經過20多年的發展，內部審計在促進我國經濟發展方面發揮了巨大的作用。然而，目前由於企業規模等因素的限制，中小企業的內部審計遠遠不能滿足其業務發展的需要。作為內部控制體系的壹部分，內部審計仍然存在以下問題:
(壹)內部審計的地位不被重視
1，企業管理層對內部審計的弱視
中小企業會產生錯覺，以為只有大企業才會需要內審部門。事實上，這充分暴露了企業對內部審計的認識不夠，重視不夠。內部審計作為內部控制體系不可或缺的壹部分，對企業的業務流程和管理流程進行監督和評價，對可能存在的經營風險進行揭示和預警。無論是大企業還是小企業，都有必要設立內部審計部門。並且為了保持審計的客觀性，無論是兼職還是專職審計人員都必須擁有足夠的權利來保證其獨立性和客觀性，從而保證內部審計的公正性並樹立其權威性，否則內部審計就無法順利開展。
2、企業內部審計文化的缺失
目前各企業中仍有不少人對審計工作不了解，認為企業領導“壹言堂”，輕視內審的作用，對審計有抵觸情緒，甚至不配合，認為內審可有可無。這與落後的企業管理制度有很大關系。有些人對內部審計感到恐懼和懷疑。
在這樣的企業文化氛圍下，內部審計的發展必然受到限制。
(二)內部審計制度不完善
雖然近年來許多民營企業在形式上建立了內部審計機構，但內部審計制度不健全，在實際工作中不徹底，缺乏實質性的內部審計監督。它只是例行地進行壹些事後的財務收支審計，資金是否安全完整，檢查和揭露欺詐行為，財產檢查。
1.審計機構設置不合理，隸屬關系不明確，缺乏具體業務信息。大型集團企業內部審計機構設置合理。他們隸屬於董事會審計委員會，直接向董事會負責。其他部門無權幹涉，獨立性強。另壹方面，中小企業的內部審計機構表面上也對董事會負責，但實質上受管理者等部門的制約和影響，獨立性太差。甚至有些企業的財務部門負責人還兼任內審部門的領導，他們的監督體系形同虛設。導致隸屬關系不清，監管不力。同時，審計部門另辟蹊徑與各部門溝通，等到審計結束後再與相關部門臨時交換信息。
2、功能也被嚴重削弱，不能正確評價財務會計信息和各級管理部門的績效。目前，中小企業內部審計監督還沒有真正履行其應有的職能，審計範圍沒有擴展到經營管理的各個方面。企業的審計部門基本與其他職能部門平行，由管理者領導，與最高領導層仍有差距，無法保證內部審計的獨立性和權威性。內部審計的職能還停留在發現錯誤和防止舞弊上，在企業中扮演警察的角色，而沒有真正參與對企業資源利用的經濟性和有效性的分析、評價和預測決策活動。
(三)缺乏專業人才，限制了審計工作。
根據國際內部審計師協會內部審計準則聲明，內部審計師應具備財務、會計、企業管理、統計、計算機、概率、線性規劃、審計、工程和法律方面的知識，以保證執業質量。目前我國企業內部審計人員素質較低，有的只具備壹定的知識，更有甚者對審計業務壹竅不通，難以深入發現問題。
(四)落後的內部審計監督理念
國際內部審計師協會董事會於2002年6月5438日至10月65438日實施的《內部審計專業實務守則》稱:“內部審計是壹項獨立、客觀的保證和咨詢活動。其目的是增加價值和改善組織的運作。它通過系統和標準化的方法評估和改進風險管理、控制和治理流程的效果，並幫助組織實現其目標。”由此可見，現代內部審計的職責不再局限於檢查和糾正錯誤，更重要的是提供壹種保障和咨詢活動，以便增加價值，改善管理，實現組織目標和服務。它是壹項服務性工作，功能廣泛，建設性強。由於上述中小企業的業務範圍和管理的限制，內部審計部門仍然停留在較低的水平，缺乏管理審計和風險審計，更不用說壹些重要的問題，如管理制度、政策法規、社會環境、監督制度等等。