根據《廣東省環境保護綜合行政執法方案》(粵機編[2006]6號)，設立珠海市環保局環境監察分局為市環保局內設機構，以市環保局名義實施轄區內的環境保護綜合行政執法。
壹、主要職責
市環保局環境監察分局的主要職責:
(壹)負責指導、監督和協調環境保護綜合行政執法工作。
(二)依法監督檢查轄區內排汙單位執行有關環境保護法律、法規的情況，實施行政處罰和行政強制。
(三)負責跨區域環境汙染事故和糾紛及信訪的調查處理。
(四)負責監督檢查建設項目環境影響評價制度和“三同時”制度的執行情況、汙染治理設施的運行情況和項目限期治理任務的完成情況，實施行政處罰和強制措施。
(五)負責排汙申報的審批和排汙費的收繳。
(六)負責組織全市環境監測人員的專業培訓，負責環境監測部門的能力建設，總結交流環境監測經驗。
第二，機構設置
(壹)市環保局環境監察分局下設綜合科、執法監察科和大隊(機動大隊)。
1，綜合部:主要負責受理、移交、督辦環境投訴舉報，協調處理跨區域環境問題；負責組織全市環境監測人員的專業培訓；負責行政和後勤工作。
2.執法監管科:主要負責排汙費征收管理、排汙口規範化管理、排汙申報登記、總量核定、汙染減排、汙染源信息化管理、環境保護行政處罰聽證等工作；負責環境保護綜合行政執法的監督檢查，實行行政處罰、行政強制、合法性審查、歸口管理的行政執法責任制。
3.市環保局環境監察分局壹大隊(機動大隊):負責全市重大環境突發事件和糾紛的應急調查處理，按照突發環境事件應急指揮系統的要求，組織突發事件的現場調查處理；立案查處相關環境違法行為；負責萬山海洋開發實驗區的環境綜合執法。
(二)市環保局環境監察分局在香洲(萬山海洋開發實驗區除外)、金灣(高欄港經濟區除外)、鬥門行政區、高欄港經濟區分別設立了二大隊(香洲大隊)、三大隊(金灣大隊)、四大隊(鬥門大隊)和“珠海市”。
(3)市環保局環境監察分局實行全市統壹管理模式。香洲、金灣、鬥門、高欄港大隊以市環保局的名義負責香洲、金灣、鬥門行政區和高欄港經濟區的環境監察執法，分別由當地環境保護行政主管部門協助。