完善公路交通網絡。壹是加快完善高速公路網絡，優先建設、重點安排國家高速公路網項目和高速公路對外通道項目，積極推進地方聯網高速公路建設，進壹步增強省際、區域和縣際間通道運輸能力。續建奉節至巫溪高速公路等項目16個、約739公裏；新開工巫溪至鎮坪高速公路等17個項目、約975公裏。開展三環以內射線高速公路適應性研究，開展原“三環十射三聯”高速公路剩余路段以及高速公路網規劃修編新增線路的前期工作，積極支持具備條件的項目加快開工建設。“十二五”力爭新建成高速公路1000公裏，高速公路通車裏程達到3000公裏，省際出口通道達到20個，基本覆蓋全市區縣（自治縣），實現“4小時重慶、8小時周邊”。二是加大普通國省幹線改造力度。按照國道基本達到二級、省道基本達到三級的標準，改造升級普通國省幹線公路1000公裏，力爭實現普通國省道二級及以上公路比重達到70%，實施5000公裏普通國省道路面改造工程，普通國省幹線公路優良路率達到80%。三是推進實施行政村公路通暢工程。規劃新改建農村公路為水泥（瀝青）路面3萬公裏，力爭實現85%的行政村通暢。規劃建設撤鄉並鎮公路和中心城鎮等聯網公路7000公裏，並逐步推進農村公路通道森林工程。四是加強專項公路建設，按照二級公路標準，積極實施國防戰備公路建設；重點推進菜園壩―銅元局等7個戰備公路渡口改造和鄧小平故居、楊尚昆故居、劉伯承故居、聶榮臻故居以及紅巖文化、抗戰文化等600公裏紅色旅遊公路建設。
優化公路樞紐站場布局。壹是加快推進國家公路運輸樞紐建設，重慶主城區重點推進實施龍頭寺（擴建）、上橋2個綜合客運樞紐，兩路、魚洞、西永、茶園、西彭、魚嘴、白市驛等7個換乘樞紐以及團結村、南彭、茶園、寸灘、佛耳巖、西彭、北碚等7個物流樞紐。萬州城區重點推進實施城西綜合客運樞紐和客運總站、城北、城南3個客運樞紐改建工程和龍寶、塘坊、紅溪溝、江南等4個貨運樞紐建設，形成壹批集鐵路、公路、城市公***交通中轉換乘功能於壹體的綜合客運樞紐，以及依托綜合交通港站、產業園區以及現代物流服務於壹體的大型物流樞紐。二是積極支持區域客運樞紐和物流樞紐建設，支持涪陵、江津、合川、長壽、永川等大城市以及黔江、璧山、榮昌、綦江、南川、萬盛、豐都、石柱、墊江、梁平、武隆、彭水等城市結合城際鐵路發展建設綜合客運樞紐。與大型工業園區相配套建設涪陵龍頭港、黔江正陽、江津德感、合川南城、永川港橋、長壽晏家、萬盛雙壩等區域性公路物流樞紐。
加快內河航道建設。壹是構建以長江、嘉陵江、烏江“壹幹兩支”為骨架的航道網絡體系，形成聯接川、黔、滇、鄂等周邊省市的骨架航道，使長江、嘉陵江重慶段和烏江彭水樞紐以下所有航道全部達到三級以上航道標準。重點實施嘉陵江利澤航電樞紐、大寧河廟峽航電樞紐工程，烏江銀盤、白馬通航建築物工程和烏江航道整治工程。二是加快三峽庫區及其他重要支流航道建設，實施渠江、綦江和三峽庫區重要支流航道整治工程，達到三級以上航道標準。改造升級四級及以上航道862公裏，全市四級及以上航道裏程達到1636公裏，航道達標率90%。結合三峽庫區後續扶持規劃，繼續實施渡口改造和渡改橋工程。
加快內河港口建設。壹是按照港口、物流和產業“三結合”的原則推進鐵公水聯運的樞紐型港口建設，重點實施果園、東港、龍頭港、新田、朱沱和新生等5000噸級樞紐型港口項目；完成水天坪、胡家坪、佛耳巖、下塘口、江家槽、下巖寺作業區等臨港產業配套碼頭建設。二是加快三峽庫區高品質旅遊碼頭建設，實施朝天門旅遊碼頭升級、江北嘴、萬州鞍子壩等精品旅遊碼頭項目。適當開展遊艇基地建設。“十二五”全市港口貨物總通過能力達到1.8億噸，其中集裝箱通過能力達到700萬標箱。
促進綜合運輸銜接。壹是合理配置綜合運輸通道資源，圍繞長江沿線產業帶的形成和內外貿運輸發展，形成以長江、高速公路和幹線鐵路為主的沿江綜合運輸通道，盡快形成渝蓉藏、渝湘穗、渝漢滬、渝黔桂、渝滇東盟、渝蘭西亞、渝陜包、渝京遠東等八大綜合運輸通道。二是完善樞紐港站、產業園區和旅遊景區集疏運網絡，樞紐型港口除忠縣新生港外全部實現鐵路進港，形成港口與高速公路、鐵路多式聯運系統。積極支持連接產業園區、旅遊景區、高速互通的公路連接線建設。三是加快建設城市內外交通壹體化體系，加快改造升級區域交通與城市交通相銜接的瓶頸路段，暢通城市出入口；加快提升軌道交通與常規公交的壹體化組織水平，促進便捷換乘。 提升路網服務能力。壹是提升高速公路服務水平。實施“暢通工程”，加強高速公路路面技術狀況檢測，規範養護施工作業，推進ETC不停車收費系統建設。實施“安全工程”，確保高速公路相關安全設施和設備完好，加強高速公路安全巡查。實施“舒適工程”，加強高速公路日常維護，積極推進高速公路服務區標準化建設和高速公路森林通道工程建設。二是維護國省道良好技術狀況。進壹步加大路面改造力度，普通國省幹線公路優良路率達到80%。加強橋梁養護管理和危橋改造工作，開展危橋安全隱患排查和加固處置，壹、二類橋梁比例達到95%以上。加強對治超站、交通量觀測站和道班房等管理設施的配套建設。三是保障農村公路正常通行。重點加強路基排水設施的維護與路面日常養護，著力解決農村公路安全防護設施不足、危病橋數量多、抗災能力弱等突出問題，實現“有路必養”。
完善公路養護機制。壹是理順養護職責，增強養護資金保障。落實各區縣（自治縣）政府對轄區內公路養護管理的主體責任。明確各級財政對公路養護的資金補助或配套標準，積極爭取中央預算內資金、部專項資金、市級財政逐步加大公路養護投入，落實區縣（自治縣）配套資金。二是完善養護制度，規範養護管理程序。完善公路養護工程市場準入規則和管理辦法，出臺公路養護工程技術的地方性標準與規範，健全養護工程管理的配套規章制度，建立科學合理的檢測、評價指標體系與標準。三是推行公司化管理，逐步實現“管養分離”。發揮市公路養護協會作用，推進養護工程企業資質認定工作，逐步形成統壹開放、分類管理、競爭有序的養護市場。
推進公路科學養護。壹是提高養護生產技術水平，高速公路養護爭取實現全面機械化，普通公路養護逐步提高養護機械化水平。二是推廣養護檢測、維護專業技術，國省幹線公路路況自動化檢測評定率達到95%以上。三是加快路網信息化管理體系建設，整合完善公路數據庫系統，提高公路養護決策和出行信息服務水平。
強化航道養護管理。壹是建立辦事高效、運轉協調、行為規範的新型航道管理體制，突出高等級航道的養護，形成條塊結合的管理模式，嘉陵江、烏江、渠江、涪江等重要航道由市管航道養護專業隊伍進行養護，其余航道的養護由區縣（自治縣）進行管理。二是大力推行港航技術狀況自動化檢測技術，依托航道、港口、船舶等數據庫和管理系統，開展“壹幹兩支”高等級航道數字航道建設。
加強工程建設管理。壹是進壹步規範工程建設市場，繼續完善招投標管理制度和辦法，加強誠信體系建設，完善BOT+EPC模式的監管思路和手段。二是穩步提升工程建設質量，分解細化質量管理目標，建立完善質量管理考核評價制度與獎懲制度，嚴格分包管理，強調過程監管，積極推廣應用新技術、新工藝，不斷提高工程質量。 提升城市客運服務水平。壹是落實公交優先發展戰略。優先保障公交站場用地，嚴格實施城市公交首末站配建標準。城市交通建設項目投資安排上應優先考慮公***交通站場設施。大力改善城市公***交通換乘條件，推進客運樞紐與城市公***交通無縫換乘。建立保障公交低票價和車輛更新的財政補貼增長機制，出臺鼓勵合理換乘的優惠政策。二是發揮軌道交通的骨架作用，加快開通運營軌道交通壹、三、六號線及二號線延伸段，合理組織軌道列車運行計劃，加強軌道交通營運管理。三是提高公***汽車服務水平，推進公交樞紐站和維修保養場建設，重點建設雙堰、彈子石、長生、外河坪等45個公交樞紐站場，新增公交站場面積100公頃。優化布局公交線網，城市公交逐步覆蓋至繞城高速公路以內建成區及連接的主要幹道，區縣（自治縣）公交實現城區逐步覆蓋。合理調配公交運力資源，在主要客流走廊投放大容量公交車輛。優化布局公交快線，城市組團間開通公交幹線，組團內部按區域組織普通線路，合理確定普通車和中高級車的投放比例。普及公交車輛GPS終端和IC卡、RFID技術應用，試點建設公交車輛運行信息電子站牌。四是有序發展城市出租汽車。穩步開展出租車運力投放，逐步理順出租車的價格機制、利益分配機制，有效緩解“打的難”局面。完善出租車職業資格制度、收益分配調整機制和勞動用工關系。整合推廣出租車綜合監管與服務信息系統。
推進城鄉客運壹體化。在適宜開通城市公交的城郊或城市新區，穩步推進班線客運和農村客運的公交化改造。積極推進農村客運站點建設，全市中心鎮基本建成四級及以上等級客運站，其他鄉鎮基本建成五級客運站或簡易車站，通客運車輛的行政村基本建有候車亭或招呼站。鼓勵民營企業和個體經營戶進入農村客運市場，采取區域經營、延伸經營、捆綁經營、專線經營等多種經營形式，因地制宜開行趕集車、早晚車、周末車、學生車。加大站場建設支持力度，增加配套建設資金，站場用地原則上以調劑或劃撥方式供應。統籌安排專項資金，統壹購買農村客運車輛保險。完善城鄉客運管理體制機制。構建統壹、開放的城鄉客運市場，建立交通運輸基本公***服務均等化的配套政策標準和互聯***享的城鄉交通壹體化信息服務體系。
發展現代物流。加快培育港口物流集團、重慶交運集團、長安民生集團等現代物流龍頭企業。依托寸灘保稅港區和西永綜合保稅區，大力發展保稅物流；促進物流樞紐與產業園區配套布局，積極引導城市中心的大型批發交易市場向城郊大型物流園區積聚。依托化工物流園區建立危險化學品物流市場，發展專業物流。建立集政府監管功能、物流服務功能和數據傳輸功能為壹體的物流公***信用信息系統。
拓展物流服務領域。推廣零擔、快運、集裝箱運輸、集散配送運輸等領域的加盟連鎖經營，積極推進甩掛運輸。鼓勵貨運樞紐經營主體拓展倉儲、分撥配送、流通加工、保稅等功能，促進貨運樞紐站場加快向現代物流節點轉型。建設深入西部內陸的“無水港”，形成跨地區的物流服務網絡、信息服務系統和口岸大通關系統。吸引國際航運企業在重慶設立區域總部。完善農村物流服務體系，支持郵政企業全面參與農村物流流通網絡建設。
加強運輸市場管理。壹是嚴把道路公交、出租車、長途客運、危險品貨運等從業人員、營運企業、營運車輛的市場準入關。二是加強行業誠信體系建設，進壹步完善相關法規條款，強化道路運輸企業安全服務質量考核和從業人員的誠信考核，使企業的信用等級與其所屬從業人員的整體信用情況掛鉤。三是加大運輸市場監管執法力度，以質量信譽考核為手段，對嚴重違規的從業人員和營運企業依法實行強制退出。四是完善汽車租賃業管理制度，規範汽車租賃經營行為。五是加強交通行政執法間的聯動協作，形成市場監管合力。 完善交通運輸安全設施。繼續推進公路安保工程建設。實施公路安保工程約5000公裏，改造危橋500座，實施渡口改造800個、渡改橋100座。以國省幹線公路為重點，加強對自然災害多發路段的監控預警和工程治理，實施地災防治工程250處。按三級航道以上標準完成布標航道裏程1085公裏，配布航標2615座，建立嘉陵江、烏江、渠江等主要通航河流VHF船岸通信系統、AIS（船舶自動識別系統）岸基系統。實施船舶汙水處理、儲存設施安裝改造工程，在重慶主城、涪陵、長壽、萬州建設4個油船、散裝化學品船舶洗艙基地；在重慶主城、萬州建設2處船舶突發性汙染事故應急設備庫，在巫山建設1處應急設備設置點。
加強交通運輸安全監管。推進落實交通運輸企業的安全生產主體責任，推行三級以上客運站場交通執法人員駐站制。持續開展運輸安全專項整治行動，打擊非法違法從事交通運輸的行為。完善全市治超站點監控網絡，完成29個治超站建設，進壹步完善全市治超站點監控網絡。建立完善交通運輸企業告誡制和“黑名單”制。加強從業人員資格和信用管理。推進“壹案三制”建設，構建責任主體明確、可操作性強、與相關預案銜接有效的應急預案體系。加強本地區應急技術專家資源庫建設，建立與公安、消防和大型企業、地方專業救援隊伍等單位聯動機制。通過政府層面完善應急補償機制。加大交通運輸事故責任追究力度。建立從事客運和危險品運輸的企業、運輸工具、從業人員的安全生產評估體系。
構建交通運輸應急體系。壹是完善全市公路水路交通應急指揮平臺，基本建成普通公路監控指揮中心、地方水域水上監控指揮中心、道路運輸（含營運軌道交通）監控指揮中心、營運高速公路監控指揮中心、交通執法指揮平臺等5個市級行業應急指揮平臺框架和2個試點區縣級應急平臺框架；建設現場移動應急指揮平臺，實現固定應急指揮平臺（各級監控指揮中心）與移動應急指揮平臺（現場）的互聯互通；建設重慶市路網管理與應急處置中心，爭取在交通運輸部的支持下承擔國家路網西部監控與調度職責；進壹步整合中央和地方海事力量，建設重慶市水上搜救中心。二是建設壹批交通應急保障救援基地，建立與交通戰備物資儲備相結合、專業化和社會化相結合的交通應急物資儲備庫。建設重慶主城、萬州、涪陵、黔江、石柱、奉節6個區域性公路交通應急救援基地；在重慶主城建立全市水上交通應急救援指揮中心，建設重慶主城、涪陵、合川、彭水、雲陽、巫山6個區域性水上交通應急救援基地，建設北碚、武隆、酉陽、忠縣、奉節、開縣、萬州、江津8個水上交通搶險應急站。建設高速公路交通執法應急救援站30個。三是建立應急保障專業搶險隊伍，加強水上事故應急救援隊和航道應急保通隊建設，構建基層公路應急搶險保通隊，加強應急保障裝備建設。四是構建交通基礎設施和運輸裝備安全監測監控體系，對全市高速公路、普通國省幹線重點路段、大型橋隧、幹線航道重點航段、重要港口及危險品碼頭等實施監控監測，整合運輸裝備GPS應用系統，全市九座以上客運車輛、危化品運輸車輛、重型貨運車輛和“四客壹危”船舶全部加裝GPS終端等。 提升交通運輸行業科技創新能力。壹是開展綜合客運樞紐建設與運營、公鐵水多式聯運高效銜接、大區域交通組織、城市立體公***交通等關鍵技術研究，促進客運“零換乘”和貨運“無縫銜接”。二是開展城市軌道交通、公***汽車、高速公路突發事件應急處置技術、危險品運輸過程監測及控制、公路水路交通基礎設施安全保障能力及救援裝備的配置等關鍵技術研究，逐步建立安全可靠的交通管理應急反應體系。三是開展提升黃金水道通過能力、山區高速公路快速維修、大型橋梁隧道養護等關鍵技術研究，提高交通基礎設施服務能力和水平。四是開展瀝青路面再生、隧道節能技術、新能源汽車的研究與示範等，發展資源節約型交通。五是開展RFID、IC卡、ETC等技術的研究，拓展物聯網技術在交通運輸過程和行業監管中的應用。六是開展城鄉客運壹體化發展、城市公***交通發展戰略、交通基礎設施投融資與資產管理模式等研發攻關，提升交通運輸科學決策水平。七是打造重慶市公路養護工程技術、公路防災減災技術、重慶山區隧道關鍵技術、西部地區山區橋梁建設營運管理、內河航運關鍵技術和綜合交通運輸經濟與技術等特色研發中心。
註重交通信息化建設與科技推廣應用示範。壹是建設交通地理信息數據庫和公路網動態交通路況信息數據庫兩大基礎數據庫，完善全市交通信息資源中心，力爭在重慶建成西部交通數據災備中心。二是推進行業智能化管理建設，重點建設公路路網、道路運輸、水運交通綜合管理信息平臺；建設交通執法綜合指揮系統，構建高速公路速度監測和移動視頻監控系統；推進實施高速公路跨省聯網與不停車收費系統；建立駕駛培訓機構IC卡計時培訓系統信息平臺；完善重慶市交通應急指揮系統平臺。三是建立公眾出行信息服務系統，整合交通信息資源，統壹交通服務熱線，強化96096品牌，推進道路客運聯網售票系統和城市客運智能化應用示範工程建設，加快公***交通信息壹體化進程，逐步搭建西南交通物流公***信息平臺。四是推進交通運輸部科技示範路技術、重慶山區高溫多雨路面設計施工關鍵技術、隧道照明節能新技術、低造價農村公路建設、農村公路安保工程新技術、船舶節能實用新技術6大應用示範工程。
促進節能減排和資源節約利用。優先發展、倡導使用低碳型交通方式。鼓勵廂式運輸、集裝箱運輸等專業化運輸方式，積極發展大型集裝箱、大中散貨、化危品等專業化運輸船舶，鼓勵發展頂推船隊。有效提高客貨車輛實載率。加速淘汰客貨運高能耗車輛，加快發展節能、大型、專業化運輸車輛和綠色環保車輛，重慶主城區公交車和出租車大力推進CNG或混合動力車，逐步擴大區間班線客車CNG或混合動力車的應用規模。重點實施重點企業節能示範工程、公交優先示範工程、營運車船燃料消耗準入與退出試點工程、甩掛運輸節能試點工程、綠色航運工程、低碳公路示範工程、高速公路不停車收費工程、公眾出行信息服務系統工程等八大交通節能減排示範工程。
加強生態保護和環境監管。繼續推進繞城高速公路“綠色長廊”工程，對全市國省幹線具備條件的路段實施“綠色長廊”示範工程1000公裏。在嘉陵江、烏江、大寧河、梅溪河等重要航道打造生態景觀航道。推進船舶生活汙水治理、船舶洗艙基地建設。推進城市中心區域小碼頭搬遷，重點搬遷飲用水源保護區內的船舶和碼頭。建設市級交通行業環保和節能減排監測中心，建成壹批技術能力較強的交通環保和節能減排監測站點。