在市應急委、市交通安全應急指揮部的統壹領導下，負責全市軌道交通運營的應急處置工作。
市交通安全應急指揮部由總指揮、副總指揮和成員單位組成。總指揮由市政府分管副市長擔任，負責城市軌道交通運營應急指揮工作的領導，對城市軌道交通運營應急工作實施統壹指揮。副總指揮由市政府分管副秘書長和市交通委主任分別擔任，協助總指揮做好全市軌道交通運營應急工作。市政府分管副秘書長主要負責協調各成員單位應急響應和督促檢查責任制的落實。市交通委主任主要負責交通行業各單位的應急響應、責任制落實和交通安全應急指揮部辦公室的工作。
市交通安全應急指揮部應對軌道交通運營突發事件的職責包括:
(1)研究制定本市應對軌道交通運營突發事件的政策措施和指導意見；
(二)負責指導本市軌道交通運營事件的具體應對工作；
(三)分析總結本市軌道交通運營事件應對工作，制定工作計劃和年度工作計劃；
(4)負責應急指揮部所屬專業應急救援隊伍的建設和管理；
(5)承辦市應急委交辦的其他工作。
2.2辦公室和職責
2.2.1市交通安全辦公室應對軌道交通運營突發事件應急指揮部職責
市交通安全應急指揮部下設辦公室，作為常設辦事機構，辦公室主任由市交通委主任擔任。根據市交通安全應急指揮部的決定，市交通安全應急指揮部辦公室負責組織、協調、指導和檢查本市軌道交通運營突發事件的預防和應對工作。主要職責包括:
(1)組織實施交通安全應急指揮部決策，協調動員成員單位處置軌道交通運營相關突發事件；
(二)組織制定和修訂城市軌道交通運營突發事件專項應急預案和部門應急預案，指導城市軌道交通指揮中心和軌道交通運營企業制定和修訂相關處置應急預案；
(3)負責發布藍色、黃色預警信息，向市應急辦提出發布橙色、紅色預警信息的建議；
(四)負責本市應對軌道交通運營突發事件的宣傳、教育和培訓工作；
(5)負責收集、分析相關工作信息，及時上報重要信息；
(六)負責組織城市軌道交通運營突發事件的應急演練；
(七)負責本市軌道交通運營突發事件隱患排查和相關應急資源管理；
(八)負責本市軌道交通運營應急指揮技術系統的建設和管理；
(9)負責交通安全應急指揮部專家咨詢組的聯絡工作；
(10)承擔市交通安全應急指揮部的日常工作。
2.2.2市軌道交通指揮中心的職責
在市交通安全辦公室應急指揮部的協調和指導下，負責本市軌道交通運營突發事件的具體處置工作。
(1)組織制定和修訂軌道交通運營突發事件處置應急預案，審核軌道交通運營企業突發事件處置應急預案；
(二)負責協調、指導軌道交通運營企業實施軌道交通運營突發事件的應急處理；
(3)負責及時向市交通安全應急指揮部辦公室提交應急信息，根據現場情況提出軌道交通停運、搶險加固等應急處理建議；
(4)參與並配合軌道交通運營突發事件的總結、調查和評估；
(5)承辦市交通安全應急指揮部辦公室交辦的其他工作。
2.3成員單位及職責
(1)市委宣傳部:按照《北京市突發公共事件新聞發布應急預案》的有關規定，負責組織指導市級新聞單位宣傳報道軌道交通運營突發事件，組織協調軌道交通運營突發事件及其處置的新聞發布，組織市級新聞單位宣傳應對軌道交通運營突發事件的安全知識，加強互聯網信息管理。
(2)國臺辦:負責組織有關部門妥善安排涉及臺灣同胞的緊急疏散工作，向臺灣省有關機構通報本市軌道交通運營突發事件的相關信息。
(3)市發改委:負責監督電力企業開展的搶險搶修工作，做好軌道交通運營突發事件相關電力應急處置的綜合協調工作。
(4)市公安局:軌道交通發生運營事故或自然災害時，負責維護現場公共秩序，預防、制止、查處違法犯罪行為，協助人員疏散。負責事後協助有關部門調查事故原因，追究相關責任人。
(5)民政局:負責協助區縣政府、市交通委做好軌道交通突發事件受威脅群眾的轉移安置工作。負責救災資金的撥付和發放等社會救助工作，妥善安排受災群眾的基本生活。負責協調外事部門妥善安置外國駐華外交官和其他來京外籍人員，以及在京港澳臺同胞、華僑和海外遊客的轉移安置工作。配合市交通委做好軌道交通運營突發事件的統計工作，開展相關救災。
(6)市財政局:負責審批和安排軌道交通設施應急救援、善後處理和改造所需資金。
(7)市建委:負責成立交通突發事件應急救援隊，組織指揮軌道交通運營應急救援工作。負責組織軌道交通運營突發事件中施工事故的原因分析、責任調查和處理。
(8)市政管委:負責在軌道交通運營突發事件中，組織指揮專業隊伍搶險供氣、供熱等市政管線設施。
(9)市交通委:負責交通行業各單位應急組織協調。負責監督落實應對軌道交通運營中突發事件的各項措施。參與軌道交通運營突發事件的調查和評估。
(10)市水務局:負責軌道交通運營突發事件中組織指揮專業隊伍搶險給排水設施。
(11)市商務局:負責軌道交通運營突發事件中生活用品的調配和供應。建立政府儲備，制定生活必需品應急供應計劃。
(12)市衛生局:負責組織指揮北京急救中心(120)等醫療救援隊伍對軌道交通運營突發事件中的患者和傷亡人員進行救治和處理。負責軌道交通運營突發事件現場食品和飲用水水源安全的檢查和監測。
(13)市安監局:負責組織指揮專業救援隊伍救援軌道交通運營突發事件中的危險化學品泄漏事故。負責組織安全生產專家組，對涉及危險化學品的軌道交通運營突發事件提出相應的處置意見。負責參與軌道交通運營中屬於安全生產性質的突發事件的調查和處理。
(14)市政府外事辦公室:負責在軌道交通運營發生突發事件時，組織相關部門妥善安排外國駐華外交官、在京港澳人員、華僑及其他來京外籍人員的緊急疏散。負責組織相關部門向港澳相關機構或相關國家和國際組織通報本市軌道交通運營突發事件。
(15)民防局:負責因人防工程事故引發的軌道交通運營突發事件的處置、指揮、搶修和排險。
(16)市信息辦:根據相關應急預案，負責組織軌道交通運營突發事件的專網通信保障。
(17)市公安局公安交通管理局:負責組織指揮軌道交通運營突發事件現場區域及周邊道路的交通管制、交通疏導和交通疏導信息發布，保障現場交通秩序，確保應急通道暢通。
(18)市公安局消防局:負責組織指揮軌道交通運營突發事件的滅火、應急救援、防化洗消等工作。負責組織制定和完善北京軌道交通應急滅火救援預案。負責配合相關部門成立軌道交通運營突發事件應急救援小組。
(19)北京警備區:負責調集下屬部隊趕赴軌道交通運營突發事件現場，協助地方開展核生化事件應急救援、現場控制、警戒等任務。
(20)武警北京總隊:負責組織動員武警部隊趕赴軌道交通運營突發事件現場開展救援和現場警戒等任務。
(21)市通信局:負責組織軌道交通運營突發事件中電信系統通信的應急恢復。
(22)市氣象局:負責提供氣象信息服務，監測天氣變化，及時提供天氣預報和降水降雪，做好災害性天氣預報。
(23)北京市電力公司:負責組織軌道交通運營突發事件中電力設施的應急救援，為應急救援提供電力保障。
(24)相關區縣政府:負責配合市交通安全應急指揮部辦公室參與軌道交通運營應急救援工作。負責協助做好人員疏散安置、後勤保障等相關工作。
2.4現場指揮和職責
根據軌道交通運營應急處置的需要，應急指揮部市交通安全辦應當組織相關成員單位成立現場指揮部。現場指揮部可由指揮處置組、社會控制組、後勤保障組、醫療救援組、新聞發布組和專家工作組組成。承擔現場救援任務，負責做好事發區域的治安維護、交通保障、人員疏散、群眾安置和後勤保障工作。