（壹）新疆棉在規定的監管庫存儲期限（壹年）內，海關對其按照壹般貿易出口貨物已運入海關監管區和向海關申報出口，但尚未運輸出境的貨物認定，按照海關對出口監管倉庫的管理辦法進行監管。
（二）新疆棉超過前項規定的監管庫存儲期限，海關對其按照已運抵口岸的壹般貿易進口貨物認定，按照海關對進口貨物在海關放行前的管理辦法進行監管。
（三）新疆棉進口出庫轉入加工出口成品的，海關對其按照進料加工貿易的進口料件認定，並按照海關對加工貿易保稅貨物的管理辦法進行監管。
（四）新疆棉進口出庫後再直接出口的，在運輸出境之前，海關對其按照轉口貿易的進境貨物認定，並按照海關對轉口貨物的管理辦法進行監管。第三條 除海關另有規定外：
新疆棉公司辦理新疆棉出口入庫海關手續時，應遵守海關法規對出口貨物發貨人的各項管理規定；辦理新疆棉進口出庫轉直接出口海關手續時，應遵守海關法規對進口貨物收貨人和轉口貨物經營人的各項管理規定。
監管庫（包括新疆棉公司自行經營的監管庫，下同）經營人應遵守《海關法》第二十六條的規定和海關法規對出口監管倉庫經營人的各項管理規定。
新疆棉加工出口企業應遵守海關法規對進口加工貿易經營單位和加工企業的各項管理規定。
新疆棉出口企業（包括新疆棉公司經過監管庫的自行出口，下同）辦理新疆棉出庫後轉直接出口海關手續時，應遵守海關法規對出口貨物發貨人和轉口貨物經營人的各項管理規定。第四條 新疆棉公司或其代理人，在辦理新疆棉出口入庫、進口出庫手續時，有關事項申報不真實的，由海關依據《海關法行政處罰實施細則》第十壹條第（五）項的規定處罰；以偽報、瞞報或者其他手法逃避海關監管的，依據《海關法行政處罰實施細則》第三條第（二）項、第五條的規定處罰。構成犯罪的，依法追究刑事責任。
上述行為涉嫌騙取出口退稅的，作出處罰的海關還應當將有關材料移送新疆棉公司所在地的稅務機關。第五條 監管庫儲存的新疆棉超過規定期限未辦結進口出庫轉加工出口成品手續的，或者未辦結進口出庫轉直接出口手續的，由海關依據《海關法行政處罰實施細則》第十條的規定，對新疆棉公司按無證到貨予以沒收庫存新疆棉的處理。第六條 新疆棉出口企業（包括新疆棉公司）向海關辦理進口出庫新疆棉的直接出口的報關手續時，以偽報、瞞報或者其他手法逃避海關監管的，或者實施其他違反海關監管規定行為的，依照《海關法行政處罰實施細則》的有關規定處理。第七條 未經海關許可並補繳關稅，監管庫經營人擅自出售庫存以出頂進項下新疆棉的，依據《海關法行政處罰實施細則》第三條第（四）項、第五條的規定處罰。構成犯罪的，依法追究刑事責任。
未經海關批準，監管庫經營人擅自將監管庫所存新疆棉轉讓、抵押、交付、發運、調換的，依據《海關法行政處罰實施細則》第十壹條第（二）項的規定處罰。
監管庫在儲存新疆棉期間，有關記錄不真實或者數量短少不能提供正當理由的，對監管庫經營人依據《海關法行政處罰實施細則》第十壹條第（三）項規定處罰。
監管庫經營人不按照海關規定辦理收存、交付、核銷手續的，依據《海關法行政處罰實施細則》第十三條第（六）項的規定處罰。第八條 新疆棉加工出口企業在辦理進口出庫海關手續時，以偽報、瞞報或者其他手法逃避海關監管的，依據《海關法行政處罰實施細則》第三條第（二）項、第五條的規定處罰。構成犯罪的，依法追究刑事責任。
未經海關許可並補繳關稅，新疆棉加工出口企業擅自出售以出頂進項下新疆棉、及其中間產品（半成品）、成品的，依據《海關法行政處罰實施細則》第三條第（四）項、第五條的規定處罰。構成犯罪的，依法追究刑事責任。