負責財務管理；行政秘書工作；人事管理；黨務、紀檢監察工作和其他交辦事項。
成員部門
負責發展會員；分支機構和代表機構的設立和管理；與相關專業服務機構合作；組織召開會員大會、理事會和常務理事會；組織和舉行區域專題會員會議；促進會員之間的交流與合作，為會員組織和提供日常服務。
市場部
聯絡國內外金融和中小企業組織，搭建中小企業投融資、海外擴張、上市、法律和金融服務平臺，促進中小企業有序發展。
工業發展部
負責提出行業改革發展規劃，制定規章制度；制定相關行業標準，組織相關評估；參與產業損害和反傾銷調查；組織行業交流，主辦和承辦各類展覽和研討會；協調中小企業融資擔保服務；編輯出版《中國中小商業企業》。
培訓部
制定培訓計劃，組織行業和中小企業培訓，開展行業職業教育和對外培訓交流。
信息部
負責協會網站的建設和管理，為行業信息化提供建設和指導，幫助會員建立信息系統。負責行業統計；行業信息的收集和發布。
公共關系部
負責協會的對外溝通與聯絡，建立合作關系，組織對外交流與合作等活動；協助會員招商引資，開拓國際市場；協助會員辦理出入境手續。
信貸工作委員會
負責協會企業信用等級評定，制定企業信用評定標準；組織實施商務部企業信用評價和管理工作；引導建立行業和企業信用體系。
評價體系的構建；收集和發布企業信用信息。
研究部門
負責行業重大問題的提出、調查和完成；向國家有關部門提交項目申請；組織專家開
會展業研究、策劃和咨詢服務。
糖酒行業管理辦公室
國際進口促進辦公室
商業計劃辦公室