遵義市住房公積管理中心下設五個科室和十三個管理部，中心實行統壹的規章制度、實行統壹核算、統壹管理。十三個管理部受中心授權負責當地的公積金的歸集和使用，五個科室的職責如下：
(1)辦公室
負責擬草全市住房公積金管理運作的辦法和制度。負責幹部人事、 工資及職工計劃生育的管理；負責工會群團、職工教育培訓及思想政治工作；負責機關行政事務、新聞宣傳、文秘綜合、檔案管理、會議組織、後勤保障服務及安全保衛工作、對外聯絡接待工作；負責住房公積金統計信息匯總整理、分析和預測工作，負責住房公積金計算機網絡管理和建設，保證系統安全運行；組織做好全市住房公積金的采集、傳輸、交換、歸集、運用和管理工作。
(2) 歸集管理科
負責全市住房公積金繳存有關政策的制定和宣傳；編制全市住房公積金年度歸集計劃；負責對全市住房公積金歸集、支取業務進行檢查、指導、培訓；對住房公積金歸集現狀及存在的問題定期進行分析，並提出解決辦法和制定有效措施。
(3) 貸款管理科
負責全市住房公積金貸款有關政策的制定和宣傳；編制全市住房公積金年度貸款發放計劃；對全市住房公積金貸款業務進行檢查、指導、培訓；對住房公積金貸款現狀及存在的問題進行定期分析，提出解決辦法和制定有效措施；對住房公積金逾期貸款進行催收。
(4) 財會科
負責住房公積金財務管理和會計核算工作，以及單位經費核算及財產管理，擬定財務管理和會計核算的實施細則：負責編制住房公積金年度預算、決算，做好財務分析和預算，定期向住房公積金管理委員會和財政部門報送財務報告，負責住房公積金的保值和歸還。
(5) 稽核監管科
負責實施內部稽核檢查，內容包括檢查審批事項、制度建設內部管理、數據報送；負責對受托銀行代辦公積金住房貸款業務的情況進行檢查和指導；負責督促受托銀行按時收回本金、利息，催收逾期貸款；負責個人住房貸款的抵押文書及檔案資料管理；負責對全市各單位公積金政策的執行情況進行檢查，對公積金歸集中的拒繳、少繳、挪用等違法違規行為進行行政執法。