業投資基金和股權(產業)投資基金的相關政策研究；參與推動要素市場體系的建設和發展。
(十八)價格綜合處。
監測分析本市價格總水平變動情況，研究提出價格總水平的調控目標和政策建議；組織監測分析重要生活必需品價格形勢，提出調控建議；組織協調價格監測、價格認證、成本調查和價格制度建設等工作，協調依法查處價格違法行為和價格壟斷行為等工作。
(十九)價格管理處。
監測分析市場價格變化情況和本市政府定價商品價格政策執行情況，提出價格調控政策建議；擬訂、調整市政府管理的商品價格並組織實施；按照國家統壹安排，組織實施電、成品油等重要商品價格調整。
(二十)收費管理處。
監測分析市場價格變化情況和本市政府定價收費政策執行情況，提出價格調控政策建議；擬訂、調整市政府管理的收費標準和房地產價格並組織實施；按照國家統壹安排，組織實施電信資費等收費標準的調整。
(二十壹)能源發展處。
綜合研究本市能源開發利用情況，擬訂能源發展戰略和目標；研究擬訂能源基礎設施發展規劃、年度計劃及政策措施，並組織實施；研究提出重大能源項目布局；銜接能源總量平衡；負責電源點、新能源和可再生能源的行業管理。
(二十二)煤炭管理處(北京市煤炭管理辦公室)。
負責本市煤炭行業管理；監測煤炭行業運行態勢，組織擬訂煤炭行業發展規劃、行業規範和技術標準；負責煤炭生產、經營許可及市場監管；協調解決煤炭行業的有關重大問題；負責安排煤炭基礎設施建設項目，分析項目建設情況並協調解決有關問題；依法對煤炭生產、經營方面違法行為進行處理，並承擔相應的監督管理責任。
(二十三)電力管理處(北京市電力管理辦公室)。
組織擬訂本市電力行業發展規劃、行業規範和技術標準；研究提出電力需求側管理等方面的政策措施並組織實施；負責電力行業管理和監督工作；協調解決電力行業的有關重大問題；安排電力基礎設施建設項目；依法對電力行業的規範、技術標準及已批準的行政許可事項承擔相應的監督管理責任；承擔電力建設協調的有關工作；承擔北京市電力事故應急指揮部辦公室工作。
(二十四)經濟運行綜合處。
統籌本市能源經濟運行工作，負責擬訂年度能源運行調控方案；協調解決能源經濟運行相關重大問題；負責煤炭、成品油的資源總量平衡，擬訂煤炭儲備基地規劃並組織實施；綜合分析煤電油氣運供需情況，研究提出運行調節的措施及建議。
(二十五)經濟運行監測處。
負責監測分析本市能源經濟運行態勢，組織建立能源綜合信息監測體系；負責提出能源經濟預警措施及建議。
(二十六)人事處。
負責機關及所屬單位的人事、機構編制、隊伍建設、教育培訓等工作。
機關黨委 負責機關及所屬單位的黨群工作。
工會 負責機關及所屬單位的工會工作。
離退休幹部處 負責機關及所屬單位離退休人員的管理與服務工作。
紀檢、監察機構按有關規定派駐。