第十五條省級財政部門和中小企業主管部門應當根據本辦法和年度工作通知，研究提出本地區年度實施方案，包括支持重點、支持計劃、資金需求等。中小企業和改善服務環境資金規模不低於申請額的80%，並於每年2月底前上報財政部和工業和信息化部。
第十六條工業和信息化部會同財政部對各省報送的實施方案進行審核，綜合考慮各地區實施方案、經濟社會發展指標、地區特點、往年工作等因素，研究提出專項資金項目年度實施計劃。
第十七條財政部根據項目預算規模和年度實施計劃，確定資金分配方案，並及時向省級財政部門下達預算目標。
第十八條省級中小企業主管部門會同財政部門按照本辦法和年度工作通知等要求，在本地區範圍內公開組織項目申請，並納入專項資金項目管理系統進行管理。
省級中小企業主管部門應當會同財政部門在項目組織申報文件中公布廉政信息反饋電話和電子郵箱，全面接受社會監督。
第十九條省級中小企業主管部門應當會同財政部門聘請具有相關專家資源的資產評估、中小企業服務等專業機構對申請項目進行評審，並出具具有法律約束力的評審意見。項目評審費在專項資金中列支，按不超過各地區下達專項資金額的0.5%控制。
第二十條省級中小企業主管部門根據評審意見，提出項目和資金支持計劃，包括支持名稱、內容、方式和額度、企業規模等。，經省級財政部門審核同意後向社會公示，接受監督。公示期不得少於7個工作日。
第二十壹條公示期結束後，省級財政部門和中小企業主管部門將本地區專項資金工作情況、無異議項目及資金支持方案報財政部和工業和信息化部備案。備案後，省級財政部門將按照預算管理的有關規定，在1個月內將資金撥付給項目單位。
第二十二條工業和信息化部、財政部發現申報材料存在問題的，應當及時通知相關省級中小企業主管部門和財政部門進行調整，必要時收回已撥付資金，並納入下壹年度專項資金分配扣減因素。
第二十三條項目單位收到專項資金後，應在10日內，向省級財政部門書面反饋資金到位的時間、金額和賬務處理情況。